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- EMDB-9976: Structure of the phycobilisome from the red alga Porphyridium pur... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9976
タイトルStructure of the phycobilisome from the red alga Porphyridium purpureum
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of phycobilisome from red alga P.purpureum.
    • タンパク質・ペプチド: x 25種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily ...Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycoerythrin alpha subunit / B-phycoerythrin beta chain / C-phycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobilisome rod-core linker polypeptide / C-phycocyanin beta subunit ...Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycoerythrin alpha subunit / B-phycoerythrin beta chain / C-phycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobilisome rod-core linker polypeptide / C-phycocyanin beta subunit / Allophycocyanin beta 18 subunit / Phycobiliprotein ApcE / Allophycocyanin gamma subunit / Allophycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物) / Red alga (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sui SF / Ma JF / You X / Sun S
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis of energy transfer in Porphyridium purpureum phycobilisome.
著者: Jianfei Ma / Xin You / Shan Sun / Xiaoxiao Wang / Song Qin / Sen-Fang Sui /
要旨: Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting systems to adapt to their environments. Phycobilisomes are large light-harvesting protein complexes found in cyanobacteria and red ...Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting systems to adapt to their environments. Phycobilisomes are large light-harvesting protein complexes found in cyanobacteria and red algae, although how the energies of the chromophores within these complexes are modulated by their environment is unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structure of a 14.7-megadalton phycobilisome with a hemiellipsoidal shape from the red alga Porphyridium purpureum. Within this complex we determine the structures of 706 protein subunits, including 528 phycoerythrin, 72 phycocyanin, 46 allophycocyanin and 60 linker proteins. In addition, 1,598 chromophores are resolved comprising 1,430 phycoerythrobilin, 48 phycourobilin and 120 phycocyanobilin molecules. The markedly improved resolution of our structure compared with that of the phycobilisome of Griffithsia pacifica enabled us to build an accurate atomic model of the P. purpureum phycobilisome system. The model reveals how the linker proteins affect the microenvironment of the chromophores, and suggests that interactions of the aromatic amino acids of the linker proteins with the chromophores may be a key factor in fine-tuning the energy states of the chromophores to ensure the efficient unidirectional transfer of energy.
履歴
登録2019年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月11日-
マップ公開2019年12月11日-
更新2020年3月18日-
現状2020年3月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-7liy
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7liz
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.01
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9976.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9976.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.08682697 - 0.14312163
平均 (標準偏差)0.0006092488 (±0.004719709)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 610.95996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z610.960610.960610.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean-0.0870.1430.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of phycobilisome from red alga P.purpureum.

全体名称: Complex of phycobilisome from red alga P.purpureum.
要素
  • 複合体: Complex of phycobilisome from red alga P.purpureum.
    • タンパク質・ペプチド: Phycoerythrin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: B-phycoerythrin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: LR7
    • タンパク質・ペプチド: LR2_Hb
    • タンパク質・ペプチド: LR9
    • タンパク質・ペプチド: LR1
    • タンパク質・ペプチド: LR4
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: LR2
    • タンパク質・ペプチド: LRC2
    • タンパク質・ペプチド: LR5
    • タンパク質・ペプチド: LR8
    • タンパク質・ペプチド: LR3
    • タンパク質・ペプチド: LRC3
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin gamma subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta 18 subunit
    • タンパク質・ペプチド: LC
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome linker polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: LRC4
    • タンパク質・ペプチド: LRC5
    • タンパク質・ペプチド: LRC6
  • リガンド: PHYCOERYTHROBILIN
  • リガンド: PHYCOUROBILIN
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN

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超分子 #1: Complex of phycobilisome from red alga P.purpureum.

超分子名称: Complex of phycobilisome from red alga P.purpureum. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)

+
分子 #1: Phycoerythrin alpha subunit

分子名称: Phycoerythrin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 254 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 17.824029 KDa
配列文字列:
MKSVITTVVS AADAAGRFPS NSDLESIQGN IQRSAARLEA AEKLAGNHEA VVKEAGDACF AKYAYLKNPG EAGENQEKIN KCYRDVDHY MRLVNYCLVV GGTGPLDEWG IAGAREVYRT LNLPTSAYVA SIAYTRDRLC VPRDMSAQAG VEFSAYLDYL I NALS

