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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9005 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ssDNA at 2.9 Angstrom resolution | |||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Post processed map with imposed helical symmetry | |||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ESCRT-III / CHMP1B / IST1 / ssDNA / DNA BINDING PROTEIN / PROTEIN FIBRIL | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MIT domain binding / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / abscission / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway ...MIT domain binding / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / abscission / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / collateral sprouting / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / midbody abscission / positive regulation of collateral sprouting / multivesicular body sorting pathway / membrane fission / plasma membrane repair / membrane coat / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of mitotic spindle assembly / multivesicular body assembly / Flemming body / mitotic metaphase chromosome alignment / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of proteolysis / autophagosome membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / autophagosome maturation / nuclear pore / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / kinetochore / autophagy / azurophil granule lumen / protein localization / protein transport / nuclear envelope / midbody / endosome membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / lysosomal membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / chromatin / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Talledge N / Frost A | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 8件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018 タイトル: The ESCRT-III proteins IST1 and CHMP1B assemble around nucleic acids 著者: Talledge N / McCullough J / Wenzel DM / Nguyen HC / Lalonde M / Bajorek M / Skalicky JJ / Frost A / Sundquist WI | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9005.map.gz | 54 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9005-v30.xml emd-9005.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9005_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9005.png | 207.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9005.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_9005_half_map_1.map.gz emd_9005_half_map_2.map.gz | 193.6 MB 193.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9005 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9005 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9005_validation.pdf.gz | 1020 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9005_full_validation.pdf.gz | 1019.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9005_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9005_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9005 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9005 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9005.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post processed map with imposed helical symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.838 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_9005_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_9005_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA
全体 | 名称: Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA
超分子 | 名称: Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: cytoplasm |
-分子 #1: IST1 homolog
分子 | 名称: IST1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.024711 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLGSGFKAER LRVNLRLVIN RLKLLEKKKT ELAQKARKEI ADYLAAGKDE RARIRVEHII REDYLVEAME ILELYCDLLL ARFGLIQSM KELDSGLAES VSTLIWAAPR LQSEVAELKI VADQLCAKYS KEYGKLCRTN QIGTVNDRLM HKLSVEAPPK I LVERYLIE ...文字列: MLGSGFKAER LRVNLRLVIN RLKLLEKKKT ELAQKARKEI ADYLAAGKDE RARIRVEHII REDYLVEAME ILELYCDLLL ARFGLIQSM KELDSGLAES VSTLIWAAPR LQSEVAELKI VADQLCAKYS KEYGKLCRTN QIGTVNDRLM HKLSVEAPPK I LVERYLIE IAKNYNVPYE PDSVVMAEAP PGVETDLIDV GFTDDVKKGG PGRGGSGGFT APVGGPDGTV PMPMPMPMPM PS ANTPFSY PLPKGPSDFN GLPMGTYQAF PNIHPPQIPA TPPSYESVDD INADKNISSA QIVGPGPKPE ASAKLPSRPA DNY DNFVLP ELPSVPDTLP TASAGASTSA SEDIDFDDLS RRFEELKKKT UniProtKB: IST1 homolog |
-分子 #2: Charged multivesicular body protein 1b
分子 | 名称: Charged multivesicular body protein 1b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.140354 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIEKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVT KSMAGVVKSM DATLKTMNLE KISALMDKFE HQFETLDVQT QQMEDTMSST TTLTTPQNQV DMLLQEMADE A GLDLNMEL ...文字列: MSNMEKHLFN LKFAAKELSR SAKKCDKEEK AEKAKIEKAI QKGNMEVARI HAENAIRQKN QAVNFLRMSA RVDAVAARVQ TAVTMGKVT KSMAGVVKSM DATLKTMNLE KISALMDKFE HQFETLDVQT QQMEDTMSST TTLTTPQNQV DMLLQEMADE A GLDLNMEL PQGQTGSVGT SVASAEQDEL SQRLARLRDQ V UniProtKB: Charged multivesicular body protein 1b |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: 0 mm offset with 10 sec wait time and 2-4 sec blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2980 / 平均露光時間: 6.2 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 52.5 |
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得られたモデル | PDB-6e8g: |