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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1apz | |||||||||
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タイトル | HUMAN ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE COMPLEX WITH REACTION PRODUCT | |||||||||
要素 | (ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE) x 2 | |||||||||
キーワード | COMPLEX (HYDROLASE/PEPTIDE) / ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE / GLYCOSYLASPARAGINASE / COMPLEX (HYDROLASE-PEPTIDE) / COMPLEX (HYDROLASE-PEPTIDE) complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase / N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase activity / protein deglycosylation / azurophil granule lumen / peptidase activity / lysosome / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space ...N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase / N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase activity / protein deglycosylation / azurophil granule lumen / peptidase activity / lysosome / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Rouvinen, J. / Oinonen, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Three-dimensional structure of human lysosomal aspartylglucosaminidase. 著者: Oinonen, C. / Tikkanen, R. / Rouvinen, J. / Peltonen, L. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Large-Scale Purification and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Human Aspartylglucosaminidase 著者: Tikkanen, R. / Rouvinen, J. / Torronen, A. / Kalkkinen, N. / Peltonen, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1apz.cif.gz | 110.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1apz.ent.gz | 86.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1apz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1apz_validation.pdf.gz | 507.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1apz_full_validation.pdf.gz | 518.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1apz_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1apz_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1apz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/1apz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.8936, -0.0543, 0.4456), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 17293.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: LEUKOCYTE 参照: UniProt: P20933, N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase #2: タンパク質 | 分子量: 15085.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: LEUKOCYTE 参照: UniProt: P20933, N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase |
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-糖 , 2種, 4分子
#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 糖 |
-非ポリマー , 2種, 142分子
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 4.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Tikkanen, R., (1996) Protein Struct. Func. Genet., 24, 253. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月10日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 26090 / % possible obs: 75.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.0846 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 26051 / % possible obs: 79.6 % / Num. measured all: 79974 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.35 Å / % possible obs: 40.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.221 / Rfactor Rfree: 0.286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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