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- PDB-8gjx: Structure of the human STING receptor bound to 2'3'-cUA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gjx
タイトルStructure of the human STING receptor bound to 2'3'-cUA
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / STING / cyclic dinucleotide / innate immunity / cGAS
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / autophagosome membrane / antiviral innate immune response / positive regulation of macroautophagy / cellular response to organic cyclic compound / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / secretory granule membrane / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / peroxisome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / protein complex oligomerization / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
2'3'-cUA / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Morehouse, B.R. / Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM146250-01 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: cGLRs are a diverse family of pattern recognition receptors in innate immunity.
著者: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / ...著者: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / Schwede, F. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9503
ポリマ－43,3152
非ポリマー6351
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.879, 110.879, 35.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 21657.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, STING, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-ZNT / 2'3'-cUA / 1-[(2R,5R,7R,8R,10S,12aR,14R,15R,15aS,16R)-14-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2,10,15,16-tetrahydroxy-2,10-dioxooctahydro-2H,10H,12H-5,8-methano-2lambda~5~,10lambda~5~-furo[3,2-l][1,3,6,9,11,2,10]pentaoxadiphosphacyclotetradecin-7-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 635.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 16% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.59 Å / Num. obs: 13744 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 48.85 Å2 / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 1664 / CC1/2: 0.391

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.59 Å / SU ML: 0.4083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9913
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 1352 9.94 %
Rwork0.2125 12256 -
obs0.2168 13608 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2774 0 42 56 2872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00192916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50753964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0387436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.95031074
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.46751260.30131185X-RAY DIFFRACTION95.62
2.69-2.80.3191260.28391175X-RAY DIFFRACTION97.38
2.8-2.930.33641330.2841205X-RAY DIFFRACTION97.95
2.93-3.080.27081330.25341214X-RAY DIFFRACTION99.78
3.08-3.280.2871350.2631224X-RAY DIFFRACTION99.93
3.28-3.530.27211400.21591237X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.880.26971370.19331219X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.450.20021370.17641246X-RAY DIFFRACTION100
4.45-5.60.24051360.1741244X-RAY DIFFRACTION100
5.6-49.590.19941490.20541307X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.495934516455-0.5275440286990.4002732567560.6588445900180.0006083183841190.7502783896310.393210391193-0.0956206432146-0.167737863475-0.418305828725-0.129086921285-0.09232481345730.102965718056-0.2756340290440.006252779269630.449619702186-0.08151700884610.1249645654920.50429265625-0.03174624217440.421286131915-23.505054545426.6294723333-6.38846770032
23.700671498721.65214333737-0.9813392727082.31483149107-0.1211274127570.624957336012-0.4287067078091.854684608811.16910901488-1.371536309480.037186162229-0.4214106494220.4751857713990.494189440066-0.7087297609270.6800550728110.002906536714750.2646215361870.6443227829010.1428805705130.719427646143-6.1873777985434.9941492817-13.1907294432
33.16706004036-1.88115738235-0.5249089777581.711278169360.4393340911310.9669151769290.111547361123-0.238712818770.581341856945-0.190495064864-0.109000472203-0.5397748608650.09428777472060.189046474204-0.0003931402854350.448643261974-0.006984944938850.1033707003720.465861446761-0.009638972131850.583605429183-5.4671437951831.6863697568-1.71046771071
