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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aio | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A DOUBLE-STRANDED DNA CONTAINING THE MAJOR ADDUCT OF THE ANTICANCER DRUG CISPLATIN | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED | |||||||||
機能・相同性 | シスプラチン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Takahara, P.M. / Rosenzweig, A.C. / Frederick, C.A. / Lippard, S.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: Crystal structure of double-stranded DNA containing the major adduct of the anticancer drug cisplatin. 著者: Takahara, P.M. / Rosenzweig, A.C. / Frederick, C.A. / Lippard, S.J. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of the Anticancer Drug Cisplatin Bound to Duplex DNA 著者: Takahara, P.M. / Frederick, C.A. / Lippard, S.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aio.cif.gz | 39.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aio.ent.gz | 26.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1aio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1aio | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3630.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 #2: DNA鎖 | 分子量: 3761.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→8 Å / Num. obs: 5797 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |