PDB-1ac9: SOLUTION STRUCTURE OF A DNA DECAMER CONTAINING THE ANTIVIRAL DRUG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ac9

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF A DNA DECAMER CONTAINING THE ANTIVIRAL DRUG GANCICLOVIR: COMBINED USE OF NMR, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, AND FULL RELAXATION REFINEMENT, 6 STRUCTURES

要素

DNA

キーワード

DNA / DNA DECAMER / DEOXYRIBONUCLEIC ACID

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Foti, M. / Marshalko, S. / Schurter, E. / Kumar, S. / Beardsley, G.P. / Schweitzer, B.I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Solution structure of a DNA decamer containing the antiviral drug ganciclovir: combined use of NMR, restrained molecular dynamics, and full relaxation matrix refinement.
著者: Foti, M. / Marshalko, S. / Schurter, E. / Kumar, S. / Beardsley, G.P. / Schweitzer, B.I.

履歴

登録	1997年2月17日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ac9.cif.gz	90.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ac9.ent.gz	71.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ac9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ac9_validation.pdf.gz	316 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ac9_full_validation.pdf.gz	352.1 KB	表示
XML形式データ	1ac9_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	1ac9_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/1ac9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/1ac9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1t4i-1 1n4e-1 2lwh-d 6j2w-d 307d-3 1pyj-d 1fyi-d 1d20-d 1nev-d 1ac7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA

B: DNA

6.07 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	6 / 6	LOWEST ENERGY STRUCTURE
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA / (CTG-LGP-ATCCAG) 分子量: 3032.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	HETEROTOCSY
1	4	1	COSY
1	5	1	DQFCOSY
1	6	1	HSQC
1	7	1	HMQC

-
試料調製

試料状態	pH: 6.8 / 温度: 283 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
FELIX95.0			構造決定
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: SIX TOTAL STRUCTURES DETERMINED (3 FROM CANONICAL A-TYPE DNA AND 3 FROM CANONICAL B-TYPE DNA). ALL STRUCTURES WERE GENERATED WITH DIFFERENT STARTING RANDOM NUMBER SEEDS. STRUCTURES GENERATED ...

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 6 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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