PDB-8w4s: Crystal structure of PDE5A in complex with CVT-313

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w4s

タイトル

Crystal structure of PDE5A in complex with CVT-313

要素

cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / PDE5A / Inhibitor / Complex structure

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / RHOBTB1 GTPase cycle / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / Smooth Muscle Contraction / cAMP-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.848 Å

データ登録者

Liu, J.Y. / Li, M.J. / Xu, Y.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Drug repurposing and structure-based discovery of new PDE4 and PDE5 inhibitors.
著者: Liu, J. / Zhang, X. / Chen, G. / Shao, Q. / Zou, Y. / Li, Z. / Su, H. / Li, M. / Xu, Y.

履歴

登録	2023年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w4s.cif.gz	79.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w4s.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w4s_validation.pdf.gz	502.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w4s_full_validation.pdf.gz	504 KB	表示
XML形式データ	8w4s_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	8w4s_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k4cC 8k4hC 8w4qC 8w4rC 8w4tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (17) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.335, 74.335, 131.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Phosphodiesterase type 5 / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE 分子量: 40091.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE5A, PDE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76074, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-AJR / 2,2'-{[6-{[(4-methoxyphenyl)methyl]amino}-9-(propan-2-yl)-9H-purin-2-yl]azanediyl}di(ethan-1-ol) 分子量: 400.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgSO4, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.848→50 Å / Num. obs: 36859 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	11.2	5.027	1817	0.329	0.704	1.556	5.271	0.45	99.8
1.88-1.92	14.3	4.141	1826	0.656	0.89	1.116	4.292	0.446	100
1.92-1.95	15.5	2.777	1798	0.755	0.928	0.721	2.87	0.455	100
1.95-1.99	16.3	2.368	1808	0.809	0.946	0.602	2.444	0.459	100
1.99-2.04	17.1	1.816	1798	0.857	0.961	0.452	1.872	0.463	100
2.04-2.08	17.8	1.523	1824	0.904	0.974	0.371	1.568	0.469	100
2.08-2.14	18.9	1.197	1843	0.942	0.985	0.281	1.23	0.481	100
2.14-2.19	19.4	0.92	1826	0.969	0.992	0.214	0.945	0.502	100
2.19-2.26	19.6	0.776	1829	0.978	0.994	0.179	0.797	0.523	100
2.26-2.33	18.6	0.606	1804	0.988	0.997	0.144	0.624	0.558	100
2.33-2.41	17.1	0.471	1824	0.985	0.996	0.117	0.485	0.581	100
2.41-2.51	20.8	0.379	1815	0.994	0.999	0.085	0.389	0.601	100
2.51-2.63	20.7	0.268	1847	0.995	0.999	0.06	0.275	0.675	100
2.63-2.76	20.4	0.196	1856	0.997	0.999	0.044	0.201	0.778	100
2.76-2.94	20	0.156	1833	0.997	0.999	0.036	0.16	0.883	99.9
2.94-3.16	19.7	0.12	1850	0.998	1	0.028	0.123	1.077	100
3.16-3.48	17.1	0.089	1868	0.998	1	0.022	0.092	1.585	100
3.48-3.99	20	0.074	1870	0.999	1	0.017	0.076	2.158	100
3.99-5.02	19.3	0.061	1905	0.999	1	0.014	0.063	2.456	100
5.02-50	17.4	0.05	2018	0.999	1	0.012	0.052	2.24	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.848→46.054 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2446	1915	5.2 %
R_work	0.2086	-	-
obs	0.2104	36810	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.848→46.054 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2299	0	31	88	2418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.22	3212
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.384	1440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	369
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	408

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8482-1.8944	0.3741	135	0.3011	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8944-1.9456	0.34	140	0.2755	2436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9456-2.0029	0.3302	143	0.2665	2453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0029-2.0676	0.2825	113	0.2412	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0676-2.1414	0.2695	151	0.2337	2422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1414-2.2272	0.3368	121	0.2123	2494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2272-2.3285	0.3165	163	0.2252	2436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3285-2.4513	0.2698	147	0.2216	2465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4513-2.6049	0.3002	142	0.2268	2462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6049-2.806	0.2759	132	0.2183	2491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.806-3.0883	0.2466	115	0.2265	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0883-3.535	0.2582	133	0.2026	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.535-4.4532	0.1966	144	0.1777	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4532-46.054	0.1978	136	0.1956	2679	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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