+
分子 #2: B-phycoerythrin beta chain

分子名称: B-phycoerythrin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 274 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 18.584182 KDa
配列文字列:
MLDAFSRVVV NSDAKAAYVG GSDLQALKSF IADGNKRLDA VNSIVSNASC MVSDAVSGMI CENPGLISPG G(MEN)CYTN RRM AACLRDGEII LRYVSYALLA GDASVLEDRC LNGLKETYIA LGVPTNSSIR AVSIMKAQAV AFITNTATER KMSFAAG DC TSLASEVASY FDRVGAAIS

+
分子 #3: LR7

分子名称: LR7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 36.924992 KDa
配列文字列: MAAFVVGAQV SSGFMGCAAP RKEQTRVGGA AKAAVSMRII IQDKNSYRKY QTNTSTSKWD KLLNTKPMKR QVQPNPPTNE TRALNLGNT FRSPAFKFLG TLKRSKDPSG LRLGFYGRKA DDFMARSIAM QAKASAAGSG VYTTQCSEGA SKGMAENART A SLAKQFRQ ...文字列:
MAAFVVGAQV SSGFMGCAAP RKEQTRVGGA AKAAVSMRII IQDKNSYRKY QTNTSTSKWD KLLNTKPMKR QVQPNPPTNE TRALNLGNT FRSPAFKFLG TLKRSKDPSG LRLGFYGRKA DDFMARSIAM QAKASAAGSG VYTTQCSEGA SKGMAENART A SLAKQFRQ AQRSAREMSF DYYEGRKYAM KAVGHICNYE EKIFQQYNKT AAAYVMGKQE TLLSCDRYAQ PANKAEEYIQ KS VQMQMKK RSIPYGVYTT SCADGTVKGM AENARVAKES ANFRARQMSA GAKAAARFNA RRVANDWHNN GCNYEEKLTS RFP AAASSV RPTTNRY

+
分子 #4: LR2_Hb

分子名称: LR2_Hb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 43.968605 KDa
配列文字列: MAAFISSFAG AQLAHARPSK QTALRAALTL PGTAETNLAV PSNAVRKVQP YPIAKPPSYS SVDSLRPARV SRMDADWATI YEQVRRQVM GNAYVMEGEA PDIDVAFSQL KGGNLTVREF VRAVGKSASY RTRFMEAKSS YNFVLLNFKH FLGRAPTQEE V STHIQILA ...文字列:
MAAFISSFAG AQLAHARPSK QTALRAALTL PGTAETNLAV PSNAVRKVQP YPIAKPPSYS SVDSLRPARV SRMDADWATI YEQVRRQVM GNAYVMEGEA PDIDVAFSQL KGGNLTVREF VRAVGKSASY RTRFMEAKSS YNFVLLNFKH FLGRAPTQEE V STHIQILA TSGLEAEIDS YIDSDEYKAL FGDHVVPYVV YRGTYLSSER FNRMVKANPG GATSDKAKSN LNMIATVAAD LP TDAIDVM RGLPSPITSE TLAFGTAYYW AKVEKEASEG RSASPIGEKI GKFDHAPIST YTSLCSYDKV NKAPQISVTN VGS DEHSYV SVTSKYIAPD MAAAAQMLAD CQKYKAGGNA PTGKWMKYYP GTTVNMAPYI SLNDTGSDSS RTVSVTLDKV KISP NKIGK

+
分子 #5: LR9

分子名称: LR9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 31.332955 KDa
配列文字列: MAAKPYESGY IAEDDFWRGR GIAAWVYATG ANKVIAQIVK DFNLTDKKFM VFIPNDGAFA RLSPQLRKAM MEDSRLVYDM LAGHIFTSK GSAMLKDLQG AGYLQPAYGE AIGYVGTGRV IKIGNAQVIP ESSDILRKNL GFSAHTLDTF IVPKALTKKV S IEAGFSPV ...文字列:
MAAKPYESGY IAEDDFWRGR GIAAWVYATG ANKVIAQIVK DFNLTDKKFM VFIPNDGAFA RLSPQLRKAM MEDSRLVYDM LAGHIFTSK GSAMLKDLQG AGYLQPAYGE AIGYVGTGRV IKIGNAQVIP ESSDILRKNL GFSAHTLDTF IVPKALTKKV S IEAGFSPV TPAKYVSTTK ADLRYVGATK PAAVGGRRAM NLMKQQPFWM YGPPYNAVTQ DEYEPISAAA PKAFVDYQIF AP GTVKVSP DSVNANELNP VSGMSKYIGK TQKLVGDQGI SDRSDKLPMG Q

+
分子 #6: LR1

分子名称: LR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 39.727625 KDa
配列文字列: MAAFVTGMGA APRSQMRSVS GSAVCVRSDS VRAPGALTMR LGTVSGNSSL DKLGLDKFLS ESNRAYTPRA QPGFSSEYEQ IISATYKQL FGNAYIMDSE RAEMAKQESM FRDGQLTLKD FCRALAKTEQ YKKRFFDSRP LYGAIELNFK NILGRTPDGL E HYRAKSAV ...文字列:
MAAFVTGMGA APRSQMRSVS GSAVCVRSDS VRAPGALTMR LGTVSGNSSL DKLGLDKFLS ESNRAYTPRA QPGFSSEYEQ IISATYKQL FGNAYIMDSE RAEMAKQESM FRDGQLTLKD FCRALAKTEQ YKKRFFDSRP LYGAIELNFK NILGRTPDGL E HYRAKSAV YDTKGYEAFV DAFFDDGEYD EVYDDYTVPF YRGYKTEANL SMAAFTHFFR MVRGSSTSDK ANPNSMQKDI PL NYYGITK TPLAVIAPGA AGTAYTESFA GTGSWQSGRA GLNAARVALG VPATANGKSF RVEVTGYTQP GFGITAGTAV GKL YKANKL SRYPRSNKSY VVGFDELTPL YQRITKNGGT IASITPL

+
分子 #7: LR4

分子名称: LR4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 31.792982 KDa
配列文字列: MAAFVSGFHG VQVGAPAENK LVCRAAKPAQ LTMLTGYDSK SSPNFPNRAA TRERRTVSFN ARVARNKSQA KKILEKADEF FARSVTMQY KAFACPNGVY DIQCTEGTVK GAAYEKRAMA VSAAFRAKQA SPAAKARALF ENRRHAIIAS HECQHEEDLF V RFPKLSAA ...文字列:
MAAFVSGFHG VQVGAPAENK LVCRAAKPAQ LTMLTGYDSK SSPNFPNRAA TRERRTVSFN ARVARNKSQA KKILEKADEF FARSVTMQY KAFACPNGVY DIQCTEGTVK GAAYEKRAMA VSAAFRAKQA SPAAKARALF ENRRHAIIAS HECQHEEDLF V RFPKLSAA YMMGKTEAMR TCSRYVVPDS LEEEYMAASV DRQMKERACP GGVYASSCVE GNAKGQAEQA RVAALATAFR SA QKSASKT TAERYSSAAY GRDHFAHGCS YEESVFNTYP ATAAAMRSKS YNY

+
分子 #8: Phycobilisome rod-core linker polypeptide

分子名称: Phycobilisome rod-core linker polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 26.996689 KDa
配列文字列: MSIPILKYSL STQNQRVESF EVNPGDEQYR IYSTDSLPSS SEVDQIIWAA YRQIFSEHQI LKSTKQPFLE SQLRFNQISI KDFIKGLVL SAPFRDLNYN VNNNYRFVEI CVQRVLGRDI YNEREKIAWS IIIATQGLEG FIDTLLNTQE YLSNFGDSIV P FQRRRIIP ...文字列:
MSIPILKYSL STQNQRVESF EVNPGDEQYR IYSTDSLPSS SEVDQIIWAA YRQIFSEHQI LKSTKQPFLE SQLRFNQISI KDFIKGLVL SAPFRDLNYN VNNNYRFVEI CVQRVLGRDI YNEREKIAWS IIIATQGLEG FIDTLLNTQE YLSNFGDSIV P FQRRRIIP QRSKGEMPFN LKTPRYGIEF RSKLAATQFS WASPIRRFRP QEQQPKAGDP ALFLNMVQEM GPGL

+
分子 #9: C-phycocyanin alpha subunit

分子名称: C-phycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 17.478664 KDa
配列文字列:
MKTPITEAIA TADNQGRFLS NTELQAVNGR YQRATASLTA AKALTGSAQR LITGAAQAVY NKFPYTTQMP GPAYASSAIG KAKCARDIG YYLRMVTYCL VVGGTGPMDE YLVAGLEEIN RSFDLSPSWY IEALQYIKNS HGLSGQVANE ANAYIDYAIN T LS

