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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9122 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Flagellar motor averaged map from Borrelia burdorferi reveals the cytoplasmic ATPase complex | |||||||||||||||||||||
マップデータ | A recombined map of Borrelia burgdorferi flagellar motor (WT). The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) have been processed separately. | |||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Borrelia burgdorferi (バクテリア) | |||||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Qin Z / Liu J | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2018 タイトル: Cryo-electron tomography of periplasmic flagella in Borrelia burgdorferi reveals a distinct cytoplasmic ATPase complex. 著者: Zhuan Qin / Jiagang Tu / Tao Lin / Steven J Norris / Chunhao Li / Md A Motaleb / Jun Liu / 要旨: Periplasmic flagella are essential for the distinct morphology and motility of spirochetes. A flagella-specific type III secretion system (fT3SS) composed of a membrane-bound export apparatus and a ...Periplasmic flagella are essential for the distinct morphology and motility of spirochetes. A flagella-specific type III secretion system (fT3SS) composed of a membrane-bound export apparatus and a cytosolic ATPase complex is responsible for the assembly of the periplasmic flagella. Here, we deployed cryo-electron tomography (cryo-ET) to visualize the fT3SS machine in the Lyme disease spirochete Borrelia burgdorferi. We show, for the first time, that the cytosolic ATPase complex is attached to the flagellar C-ring through multiple spokes to form the "spoke and hub" structure in B. burgdorferi. This structure not only strengthens structural rigidity of the round-shaped C-ring but also appears to rotate with the C-ring. Our studies provide structural insights into the unique mechanisms underlying assembly and rotation of the periplasmic flagella and may provide the basis for the development of novel therapeutic strategies against several pathogenic spirochetes. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9122.map.gz | 5.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9122-v30.xml emd-9122.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9122.png | 166.7 KB | ||
マスクデータ | emd_9122_msk_1.map | 30.5 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_9122_additional_1.map.gz emd_9122_additional_2.map.gz | 27.8 MB 27.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9122 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9122 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9122_validation.pdf.gz | 79.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9122_full_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9122_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9122 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9122 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | A recombined map of Borrelia burgdorferi flagellar motor (WT). The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) have been processed separately. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.208 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_9122_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: An averaged map focus on linkers and C-ring,...
ファイル | emd_9122_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | An averaged map focus on linkers and C-ring, showing 23 linkers and 46-fold symmetry of the C-ring. The ATPase is 6-fold symmetry. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The original averaged map with a focus on...
ファイル | emd_9122_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The original averaged map with a focus on the ATPase complex region. The map was not masked or filtered. The feature of the top part (collar and stators) was averaged out. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged...
全体 | 名称: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top ...名称: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) were processed separatedly. |
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要素 |
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-超分子 #1: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged...
超分子 | 名称: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top ...名称: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) were processed separatedly. タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Wild-type. Top part and bottom part have different symmetry, and were processed separately from the same group of sub-tomograms. |
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由来(天然) | 生物種: Borrelia burgdorferi (バクテリア) / 株: B31 / Organelle: Flagellar motor / 細胞中の位置: cell tip |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 詳細: BSK-II liquid medium supplemented with 6% rabbit serum |
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グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF 詳細: It is combined from top map and bottom map. Top had 16-fold symmetry applied. The bottom map was asymmetric. 使用したサブトモグラム数: 4825 |
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抽出 | トモグラム数: 780 / 使用した粒子像数: 6567 / 手法: Subvolume averaging and Classification / 詳細: i3 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |