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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9913 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Holo-bacterioferritin-form-I from Streptomyces coelicolor | |||||||||
![]() | Structure of bacterioferritin holoform-I from Streptomyces coelicolor | |||||||||
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![]() | Ferritin / Nanocage / Bacterioferritin / METAL TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Jobichen C / Sivaraman J | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Apo-bacterioferritin from Streptomyces coelicolor. 著者: Jobichen C / Sivaraman J | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 48.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 112.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of bacterioferritin holoform-I from Streptomyces coelicolor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core
全体 | 名称: Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core
超分子 | 名称: Bacterioferritin in complex with HEME with Fe3 mineral core タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: Bacterioferritin
分子 | 名称: Bacterioferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 19.242629 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MQGDPEVIEF LNEQLTAELT AINQYFLHAK LQDHKGWTKL AKYTRAESFD EMRHAEVLTD RILLLDGLPN YQRLFHVRVG QSVTEMFQA DREVELEAID RLRRGIEVMR AKHDITSANV FEAILADEEH HIDYLETQLD LIEKLGESLY LSTVIEQTQP D PSGPGSL UniProtKB: Bacterioferritin |
-分子 #2: FE (II) ION
分子 | 名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: FE2 |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #3: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HEM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | This sample was monodisperse with 24mer nanocage assemblies. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |