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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9660 | |||||||||
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タイトル | Type III-A Csm complex, Cryo-EM structure of Csm-CTR1, ATP bound | |||||||||
マップデータ | The cryo-EM structure of Csm-CTR1, ATP bound. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
データ登録者 | You L / Ma J / Wang J / Zhang X / Wang Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Structure Studies of the CRISPR-Csm Complex Reveal Mechanism of Co-transcriptional Interference. 著者: Lilan You / Jun Ma / Jiuyu Wang / Daria Artamonova / Min Wang / Liang Liu / Hua Xiang / Konstantin Severinov / Xinzheng Zhang / Yanli Wang / 要旨: Csm, a type III-A CRISPR-Cas interference complex, is a CRISPR RNA (crRNA)-guided RNase that also possesses target RNA-dependent DNase and cyclic oligoadenylate (cOA) synthetase activities. However, ...Csm, a type III-A CRISPR-Cas interference complex, is a CRISPR RNA (crRNA)-guided RNase that also possesses target RNA-dependent DNase and cyclic oligoadenylate (cOA) synthetase activities. However, the structural features allowing target RNA-binding-dependent activation of DNA cleavage and cOA generation remain unknown. Here, we report the structure of Csm in complex with crRNA together with structures of cognate or non-cognate target RNA bound Csm complexes. We show that depending on complementarity with the 5' tag of crRNA, the 3' anti-tag region of target RNA binds at two distinct sites of the Csm complex. Importantly, the interaction between the non-complementary anti-tag region of cognate target RNA and Csm1 induces a conformational change at the Csm1 subunit that allosterically activates DNA cleavage and cOA generation. Together, our structural studies provide crucial insights into the mechanistic processes required for crRNA-meditated sequence-specific RNA cleavage, RNA target-dependent non-specific DNA cleavage, and cOA generation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9660.map.gz | 28.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9660-v30.xml emd-9660.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9660.png | 58 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9660 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9660 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9660_validation.pdf.gz | 508.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9660_full_validation.pdf.gz | 508.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9660_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9660_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9660 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9660 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ig0MC 9653C 9654C 9655C 9656C 9657C 9658C 9659C 6ifkC 6iflC 6ifnC 6ifrC 6ifuC 6ifyC 6ifzC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9660.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The cryo-EM structure of Csm-CTR1, ATP bound. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Csm-CTR1 complex, ATP bound
+超分子 #1: Csm-CTR1 complex, ATP bound
+分子 #1: Type III-A CRISPR-associated protein Csm1
+分子 #2: Type III-A CRISPR-associated protein Csm2
+分子 #3: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3
+分子 #4: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm4
+分子 #5: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm5
+分子 #6: crRNA
+分子 #7: CTR1
+分子 #8: ZINC ION
+分子 #9: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #10: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 58587 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |