+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1agm | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Refined structure for the complex of acarbose with glucoamylase from Aspergillus awamori var. x100 to 2.4 angstroms resolution | |||||||||
要素 | GLUCOAMYLASE-471 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucan 1,4-alpha-glucosidase / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity / starch binding / fungal-type vacuole / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus awamori (カビ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Aleshin, A.E. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Refined structure for the complex of acarbose with glucoamylase from Aspergillus awamori var. X100 to 2.4-A resolution. 著者: Aleshin, A.E. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Refined Crystal Structures of Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 著者: Aleshin, A.E. / Hoffman, C. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Refined Structure of the Complex of 1-Deoxynojirimycin with Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 to 2.4 Angstroms Resolution 著者: Harris, E.M.S. / Aleshin, A.E. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure of Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 to 2.2 Angstroms Resolution 著者: Aleshin, A.E. / Golubev, A. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 650 | HELIX THE POLYPEPTIDE CHAIN FOLDS INTO AN ALPHA/ALPHA-BARREL, COMPRISING 12 HELICES. | |||||||||
Remark 700 | SHEET MOST OF THE SHEETS FOR GLUCOAMYLASE-471 ARE HAIRPIN LOOPS THAT CONNECT HELICES. THESE LOOPS ...SHEET MOST OF THE SHEETS FOR GLUCOAMYLASE-471 ARE HAIRPIN LOOPS THAT CONNECT HELICES. THESE LOOPS HAVE TWO OR MORE H-BONDS BETWEEN THE ANTIPARALLEL STRANDS THAT COMPRISE THEM. IN ADDITION INDIVIDUAL LOOPS PACK TOGETHER, BUT THERE EXISTS GENERALLY ONLY ONE H-BOND BETWEEN A LOOP AND ITS NEIGHBOR. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1agm.cif.gz | 119.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1agm.ent.gz | 94 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1agm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1agm_validation.pdf.gz | 689.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1agm_full_validation.pdf.gz | 701.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1agm_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1agm_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1agm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1agm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: RESIDUES GLY 23 AND ALA 24 FORM A CIS PEPTIDE. / 2: CIS PROLINE - PRO 46 / 3: CIS PROLINE - PRO 123 4: RESIDUES ASN 171 AND ASN 395 ARE SITES OF N-GLYCOSYLATION. 5: RESIDUES SER 443, SER 444, THR 452, SER 453, SER 455, THR 457, SER 459, SER 460, THR 462 AND THR 464 ARE SITES OF O-GLYCOSYLATION. |
-要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 536分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 50450.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus awamori (カビ) 参照: UniProt: P23176, UniProt: P69327*PLUS, glucan 1,4-alpha-glucosidase |
---|---|
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-糖 , 4種, 14分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
---|---|---|---|
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-MAN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 5.95 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 26797 / Num. obs: 21212 / Num. measured all: 51528 / Rmerge(I) obs: 0.032 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 1 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |