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- PDB-1aqk: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A HUMAN FAB WITH HIGH AFFINITY FOR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aqk
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A HUMAN FAB WITH HIGH AFFINITY FOR TETANUS TOXOID
要素(FAB B7-15A2) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / HUMAN FAB / ANTI-TETANUS TOXOID / HIGH AFFINITY / CRYSTAL PACKING MOTIF / PROGRAMMING PROPENSITY TO CRYSTALLIZE
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc-gamma receptor I complex binding / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex, circulating ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc-gamma receptor I complex binding / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin receptor binding / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / immune response / : / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin lambda constant 1 / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Immunoglobulin lambda constant 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Faber, C. / Fan, Z. / Edmundson, A.B.
引用ジャーナル: Immunotechnology / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional structure of a human Fab with high affinity for tetanus toxoid.
著者: Faber, C. / Shan, L. / Fan, Z. / Guddat, L.W. / Furebring, C. / Ohlin, M. / Borrebaeck, C.A. / Edmundson, A.B.
履歴
登録1997年7月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status ...entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: FAB B7-15A2
H: FAB B7-15A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9892
ポリマ－46,9892
非ポリマー00
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.700, 78.600, 74.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 FAB B7-15A2


分子量: 22699.068 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IMMUNOGLOBULIN HUMAN FAB / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01842, UniProt: P0DOY3*PLUS
#2: 抗体 FAB B7-15A2


分子量: 24290.426 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IMMUNOGLOBULIN HUMAN FAB / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
193 mg/mlFab11
231 mMTris11
37.3 %(w/v)PEG800011
40.8 mM11NaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 286 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NO / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→20 Å / Num. obs: 32194 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 1.84→1.96 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 49
反射
*PLUS
Num. all: 39263

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLORモデル構築
TNT5E精密化
X-PLOR精密化
XENGENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FB4

2fb4


解像度: 1.84→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.185 --
obs-32494 81 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.7 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 0 289 3597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01734020.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.7946161.6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d27.119770
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.01662
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0165025
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.933926
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.04213110
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg27.10
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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