+
分子 #10: C-phycocyanin beta subunit

分子名称: C-phycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 18.242705 KDa
配列文字列:
MLDAFAKVVA QADARGEFLS NTQIDALSKM VKEGNQRLDI VNKVTSNASA IVTNSARALF AEQPQLIQPG G(MEN)AYTS RRM AACLRDMEIV LRYVSYAMIA GDSSVLDDRC LNGLRETYQA LGTPGSSVAV AIQKMKDASV ALANDTTGTP IGDCSSL VA ELAGYFDRAA VSVV

+
分子 #11: LR2

分子名称: LR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 32.886242 KDa
配列文字列: MEAVGFVHVG AWRVGSSSAA AAAAGVAGKR CGALPVSFGA HAPRRAASAS QVKMMAFSSI QNVLTDAPLG TPSAMGFLDE RTEKPLMGP SEMDELVYAV YKQVFGNAHI MESERAELRD AESLFRYLRD VREFVRALAK SNAYTSRFLQ GNQQYRFFEL N FKHLLGRG ...文字列:
MEAVGFVHVG AWRVGSSSAA AAAAGVAGKR CGALPVSFGA HAPRRAASAS QVKMMAFSSI QNVLTDAPLG TPSAMGFLDE RTEKPLMGP SEMDELVYAV YKQVFGNAHI MESERAELRD AESLFRYLRD VREFVRALAK SNAYTSRFLQ GNQQYRFFEL N FKHLLGRG PRSLEEMASH SALYAEGGFE AVIDAILDSD EYAQEFGSTV VPYCRFKGEY PTNEEFNRML VLKGANSTSD KA GKGRSKL CYSIAAGCSQ NWLSMSKALP FGTEKGTGFN LISSSRNPAA RPRIGTKIPG GVVFSS

+
分子 #12: LRC2

分子名称: LRC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 53.601336 KDa
配列文字列: MAFVNGFSGG AAAVPRRGVA RVCAQRVVMK VVDRLDSQPS AAFEQTKQVY TFSRYILGPH RAVVAPVAMD PSEKEVVLRA VYRQVFGNA YIMEEERAEL RVMESQFLLG ELSVKELVRA LAKSSTYKVR FFEGAVQYRF IELCFKHLLG RAPDNHEEIA V HMRKYQQE ...文字列:
MAFVNGFSGG AAAVPRRGVA RVCAQRVVMK VVDRLDSQPS AAFEQTKQVY TFSRYILGPH RAVVAPVAMD PSEKEVVLRA VYRQVFGNA YIMEEERAEL RVMESQFLLG ELSVKELVRA LAKSSTYKVR FFEGAVQYRF IELCFKHLLG RAPDNHEEIA V HMRKYQQE GYDAEIDSYL DAGEYDNVFG DDTVPFLRFR GVYTPCDSFN RQCALQGGWA NSDKAMGGAA LSGYNGSDGR QM STMIGNY ISGKPIPYEK VAADTPLKST APNWYARPNP ALAPQPAYVS AKEIAELRSR VSKLEAAWSV AVKQSAAAKD TVE TWRAAA KEMAAMRGIS PMGEAYFGGI AQKVDNGALA QLGNKASSYK KYLYAIETDE VSRLEVDLEE AKGQLRVLEA AMAK STPMT RTAEFKTLTK NVAAVTAAEK ADPLSKRPRI SASRPKPTPA AAKMAAAEKK KGPFGLSVPS LPNLPNLPKL PSLSL PKVS LPFGKK

+
分子 #13: LR5

分子名称: LR5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 29.453639 KDa
配列文字列: MAAFVGSAAS AFTGASAVKA NEKRSVCSLQ MVAMPQTGLV NSKFSARMAK KTAKQTKNKV DEYMARSVQR QYKQAAVATG VYGTQCTEG TVKGAAEASR SAALSRQFRI KQRSAFSKAH DLFEFRKHAI IAAAGCSYEE KMVTRFPKLA AAMVLGQTEM M RTCSRYVV ...文字列:
MAAFVGSAAS AFTGASAVKA NEKRSVCSLQ MVAMPQTGLV NSKFSARMAK KTAKQTKNKV DEYMARSVQR QYKQAAVATG VYGTQCTEG TVKGAAEASR SAALSRQFRI KQRSAFSKAH DLFEFRKHAI IAAAGCSYEE KMVTRFPKLA AAMVLGQTEM M RTCSRYVV PESVEEEYMA ASVDKQMKRR GAPGGVYSLS CAEGVAKGQA EIARVSALGA AYRAASKSAS AVTAERYNSM AY GRVHFAH GCSYEEQQFN KYPAAAAAMR SDSYGY

