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- PDB-1abs: PHOTOLYSED CARBONMONOXY-MYOGLOBIN AT 20 K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1abs
タイトルPHOTOLYSED CARBONMONOXY-MYOGLOBIN AT 20 K
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE / INTERMEDIATE IN LIGAND BINDING / RESPIRATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schlichting, I. / Berendzen, J. / Phillips Jr., G.N. / Sweet, R.M.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of photolysed carbonmonoxy-myoglobin.
著者: Schlichting, I. / Berendzen, J. / Phillips Jr., G.N. / Sweet, R.M.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of Myoglobin from a Synthetic Gene
著者: Phillips Jr., G.N. / Arduini, R.M. / Springer, B.A. / Sligar, S.G.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987
タイトル: High-Level Expression of Sperm Whale Myoglobin in Escherichia Coli
著者: Springer, B.A. / Sligar, S.G.
履歴
登録1997年1月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1064
ポリマ－17,3651
非ポリマー7413
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.420, 90.420, 45.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 17365.164 Da / 分子数: 1 / 変異: D122N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEME BOUND TO HIS-93, PHOTOLYSED CO ATOP HEME
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
解説: DATA WERE COLLECTED UNDER CONTINUOUS ILLUMINATION USING AN OPEN FLOW HELIUM CRYOSTAT FOR COOLING.
結晶化pH: 9
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 3.6 M AMMONIUM SULFATE. CRYSTALS WER SOAKED FOR 1 HOUR IN A THOROUGHLY DEGASSED AND N2 - SATURATED CRYOPROTECTANT SOLUTION MADE BY ADDITION OF 100 MG SUCROSE, ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 3.6 M AMMONIUM SULFATE. CRYSTALS WER SOAKED FOR 1 HOUR IN A THOROUGHLY DEGASSED AND N2 - SATURATED CRYOPROTECTANT SOLUTION MADE BY ADDITION OF 100 MG SUCROSE, 100 MG GLUCOSE AND 8 MG NA-DITHIONATE TO 1 ML OF 70% SATURATED AMMONIUM SULFATE WITH 50 MM TRIS. HCL PH 9.0. THEN THE SOLUTION WAS EXCHANGED AGAINST A CO SATURATED ONE. DISTINCT COLOR CHANGES ACCOMPANIED THE FORMATION OF UNLIGATED MYOGLOBIN FROM MET-MB AND MBCO FROM UNLIGATED MB.
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
170 mg/mlprotein11
22.2-2.6 Mammonium sulfate11
320 mMTris-HCl11
41 mMEDTA11

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データ収集

回折平均測定温度: 20 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1994年3月1日 / 詳細: YES
放射モノクロメーター: YES / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 30947 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.068
反射 シェル解像度: 1.5→1.7 Å / % possible all: 78
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 93946 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 2MGK

2mgk


解像度: 1.5→7 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0
詳細: HEME PARAMETERS WERE RELAXED TO ALLOW FOR REFINEMENT OF UNLIGATED, PHOTOLYSED, AND CO-BOUND COMPLEX.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.207 --
obs0.207 29798 89 %
原子変位パラメータBiso mean: 6.4 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 7 Å / Luzzati sigma a obs: 0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1225 0 50 119 1394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: N.A
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.263 3348 -
obs--79.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROLSQ.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4SO4.PARMSO4.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor all: 0.263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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