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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1akr | ||||||
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タイトル | G61A OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT | ||||||
![]() | FLAVODOXIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSFER / FLAVOPROTEIN / FMN / FLAVODOXIN / MUTANT | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mccarthy, A. / Walsh, M. / Higgins, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Modulation of the redox potentials of FMN in Desulfovibrio vulgaris flavodoxin: thermodynamic properties and crystal structures of glycine-61 mutants. 著者: O'Farrell, P.A. / Walsh, M.A. / McCarthy, A.A. / Higgins, T.M. / Voordouw, G. / Mayhew, S.G. #1: ![]() タイトル: X-Ray Crystallographic Studies on the Flavin Binding Site of Flavodoxin from Desulfovibrio Vulgaris 著者: Mccarthy, A. #2: ![]() タイトル: Comparison of the Crystal Structures of a Flavodoxin in its Three Oxidation States at Cryogenic Temperatures 著者: Watt, W. / Tulinsky, A. / Swenson, R.P. / Watenpaugh, K.D. #3: ![]() タイトル: Cloning,Nucleotide Sequence,and Expression of the Flavodoxin Gene from Desulfovibrio Vulgaris (Hildenborough) 著者: Krey, G.D. / Vanin, E.F. / Swenson, R.P. #4: ![]() タイトル: Cloning and Sequencing of the Gene Encoding Flavodoxin from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough 著者: Curley, G.P. / Voordouw, G. #5: ![]() タイトル: Structure of the Oxidized Form of a Flavodoxin at 2.5-Angstrom Resolution:Resolution of the Phase Ambiguity by Anomalous Scattering 著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Legall, J. / Dubourdieu, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 733.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 736.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15718.172 Da / 分子数: 1 / 変異: G61A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OXIDIZED 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: HILDENBOROUGH / 解説: SULFUR REDUCING BACTERIA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, pH 7.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→40 Å / Num. obs: 24403 / % possible obs: 98.9 % / Biso Wilson estimate: 19.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.36 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.58 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 126829 / Rmerge(I) obs: 0.036 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.6 % / Rmerge(I) obs: 0.341 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Luzzati d res low obs: 40 Å / Luzzati sigma a obs: 0.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→40 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.184 / Rfactor Rfree: 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.03 |