+
分子 #14: LR8

分子名称: LR8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 31.358787 KDa
配列文字列: METAFVSGFM GKAAVAKFGA TAVCDKTARR SSSSNSQVHM VTGAVSSVNM RRFQRVPKVS GFSAKVTKKN VNKALDKADM FFAKSVTME GKAAAIPYGV YGIQCMEGSA KGMAHEKRAM ALSAAFRMNQ RSAAEKTGAM YENRRLALIL AQNDHQEKQY I KYPKLAAA ...文字列:
METAFVSGFM GKAAVAKFGA TAVCDKTARR SSSSNSQVHM VTGAVSSVNM RRFQRVPKVS GFSAKVTKKN VNKALDKADM FFAKSVTME GKAAAIPYGV YGIQCMEGSA KGMAHEKRAM ALSAAFRMNQ RSAAEKTGAM YENRRLALIL AQNDHQEKQY I KYPKLAAA ALMASTEVTR ACQRYAVPES IEEEFLAASV DKVNKMRGTT ASGVYKSSCV EGNAKGQAEQ ARVAALAVAF RS AQKSASQ FAAERYAQSK YGRDLFSSTH FEEGYANTYP AMAAAKRASS YGY

+
分子 #15: LR3

分子名称: LR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 37.175957 KDa
配列文字列: MAFVTGGVGA VVRPGTAVSR GVVCARQQAR PRAAALQMGV SDVSITLSGV AASQPVSAPA KMSLEDRQLL VLQAIKQVFG NAYVMEEER ASFAKQESMF LSGELSVREF VRELALSDTY RRRFFEPCGP YRFVELNMKH LLGRGPISQA EVSQHVQCYV N NGYEAEIS ...文字列:
MAFVTGGVGA VVRPGTAVSR GVVCARQQAR PRAAALQMGV SDVSITLSGV AASQPVSAPA KMSLEDRQLL VLQAIKQVFG NAYVMEEER ASFAKQESMF LSGELSVREF VRELALSDTY RRRFFEPCGP YRFVELNMKH LLGRGPISQA EVSQHVQCYV N NGYEAEIS SYVDSDEYYE RFGEDTVPYE QFRGTYMTAE DFNRMVSMYG APGQSDKSLT SRARSTGVAN SNKVLSLEGA GR SSKTVGR VATNTASSLT SVKSGIPPRP DIDQPRGQSS KRLVGRRLEI VPGSYMYLSP AEAAEYRAQQ AAVSQVSAAF SAD VQSKMA QVSKLKRELA ALGLSV

+
分子 #16: LRC3

分子名称: LRC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 55.146727 KDa
配列文字列: MAFVGAMPGG GGEPRAVRMM MQTDARSLSS GSSAAVPFST AVRFESPSGG LDRYSRVDPA APGPNVITRF LFKDRPVRRS DPSLSEVDR EATMRTVYRN VMGNAYVMEE ERAELATLES QFLVGAISTR DFVRGVAKSA TYKKRFFESV SQFRFIELNF K HFMGRAPL ...文字列:
MAFVGAMPGG GGEPRAVRMM MQTDARSLSS GSSAAVPFST AVRFESPSGG LDRYSRVDPA APGPNVITRF LFKDRPVRRS DPSLSEVDR EATMRTVYRN VMGNAYVMEE ERAELATLES QFLVGAISTR DFVRGVAKSA TYKKRFFESV SQFRFIELNF K HFMGRAPL DMAEMSKHYE IFAAGGYDAE VDSYFDSEEY LDVFGLDTVP YMRFRGTYAP NSTFNLQCRL QGGWARSDKK LP MMSMLPL NNKAAIMPHQ IVDGLPVIPN SEHPSQKYNV PKVSREKLQR ELLIAQGKAN ALQIELDAAY TSLASSRAFL APF AAMAAD MDIRPLYGKN PQVFAGQFLG VGAGQWGKTG ADTVRGRSRR VAADIGVKEF QLERVKQLVV DLQRALALED AEAD APATS LLQAYQAKVY VKPPVIAKKK GPEPVNEDEI TIGQGDKKIK VTVLRNLGDR TEKLREKPEK EEEEGPRTFK DLYET AKPM KGFPGDGSEM NVGG

