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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9185 | |||||||||
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タイトル | Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RYm16 | |||||||||
マップデータ | EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RYm16 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Macaca (オナガザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Nogal B / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Slow Delivery Immunization Enhances HIV Neutralizing Antibody and Germinal Center Responses via Modulation of Immunodominance. 著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine ...著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine Nakao / Matthias G Pauthner / Samantha Reiss / Christopher A Cottrell / Melissa L Smith / Raiza Bastidas / William Gibson / Amber N Wolabaugh / Mariane B Melo / Benjamin Cossette / Venkatesh Kumar / Nirav B Patel / Talar Tokatlian / Sergey Menis / Daniel W Kulp / Dennis R Burton / Ben Murrell / William R Schief / Steven E Bosinger / Andrew B Ward / Corey T Watson / Guido Silvestri / Darrell J Irvine / Shane Crotty / 要旨: Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the ...Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the immunological hurdles posed, including B cell immunodominance and germinal center (GC) quantity and quality. We found that two independent methods of slow delivery immunization of rhesus monkeys (RMs) resulted in more robust T follicular helper (T) cell responses and GC B cells with improved Env-binding, tracked by longitudinal fine needle aspirates. Improved GCs correlated with the development of >20-fold higher titers of autologous nAbs. Using a new RM genomic immunoglobulin locus reference, we identified differential IgV gene use between immunization modalities. Ab mapping demonstrated targeting of immunodominant non-neutralizing epitopes by conventional bolus-immunized animals, whereas slow delivery-immunized animals targeted a more diverse set of epitopes. Thus, alternative immunization strategies can enhance nAb development by altering GCs and modulating the immunodominance of non-neutralizing epitopes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9185.map.gz | 6.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9185-v30.xml emd-9185.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9185.png | 16.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9185 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9185 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9185_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9185_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9185_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9185 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9185 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0569C 0570C 0571C 0572C 0573C 0574C 0575C 0576C 0577C 0578C 0579C 0580C 0581C 0582C 9138C 9175C 9176C 9177C 9178C 9179C 9180C 9181C 9182C 9183C 9184C 9186C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RYm16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 S...
全体 | 名称: Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RYm16 |
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要素 |
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-超分子 #1: Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 S...
超分子 | 名称: Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RYm16 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Macaca (オナガザル) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CELLULOSE ACETATE / 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 8807 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |