[日本語] English
万見
- EMDB-9761: Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection Syste... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9761
タイトルCryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, PVC sheath complex in contracted state
マップデータ
試料
  • 複合体: sheath in contracted state
    • タンパク質・ペプチド: Pvc2
キーワードassembly / Photorhabdus asymbiotica / PVC / contractile injection system / bacteriophage-like / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性: / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Phage tail sheath protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus asymbiotica (バクテリア) / Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica (strain ATCC 43949 / 3105-77) (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Jiang F / Li N
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM Structure and Assembly of an Extracellular Contractile Injection System.
著者: Feng Jiang / Ningning Li / Xia Wang / Jiaxuan Cheng / Yaoguang Huang / Yun Yang / Jianguo Yang / Bin Cai / Yi-Ping Wang / Qi Jin / Ning Gao /
要旨: Contractile injection systems (CISs) are cell-puncturing nanodevices that share ancestry with contractile tail bacteriophages. Photorhabdus virulence cassette (PVC) represents one group of ...Contractile injection systems (CISs) are cell-puncturing nanodevices that share ancestry with contractile tail bacteriophages. Photorhabdus virulence cassette (PVC) represents one group of extracellular CISs that are present in both bacteria and archaea. Here, we report the cryo-EM structure of an intact PVC from P. asymbiotica. This over 10-MDa device resembles a simplified T4 phage tail, containing a hexagonal baseplate complex with six fibers and a capped 117-nanometer sheath-tube trunk. One distinct feature of the PVC is the presence of three variants for both tube and sheath proteins, indicating a functional specialization of them during evolution. The terminal hexameric cap docks onto the topmost layer of the inner tube and locks the outer sheath in pre-contraction state with six stretching arms. Our results on the PVC provide a framework for understanding the general mechanism of widespread CISs and pave the way for using them as delivery tools in biological or therapeutic applications.
履歴
登録2018年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月10日-
マップ公開2019年4月10日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6j0c
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6j0c
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9761.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 400 pix.
= 448.4 Å		1.12 Å/pix.
x 400 pix.
= 448.4 Å		1.12 Å/pix.
x 400 pix.
= 448.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.121 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.27504915 - 0.51320004
平均 (標準偏差)0.0033795715 (±0.025364222)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 448.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1211.1211.121
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z448.400448.400448.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.2750.5130.003

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : sheath in contracted state

全体名称: sheath in contracted state
要素
  • 複合体: sheath in contracted state
    • タンパク質・ペプチド: Pvc2

-
超分子 #1: sheath in contracted state

超分子名称: sheath in contracted state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Photorhabdus asymbiotica (バクテリア)

-
分子 #1: Pvc2

分子名称: Pvc2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica (strain ATCC 43949 / 3105-77) (バクテリア)
株: ATCC 43949 / 3105-77
分子量理論値: 39.374281 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTVTSYPGV YIEELNSLAL SVSNSATAVP VFAVDEQNQY ISEDNAIRIN SWMDYLNLIG NFNNEDKLDV SVRAYFANGG GYCYLVKTT SLEKIIPTLD DVTLLVAAGE DIKTTVDVLC QPGKGLFAVF DGPETELTIN GAEEAKQAYT ATPFAAVYYP W LKADWANI ...文字列:
MTTVTSYPGV YIEELNSLAL SVSNSATAVP VFAVDEQNQY ISEDNAIRIN SWMDYLNLIG NFNNEDKLDV SVRAYFANGG GYCYLVKTT SLEKIIPTLD DVTLLVAAGE DIKTTVDVLC QPGKGLFAVF DGPETELTIN GAEEAKQAYT ATPFAAVYYP W LKADWANI DIPPSAVMAG VYASVDLSRG VWKAPANVAL KGGLEPKFLV TDELQGEYNT GRAINMIRNF SNTGTTVWGA RT LEDKDNW RYVPVRRLFN SVERDIKRAM SFAMFEPNNQ PTWERVRAAI SNYLYSLWQQ GGLAGSKEED AYFVQIGKGI TMT QEQIDA GQMIVKVGLA AVRPAEFIIL QFTQDVEQR

UniProtKB: Phage tail sheath protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 46.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 17.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 31.4 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る