+
分子 #17: Allophycocyanin alpha subunit

分子名称: Allophycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 17.639123 KDa
配列文字列:
MSIVTKSIVN ADAEARYLSP GELDRIKSFV LSGQRRLRIA QTLTENRERI VKQGGQQLFQ RRPDVVSPGG NAYGEEMTAT CLRDLDYYL RLVTYGIIAG DVTPIEEIGL VGVKEMYSAL GTPISGVAEG IRCMKDVACS LLSGEDAAEV GFYFDYTLAA M Q

+
分子 #18: Allophycocyanin beta subunit

分子名称: Allophycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 17.415797 KDa
配列文字列:
MQDAITSVIN AADVQGKYLD ANSVEKLRGY FQTGELRVRA AATIAANAAT IIKEAVAKSL LYSDITRPGG (MEN)MYTTR RYA ACIRDLDYYL RYATYGMLAG DPSILDERVL NGLKETYNSL GVPIGATIQA IQAMKEVTGS LVGSDAGKEM GLYFDYI CS GLS

+
分子 #19: Allophycocyanin gamma subunit

分子名称: Allophycocyanin gamma subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 18.126934 KDa
配列文字列:
MSLVTQVILS ADDELRYPTA GELETISSYL KTGEYRIRLI SILQGKEQEI IRLASKKIFQ LHPEYIAPGG NASGARQRAL CLRDYGWYL RLITYAILAG DKEPLEKIGI IGVREMYNSL GVPIIGMIDA IKCLKEATVE VISQEEEDFV APYYDYIIQG M S

+
分子 #20: Allophycocyanin beta 18 subunit

分子名称: Allophycocyanin beta 18 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 19.77874 KDa
配列文字列:
MQDIITSVIN QYDLSGRYLD IKGINQINNY FDTGLKRLMI AKLINKEATN LIKEASELLF IEQPELLRPC GNAFIGNAYT TRRYAACIR DIEYYLRYSA YSIIAGNNSI LDERVLDGLK ETYNSLLVPI GPTIRVIQLL KEIIQKKFST ENIENAIIAE P FDYLAINL SDKNL

+
分子 #21: LC

分子名称: LC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 10.428983 KDa
配列文字列:
MAYDMDGTGA GSLEPRGIKS SAVEKDSRCF KVTFVLPSQS RLYTFRELQN VYTTKMVPFS SWYAEQQRIQ KMGGKILKVE LVAGGQMRS VGNQ

+
分子 #22: Phycobilisome linker polypeptide

分子名称: Phycobilisome linker polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 99.468367 KDa
配列文字列: MVTKASGGSP VVKPQLYKTA SMLTIAQAEQ QDRFLELGEL NQLVSFLNTG NIRLEIADLL TKNANIIVAR AADRIFVGGS AISYLERPQ ASIIEANSAD IASIRQMSGD SQSNFLENLT SVFQGNNATP TGFKPISVVR YGPSRMKKSL RDLDWFLRYL T YAIVAGDP ...文字列:
MVTKASGGSP VVKPQLYKTA SMLTIAQAEQ QDRFLELGEL NQLVSFLNTG NIRLEIADLL TKNANIIVAR AADRIFVGGS AISYLERPQ ASIIEANSAD IASIRQMSGD SQSNFLENLT SVFQGNNATP TGFKPISVVR YGPSRMKKSL RDLDWFLRYL T YAIVAGDP NILFVNIRGL REIIENACSS AATIVALKEM KKTSLSLFPE NSIQKEIIEE YFNVVVDEFI NPALTDTIRK RT SNDLQGL RLPQIYAKAG ISRQKFVMKP GLSTDEKQSV ISACYRQVFE RDISKAYGFS FSVLESQVKN GQISIKEFVR SLG KSSVYQ KQFYQPYVNS RVVELAFRHF LGRNLSSLAE FQKFFAILSK KGLTGLVDSL INSREYSDYF NEETVPYIRG FGEE PQECR NWGTQIDLFQ YSAPFRKVPQ SITLFSDYLK ALPDQHPYGR GNDPLLIQFG AIFPIGTKNL KQNPAPFGKD TRRLL IRRG PGIYNQVGNP STRSVSVGSL GPKVFKSEGI NSNAQRTNNE SILQASYLAV FGRMIYQNER IGLKGIDNKF LDNNLS VKE LIRSLAISDT FRSLYWTPLY VCKSIEWIHY RLLGRPTYGR QEINQYFNVA YKKGFVGVIN SIIDSVEYNE CFGDNIV PY ERYLTANSVS QRQLKLGNII KSANLKPQNI EKFVQLGQSQ TNQNLYSIKY KVKQGVSKLR DQQKIFETKG SLSKDAYL S IFQAACRQIF ERDISTFVIG NEIENIKIQF IKGQISVKEM INALGKSSVY LKEFYNPYPN IKVIELGTKH FLGRAPNNQ AEIRFYNQIL ASCGLQAFID MLTNSQEYAE IFGEVRVPFR RFPTLPAANF PNTNTLFDKQ TKQNSVVIVP SFKAITGNQ

