PDB-8w4t: Crystal structure of PDE5A in complex with a novel inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w4t

タイトル

Crystal structure of PDE5A in complex with a novel inhibitor

要素

cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE5A / Inhibitor / Complex structure / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / RHOBTB1 GTPase cycle / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / Smooth Muscle Contraction / cAMP-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.199 Å

データ登録者

Liu, J.Y. / Li, M.J. / Xu, Y.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Drug repurposing and structure-based discovery of new PDE4 and PDE5 inhibitors.
著者: Liu, J. / Zhang, X. / Chen, G. / Shao, Q. / Zou, Y. / Li, Z. / Su, H. / Li, M. / Xu, Y.

履歴

登録	2023年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w4t.cif.gz	78.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w4t.ent.gz	54.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w4t_validation.pdf.gz	769.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w4t_full_validation.pdf.gz	771 KB	表示
XML形式データ	8w4t_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	8w4t_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k4cC 8k4hC 8w4qC 8w4rC 8w4sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (17) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.776, 74.776, 131.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Phosphodiesterase type 5 / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE 分子量: 40091.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE5A, PDE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76074, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-VZF / 2-[bis(2-hydroxyethyl)amino]-6-[(4-methoxyphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-7~{H}-purin-8-one 分子量: 416.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈N₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgSO4, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 22346 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 0.989 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	14.7	2.549	1072	0.712	0.912	0.672	2.638	0.946	100
2.24-2.28	17.4	1.555	1089	0.83	0.952	0.38	1.602	0.981	100
2.28-2.32	18.7	2.017	1098	0.929	0.982	0.474	2.073	0.947	100
2.32-2.37	19.5	1.766	1107	0.921	0.979	0.407	1.813	0.954	100
2.37-2.42	19.7	1.462	1083	0.922	0.979	0.334	1.5	0.958	100
2.42-2.48	19.8	1.211	1116	0.964	0.991	0.276	1.242	0.968	100
2.48-2.54	19.4	0.919	1096	0.966	0.991	0.211	0.944	0.975	100
2.54-2.61	19.1	0.666	1099	0.978	0.994	0.155	0.684	1.005	100
2.61-2.69	18.5	0.478	1115	0.99	0.997	0.113	0.491	0.976	100
2.69-2.77	19.2	0.385	1118	0.987	0.997	0.09	0.396	1.003	100
2.77-2.87	20.3	0.308	1105	0.991	0.998	0.069	0.316	0.981	100
2.87-2.99	20.2	0.237	1095	0.993	0.998	0.053	0.243	0.997	100
2.99-3.12	20.1	0.176	1118	0.997	0.999	0.04	0.181	0.987	100
3.12-3.29	19.7	0.117	1105	0.996	0.999	0.027	0.12	1.012	100
3.29-3.49	18.4	0.091	1126	0.997	0.999	0.022	0.094	1.025	100
3.49-3.76	19.6	0.076	1132	0.997	0.999	0.018	0.078	1.062	100
3.76-4.14	20.1	0.065	1129	0.998	0.999	0.015	0.067	1.081	100
4.14-4.74	19.4	0.058	1156	0.998	1	0.014	0.06	1.09	100
4.74-5.97	18.2	0.054	1150	0.996	0.999	0.013	0.056	1.026	100
5.97-50	17.7	0.042	1237	0.998	0.999	0.011	0.043	0.793	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.199→32.524 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	1000	4.69 %
R_work	0.2202	-	-
obs	0.2224	21324	95.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.199→32.524 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2324	0	32	57	2413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2399
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.428	3247
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.283	1457
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	375
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.199-2.3149	0.3334	103	0.2781	2037	X-RAY DIFFRACTION	69
2.3149-2.4599	0.3245	132	0.276	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4599-2.6498	0.3013	150	0.2591	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6498-2.9163	0.2997	172	0.2483	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9163-3.3379	0.3392	142	0.238	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3379-4.204	0.2142	165	0.1989	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
4.204-32.52	0.2251	136	0.1824	3229	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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