+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8w4q | ||||||
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Title | Crystal structure of PDE4D complexed with CX-4945 | ||||||
Components | cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PDE4D / Complex / CX-4945 / Inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / voltage-gated calcium channel complex / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / calcium channel regulator activity / cAMP-mediated signaling / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / signal transduction / membrane / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Liu, J.Y. / Li, M.J. / Xu, Y.C. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Eur.J.Med.Chem. / Year: 2023 Title: Drug repurposing and structure-based discovery of new PDE4 and PDE5 inhibitors. Authors: Liu, J. / Zhang, X. / Chen, G. / Shao, Q. / Zou, Y. / Li, Z. / Su, H. / Li, M. / Xu, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8w4q.cif.gz | 276.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8w4q.ent.gz | 223.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8w4q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4q | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8k4cC 8k4hC 8w4rC 8w4sC 8w4tC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 40096.355 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PDE4D, DPDE3 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase |
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-Non-polymers , 5 types, 121 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10 % (v/v) Isopropanol, 30 % (v/v) Ethylene glycol, 18 % (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL10U2 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→28.32 Å / Num. obs: 202163 / % possible obs: 95.71 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.68 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.603 Å / Num. unique obs: 10838 / CC1/2: 0.869 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55→28.32 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / Phase error: 25.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→28.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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