+
分子 #23: LRC4

分子名称: LRC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 16.91526 KDa
配列文字列:
MAFVACGPLR AGEGGARLGA RKAACSMQLA PPGIPPGEDA RNNQSLRQYV ARPVETYQKR SFATPLPLTW TGETETVGAF DVVVPPQEK DLPVSGEATS AFVKYSDMVR AERKAALQAL LSASAAGEGR PTCGAEGRKF VSNANPVLVN GVKCVEYWRK

+
分子 #24: LRC5

分子名称: LRC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 30.272959 KDa
配列文字列: MAFVSGAGVA VPAGAKASAP LCALRMSGYG DYSYSTDRTK GHVNQYYVDK ARSRSDWGNR NVLPASEGDA VLGRTAKGAV AVPEFGIPQ LDDPVLGFGP DSMVDPRIAE ADGAVWRWDA GFVDESMTLA SCADISDEAV ADEAFAKFRG SVLAERGAMI T KAESATAS ...文字列:
MAFVSGAGVA VPAGAKASAP LCALRMSGYG DYSYSTDRTK GHVNQYYVDK ARSRSDWGNR NVLPASEGDA VLGRTAKGAV AVPEFGIPQ LDDPVLGFGP DSMVDPRIAE ADGAVWRWDA GFVDESMTLA SCADISDEAV ADEAFAKFRG SVLAERGAMI T KAESATAS VITSLRDGLY SGEAQLLTAS GQRLANVAGQ EKIATISGYT WDGQPQTEIP GKPFVKSIGA MDYMDGVEGG DV VAAKVGA FWKPKAPKEV PYKRPMGANT PELPYNTVPR LVQAAGLAVQ E

+
分子 #25: LRC6

分子名称: LRC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物)
分子量理論値: 26.620727 KDa
配列文字列: MAGFVASTGA VLRKQQVDAA PVCERASSRA RAVAPLSMAR TAYPYTGSGY GSAGVPYGQD TYGYKATTAK SITETAAQAG VFNTFVKLL NESGVEKLVE QAGPYTVFAP TDDAFAALLE PHSFNKLATL LRPENNDALR KVLMHHVIPG AFTSASLMDR A VTVKSLAG ...文字列:
MAGFVASTGA VLRKQQVDAA PVCERASSRA RAVAPLSMAR TAYPYTGSGY GSAGVPYGQD TYGYKATTAK SITETAAQAG VFNTFVKLL NESGVEKLVE QAGPYTVFAP TDDAFAALLE PHSFNKLATL LRPENNDALR KVLMHHVIPG AFTSASLMDR A VTVKSLAG EPISIMGLNK LVTAGTAKVV RADVPCANGC IIHAVSSVII PPNYVPVPQP TKPVFPRSVI AEIAKLPTPR QA LGLDPAP SKIVKY

+
分子 #26: PHYCOERYTHROBILIN

分子名称: PHYCOERYTHROBILIN / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1430 / 式: PEB
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-PEB:
PHYCOERYTHROBILIN

+
分子 #27: PHYCOUROBILIN

分子名称: PHYCOUROBILIN / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 48 / 式: PUB
分子量理論値: 590.71 Da
Chemical component information

ChemComp-CYB:
PHYCOUROBILIN

+
分子 #28: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 120 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式
750.0 mmol.L-1Na2HPO3
750.0 mmol.L-1KH2PO3
糖包埋材質: ice
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 実像数: 16218 / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 686369
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5y6p

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 191825
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る