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- PDB-1awe: HUMAN SOS1 PLECKSTRIN HOMOLOGY (PH) DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1awe
タイトルHUMAN SOS1 PLECKSTRIN HOMOLOGY (PH) DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURES
要素SOS1
キーワードSIGNAL TRANSDUCTION / SOS / PLECKSTRIN HOMOLOGY (PH) DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / vitellogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / vitellogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 / blood vessel morphogenesis / Signaling by LTK / Regulation of KIT signaling / leukocyte migration / epidermal growth factor receptor binding / NRAGE signals death through JNK / Fc-epsilon receptor signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / B cell homeostasis / regulation of T cell proliferation / roof of mouth development / RET signaling / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / hair follicle development / Interleukin receptor SHC signaling / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / Signal attenuation / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Schwann cell development / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / positive regulation of Rac protein signal transduction / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FGFR2 in disease / myelination / GRB2 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / SHC1 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / SHC1 events in ERBB2 signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / response to ischemia / axon guidance / T cell activation / GTPase activator activity / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / molecular condensate scaffold activity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / SH3 domain binding / multicellular organism growth / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / insulin receptor signaling pathway / DAP12 signaling / regulation of cell population proliferation / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / G alpha (12/13) signalling events / RAF/MAP kinase cascade / Potential therapeutics for SARS / Ras protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Zheng, J. / Cowburn, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: The solution structure of the pleckstrin homology domain of human SOS1. A possible structural role for the sequential association of diffuse B cell lymphoma and pleckstrin homology domains.
著者: Zheng, J. / Chen, R.H. / Corblan-Garcia, S. / Cahill, S.M. / Bar-Sagi, D. / Cowburn, D.
履歴
登録1997年10月1日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0841
ポリマ－15,0841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 750target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 SOS1


分子量: 15084.172 Da / 分子数: 1 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOG (PH) DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET28B(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q07889

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121HMQC-J

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試料調製

試料状態イオン強度: 150 mM KCL / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
DYANAモデル構築
DYANA精密化
NMR software
名称開発者分類
DYANAGUNTERT,WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 750 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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