PDB-1ak7: DESTRIN, NMR, 20 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ak7

タイトル

DESTRIN, NMR, 20 STRUCTURES

要素

DESTRIN

キーワード

ACTIN DEPOLYMERIZATION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

actin filament fragmentation / positive regulation of actin filament depolymerization / actin cortical patch / actin filament severing / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / cortical actin cytoskeleton / cell motility / actin filament binding / actin cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

溶液NMR / DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Hatanaka, H. / Moriyama, K. / Ogura, K. / Ichikawa, S. / Yahara, I. / Inagaki, F.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Tertiary structure of destrin and structural similarity between two actin-regulating protein families.
著者: Hatanaka, H. / Ogura, K. / Moriyama, K. / Ichikawa, S. / Yahara, I. / Inagaki, F.

履歴

登録	1997年5月29日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ak7.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ak7.ent.gz	1001.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ak7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ak7_validation.pdf.gz	359.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ak7_full_validation.pdf.gz	817.5 KB	表示
XML形式データ	1ak7_validation.xml.gz	205.1 KB	表示
CIF形式データ	1ak7_validation.cif.gz	279.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/1ak7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/1ak7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ak6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oqn-1 1oqn-2 5kjz-d 6jny-2 2cou-d 4yrh-1 1j4l-d 6ucr-d 3iol-d 2lyi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DESTRIN

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	LEAST FNOE+FREPEL
代表モデル

#1: タンパク質	DESTRIN 分子量: 19379.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM AND NUCLEUS / プラスミド: PKID-W / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P60981, UniProt: P60982*PLUS

#1: タンパク質

DESTRIN

分子量: 19379.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sus scrofa (ブタ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM AND NUCLEUS / プラスミド: PKID-W / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P60981, UniProt: P60982*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	HN(CO)CA
1	3	1	HNCA
1	4	1	CBCA(CO)NH
1	5	1	CBCANH
1	6	1	HBHA(CO)NH
1	7	1	HN(CA)HA
1	8	1	C(CO)NH
1	9	1	HC(C)H-TOCSY

-
試料調製

試料状態	pH: 7 / 温度: 301 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS 600 / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS 600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST FNOE+FREPEL / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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