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万見
- PDB-1atl: Structural interaction of natural and synthetic inhibitors with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1atl
タイトルStructural interaction of natural and synthetic inhibitors with the VENOM METALLOPROTEINASE, ATROLYSIN C (FORM-D)
要素Snake venom metalloproteinase atrolysin-D
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / METALLOENDOPEPTIDASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


atrolysin C / collagen catabolic process / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. ...Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0QI / Snake venom metalloproteinase atrolysin-D
類似検索 - 構成要素
生物種Crotalus atrox (ヘビ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, D. / Botos, I. / Gomis-Rueth, F.-X. / Doll, R. / Blood, C. / Njoroge, F.G. / Fox, J.W. / Bode, W. / Meyer, E.F.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Structural interaction of natural and synthetic inhibitors with the venom metalloproteinase, atrolysin C (form d).
著者: Zhang, D. / Botos, I. / Gomis-Ruth, F.X. / Doll, R. / Blood, C. / Njoroge, F.G. / Fox, J.W. / Bode, W. / Meyer, E.F.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of a Retro-Binding Peptide Inhibitor Complexed with Human Alpha-Thrombin
著者: Tabernero, L. / Chang, C.Y. / Ohringer, S.L. / Lau, W.F. / Iwanowicz, E.J. / Han, W.C. / Wang, T.C. / Seiler, S.M. / Roberts, D.G. / Sack, J.S.
履歴
登録1995年5月26日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32020年6月24日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_nat / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Snake venom metalloproteinase atrolysin-D
B: Snake venom metalloproteinase atrolysin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1848
ポリマ－46,2952
非ポリマー8906
水2,864159
1
A: Snake venom metalloproteinase atrolysin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5924
ポリマ－23,1471
非ポリマー4453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Snake venom metalloproteinase atrolysin-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5924
ポリマ－23,1471
非ポリマー4453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.320, 97.320, 87.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 202

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要素

#1: タンパク質 Snake venom metalloproteinase atrolysin-D / SVMP / Hemorrhagic metalloproteinase atrolysin D / Hemorrhagic toxin D / HT-D


分子量: 23147.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM VENOM / 由来: (天然) Crotalus atrox (ヘビ) / 参照: UniProt: P15167, atrolysin C
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION / HEMORRHAGIC TOXIN C / FORM D


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / 詳細: ISOLATED FROM VENOM / 参照: atrolysin C
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-0QI / O-methyl-N-[(2S)-4-methyl-2-(sulfanylmethyl)pentanoyl]-L-tyrosine


タイプ: peptide-like / 分子量: 339.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25NO4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE METHYL-TYROSINE SIDECHAIN MAKES A DEEP INSERTION INTO THE ENZYME'S S1' PRIMARY SPECIFICITY SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlHt-d1drop
20.1 Mimidazole1drop
320 mM1reservoirCaCl2
42.4 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.8→8 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.16 -
obs0.16 20736
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3210 0 50 159 3419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.76
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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