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- EMDB-9399: F-pilus/MS2 complex (Class 1 map with genome masked out) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9399
タイトルF-pilus/MS2 complex (Class 1 map with genome masked out)
マップデータEscherichia coli F-pilus and Enterobacteria phage MS2 complex. (Class 1 map with phage genome masked out).
試料
  • 複合体: F-pilus/MS2 complex (Class 1 map with genome masked out)
    • 複合体: Enterobacteria phage MS2
    • 複合体: F-plius
生物種Enterobacteria phage MS2 (ファージ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Meng R / Jiang M / Zhang J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteP41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteP01AI095208 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the adsorption of a single-stranded RNA bacteriophage.
著者: Ran Meng / Mengqiu Jiang / Zhicheng Cui / Jeng-Yih Chang / Kailu Yang / Joanita Jakana / Xinzhe Yu / Zhao Wang / Bo Hu / Junjie Zhang /
要旨: Single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) infect Gram-negative bacteria via a single maturation protein (Mat), which attaches to a retractile pilus of the host. Here we present structures of ...Single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) infect Gram-negative bacteria via a single maturation protein (Mat), which attaches to a retractile pilus of the host. Here we present structures of the ssRNA phage MS2 in complex with the Escherichia coli F-pilus, showing a network of hydrophobic and electrostatic interactions at the Mat-pilus interface. Moreover, binding of the pilus induces slight orientational variations of the Mat relative to the rest of the phage capsid, priming the Mat-connected genomic RNA (gRNA) for its release from the virions. The exposed tip of the attached Mat points opposite to the direction of the pilus retraction, which may facilitate the translocation of the gRNA from the capsid into the host cytosol. In addition, our structures determine the orientation of the assembled F-pilin subunits relative to the cell envelope, providing insights into the F-like type IV secretion systems.
履歴
登録2019年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月6日-
マップ公開2019年7月24日-
更新2019年7月31日-
現状2019年7月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9399.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Escherichia coli F-pilus and Enterobacteria phage MS2 complex. (Class 1 map with phage genome masked out).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.46 Å/pix.
x 216 pix.
= 531.36 Å		2.46 Å/pix.
x 216 pix.
= 531.36 Å		2.46 Å/pix.
x 216 pix.
= 531.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.46 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.10108236 - 0.21163341
平均 (標準偏差)0.0016438188 (±0.01115771)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 531.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.462.462.46
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z531.360531.360531.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.1010.2120.002

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添付データ

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追加マップ: Escherichia coli F-pilus and Enterobacteria phage MS2 complex....

ファイルemd_9399_additional.map
注釈Escherichia coli F-pilus and Enterobacteria phage MS2 complex. (Class 1 map with phage genome), additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : F-pilus/MS2 complex (Class 1 map with genome masked out)

全体名称: F-pilus/MS2 complex (Class 1 map with genome masked out)
要素
  • 複合体: F-pilus/MS2 complex (Class 1 map with genome masked out)
    • 複合体: Enterobacteria phage MS2
    • 複合体: F-plius

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超分子 #1: F-pilus/MS2 complex (Class 1 map with genome masked out)

超分子名称: F-pilus/MS2 complex (Class 1 map with genome masked out)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Enterobacteria phage MS2

超分子名称: Enterobacteria phage MS2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage MS2 (ファージ)

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超分子 #3: F-plius

超分子名称: F-plius / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 37.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 60004
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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