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万見
- PDB-1bzp: ATOMIC RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF NATIVE DEOXY AND ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bzp
タイトルATOMIC RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF NATIVE DEOXY AND CO MYOGLOBIN FROM SPERM WHALE AT ROOM TEMPERATURE
要素PROTEIN (MYOGLOBIN)
キーワードOXYGEN STORAGE / DEOXY MYOGLOBIN / ATOMIC RESOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Kachalova, G.S. / Popov, A.N. / Bartunik, H.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: A steric mechanism for inhibition of CO binding to heme proteins.
著者: Kachalova, G.S. / Popov, A.N. / Bartunik, H.D.
履歴
登録1998年11月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MYOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1405
ポリマ－17,2351
非ポリマー9054
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.150, 31.040, 64.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MYOGLOBIN)


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.53 %
結晶化pH: 5.9
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M POTASSIUM PHOSPHATE., pH 5.9
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→20 Å / Num. obs: 41207 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.15→1.2 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 66.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 175253
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MBN

4mbn


解像度: 1.15→12 Å / Num. parameters: 14105 / Num. restraintsaints: 18174 / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: HEME - PARAMETERS BASED ON CSD
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: NO GEOMETRIC RESTRAINTS APPLIED TO IRON ATOM HEME PLANARITY
Rfactor反射数%反射
obs0.114 -85.9 %
all-41190 -
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 52 / Occupancy sum hydrogen: 1178.7 / Occupancy sum non hydrogen: 1453.7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1343 0 62 226 1631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.088
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.091
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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