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Yorodumi- PDB-8qer: Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with 4-(1H-pyrazole-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qer | |||||||||
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Title | Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with 4-(1H-pyrazole-3-carbonylamino)pentanoic acid | |||||||||
Components | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / inhibitor / protein-ligand complex / FabF | |||||||||
Function / homology | Function and homology information beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | |||||||||
Authors | Yadrykhins'ky, V. / Brenk, R. / Georgiou, C. | |||||||||
Funding support | Norway, 2items
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Citation | Journal: Chemrxiv / Year: 2023 Title: New starting points for antibiotics targeting P. aeruginosa FabF discovered by crystallographic fragment screening followed by hit expansion Authors: Georgiou, C. / Espeland, L.O. / Bukya, H. / Yadrykhinsky, V. / Haug, B.E. / Mainkar, P. / Brenk, R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8qer.cif.gz | 411.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8qer.ent.gz | 256.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8qer.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8qer_validation.pdf.gz | 998.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8qer_full_validation.pdf.gz | 998.5 KB | Display | |
Data in XML | 8qer_validation.xml.gz | 32.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8qer_validation.cif.gz | 45.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qer | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8cn2C 8cn4C 8cn5C 8cn7C 8cn8C 8cneC 8cngC 8couC 8covC 8pd1C 8pfzC 8qm1C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 411 / Label seq-ID: 6 - 416
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 43996.496 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C164A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: fabF1, PA2965 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II |
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-Non-polymers , 6 types, 227 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | ChemComp-DMS / #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.24M ammonium formate and 35% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.9655 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 10, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9655 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→48.764 Å / Num. obs: 53820 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.02 Å / Redundancy: 6.3 % / Num. unique obs: 5219 / CC1/2: 0.555 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95→48.764 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 11.625 / SU ML: 0.152 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.173 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.98 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→48.764 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |