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万見
- EMDB-9348: E. coli ATP synthase after incubation with ATP - State C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9348
タイトルE. coli ATP synthase after incubation with ATP - State C
マップデータE. coli ATP synthase after incubation with ATP
試料
  • 複合体: E. coli ATP synthase
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Sobit M / Stewart AG
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1146403 オーストラリア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM reveals distinct conformations of ATP synthase on exposure to ATP.
著者: Meghna Sobti / Robert Ishmukhametov / James C Bouwer / Anita Ayer / Cacang Suarna / Nicola J Smith / Mary Christie / Roland Stocker / Thomas M Duncan / Alastair G Stewart /
要旨: ATP synthase produces the majority of cellular energy in most cells. We have previously reported cryo-EM maps of autoinhibited ATP synthase imaged without addition of nucleotide (Sobti et al. 2016), ...ATP synthase produces the majority of cellular energy in most cells. We have previously reported cryo-EM maps of autoinhibited ATP synthase imaged without addition of nucleotide (Sobti et al. 2016), indicating that the subunit ε engages the α, β and γ subunits to lock the enzyme and prevent functional rotation. Here we present multiple cryo-EM reconstructions of the enzyme frozen after the addition of MgATP to identify the changes that occur when this ε inhibition is removed. The maps generated show that, after exposure to MgATP, ATP synthase adopts a different conformation with a catalytic subunit changing conformation substantially and the ε C-terminal domain transitioning via an intermediate 'half-up' state to a condensed 'down' state. This work provides direct evidence for unique conformational states that occur in ATP synthase when ATP binding prevents the ε C-terminal domain from entering the inhibitory 'up' state.
履歴
登録2018年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月12日-
マップ公開2019年4月17日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.327
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.327
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9348.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9348.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 303.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli ATP synthase after incubation with ATP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 430 pix.
= 421.4 Å		0.98 Å/pix.
x 430 pix.
= 421.4 Å		0.98 Å/pix.
x 430 pix.
= 421.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.327 / ムービー #1: 0.327
最小 - 最大-0.7900071 - 2.0117416
平均 (標準偏差)0.0033965819 (±0.06979305)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ430430430
Spacing430430430
セルA=B=C: 421.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.980.980.98
M x/y/z430430430
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z421.400421.400421.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-19-94-60
NX/NY/NZ114128118
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS430430430
D min/max/mean-0.7902.0120.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli ATP synthase

全体名称: E. coli ATP synthase
要素
  • 複合体: E. coli ATP synthase

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超分子 #1: E. coli ATP synthase

超分子名称: E. coli ATP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 532 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40262
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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