41.36398764616-0.4916190800481.337170101730.314986333558-0.03352451645091.12416351176-0.3051807356340.154083759834-0.3511627585220.06284987965440.109829295691-0.01371450434710.396142553638-0.432071199178-0.00480095955230.574871703749-0.01634668369760.1248597690370.41352580667-0.04048621813320.46507004421-16.057038759225.42046105465.00944665783
5-0.2041444991860.008658072679580.02223579095451.09039567873-0.4055266547370.039711640222-0.05648426847880.553976003785-0.630854074404-0.2484282200920.0565620865106-0.05507413503680.554798456124-1.56389518315-0.002189909572830.616824229197-0.07378679460680.03258843512510.499584170708-0.03433812525290.475391584853-21.353376537917.6865566499-2.67805623618
62.230643999880.682737733052-0.8934979264051.576605027030.9360169991411.100604554610.000392242415560.17633600148-0.575180170643-0.819237626383-0.0808521486395-0.3346475156210.3480420269670.2638181100020.03629575664780.6467022211960.1009351642460.21859480960.5101800592920.02092074800950.694080579498-9.9852330690319.8452689799-6.37207689541
70.6594559260.294165447319-0.1253416103330.5166652929010.1433182734410.155768022135-0.323417985061.06676758997-1.80887778828-0.476458884282-0.09890441525390.840479856090.805483394656-0.14542734773-0.001553545301930.7355823719880.1804474715150.05423398240530.706002867179-0.07754339579741.17097909382-0.44958256317817.1436286337-4.50777755749
80.486051325282-0.5327613690540.4750544719370.496245614538-0.6340900882290.8100162264170.0842380425017-0.110880036844-0.07538160513540.2041779152230.3601290355480.2962374546920.371241028248-0.1622868822210.001111932722830.493171743816-0.04155147776040.01319669425820.413227694466-0.1184895834540.468519044741-28.85635047531.94769368312.69959505086
91.73587944071-1.846064283040.1911441848834.416212102860.5367593809971.78152706215-0.21468819013-0.355401119860.558726638157-0.04780692460930.0819340930371-0.606605813561-0.249933683413-0.150881597667-0.002537588004980.419383931222-0.0279761482274-0.00248164863330.442702135857-0.1287642163210.55640468152-23.027840435549.79921088250.519072249695
100.701142214798-0.726406291250.2303978390771.23872440873-0.9436566002990.6821904725560.1255505868560.06605053210040.130917085348-0.1610511931-0.213681387362-0.02863808044930.285717496443-0.293545757415-0.01807386607850.4913034075830.007212198493470.03079917164320.519360529769-0.0998040810360.45165286036-30.034410761239.4362313379-8.73108513097
111.059551852620.09400450935110.0484383482998-0.191784755638-0.00748062070010.1302586347580.0120711418864-0.34815386568-0.2520446066260.1406515691990.1460391040890.5720198236520.439332673267-0.532773394649-0.0001254108143820.499228713638-0.0744579724360.02370552392440.53716448098-0.03499221772850.457161290718-37.752596130734.0609499821-1.06555351721
121.141048709190.797639811391-0.8357909091962.17603143083-0.02293807307381.094715407050.0452479475155-0.8944538335560.1942279233240.02208554100250.4098997884270.669720092066-0.301268158475-0.5768804825640.362039064120.4874623064940.0983632092857-0.06504905259060.67052561322-0.1386871054110.607319117858-35.586596704145.39883932312.6509124102
130.249202337224-0.0008355747111230.04009565712580.3058591329650.2351673954660.1985879298730.0275951222813-1.0216996198-0.3622866317810.5986289981090.1094745313091.2243193176-0.332556867623-0.838869433293-0.0007216954553790.6763177903830.1419509293580.00438293714260.730572052486-0.0961375610861.06432827499-38.231786665754.91791033170.911885158089
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 153 through 167 )AA153 - 1671 - 15
22chain 'A' and (resid 168 through 183 )AA168 - 18316 - 31
33chain 'A' and (resid 184 through 251 )AA184 - 25132 - 92
44chain 'A' and (resid 252 through 281 )AA252 - 28193 - 122
55chain 'A' and (resid 282 through 300 )AA282 - 300123 - 141
66chain 'A' and (resid 301 through 324 )AA301 - 324142 - 161
77chain 'A' and (resid 325 through 336 )AA325 - 336162 - 173
88chain 'B' and (resid 153 through 167 )BB153 - 1671 - 15
99chain 'B' and (resid 168 through 251 )BB168 - 25116 - 92
1010chain 'B' and (resid 252 through 281 )BB252 - 28193 - 122
1111chain 'B' and (resid 282 through 300 )BB282 - 300123 - 141
1212chain 'B' and (resid 301 through 324 )BB301 - 324142 - 161
1313chain 'B' and (resid 325 through 336 )BB325 - 336162 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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