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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aj6 | ||||||
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タイトル | NOVOBIOCIN-RESISTANT MUTANT (R136H) OF THE N-TERMINAL 24 KDA FRAGMENT OF DNA GYRASE B COMPLEXED WITH NOVOBIOCIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | GYRASE | ||||||
キーワード | TOPOISOMERASE / GYRASE / NOVOBIOCIN / ANTIBIOTIC / RESISTANT MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Weston, S.A. / Tunnicliffe, A. / Pauptit, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: The entropic penalty of ordered water accounts for weaker binding of the antibiotic novobiocin to a resistant mutant of DNA gyrase: a thermodynamic and crystallographic study. 著者: Holdgate, G.A. / Tunnicliffe, A. / Ward, W.H. / Weston, S.A. / Rosenbrock, G. / Barth, P.T. / Taylor, I.W. / Pauptit, R.A. / Timms, D. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Antibacterial Design Based on the Structures of Gyrase-Inhibitor Complexes 著者: Pauptit, R.A. / Weston, S.A. / Breeze, A.L. / Derbyshire, D.J. / Tucker, A.D. / Hales, N. / Hollinshead, D. / Timms, D. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1997 タイトル: The High-Resolution Crystal Structure of a 24-kDa Gyrase B Fragment from E. Coli Complexed with One of the Most Potent Coumarin Inhibitors, Clorobiocin 著者: Tsai, F.T. / Singh, O.M. / Skarzynski, T. / Wonacott, A.J. / Weston, S. / Tucker, A. / Pauptit, R.A. / Breeze, A.L. / Poyser, J.P. / O'Brien, R. / Ladbury, J.E. / Wigley, D.B. #3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996 タイトル: The Nature of Inhibition of DNA Gyrase by the Coumarins and the Cyclothialidines Revealed by X-Ray Crystallography 著者: Lewis, R.J. / Singh, O.M. / Smith, C.V. / Skarzynski, T. / Maxwell, A. / Wonacott, A.J. / Wigley, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aj6.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aj6.ent.gz | 38.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aj6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1aj6_validation.pdf.gz | 730.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1aj6_full_validation.pdf.gz | 739 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1aj6_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1aj6_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/1aj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/1aj6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24040.936 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL 24 KDA / 変異: R136H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 解説: PLASMID PTB382 ENCODING MUTANT DERIVED FROM PAM24 WHICH ENCODES 24 KDA SUBDOMAIN (SUPPLIED BY A. MAXWELL, LEICESTER), WHICH IN TURN WAS DERIVED FROM PAG111 PLASMID WHICH ENCODES FOR GYRB 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: GYRB / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MM294 / 参照: UniProt: P06982, UniProt: P0AES6*PLUS, EC: 5.99.1.3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NOV / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE MUTATED RESIDUE HIS 136 HAS AN UNUSUAL ECLIPSED SIDE CHAIN CONFORMATION WHICH IS STABILISED BY ...THE MUTATED RESIDUE HIS 136 HAS AN UNUSUAL ECLIPSED SIDE CHAIN CONFORMATI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION; 12MGS/ML PROTEIN/NOVOBIOCIN MIXED WITH EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (12% V/V PEG200, 100MM MES PH6.2), vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSSED PT-COATED MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→19.8 Å / Num. obs: 9455 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rsym value: 0.131 / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 48291 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: WILD-TYPE 24KDA FRAGMENT/NOVOBIOCIN COMPLEX 解像度: 2.3→19.8 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROGEO 詳細: STRAINED GEOMETRY AND DIFFERENCE DENSITY AT PRO 23 SUGGEST IT MIGHT HAVE MORE THAN ONE CONFORMATION. ASN 178 IS IN A DISALLOWED REGION OF THE RAMACHANDRAN PLOT. IT ADOPTS A CLASSICAL C-7 ...詳細: STRAINED GEOMETRY AND DIFFERENCE DENSITY AT PRO 23 SUGGEST IT MIGHT HAVE MORE THAN ONE CONFORMATION. ASN 178 IS IN A DISALLOWED REGION OF THE RAMACHANDRAN PLOT. IT ADOPTS A CLASSICAL C-7 AXIAL CONFORMATION TYPICAL OF GLYCINE RESIDUES WITH A CO(N-1)..N(N+1) H-BOND.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 241 Å2 / ksol: 1 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.015 / Weight: 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.132 / Rfactor obs: 0.23 |