PDB-8fqw: ADC-30 in complex with boronic acid transition state inhibitor MB076

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fqw

タイトル

ADC-30 in complex with boronic acid transition state inhibitor MB076

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BATSI / Acinetobacter-derived Cephalosporinase / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Powers, R.A. / Wallar, B.J. / June, C.M. / Ruiz, V.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis of a Novel Boronic Acid Transition State Inhibitor, MB076: A Heterocyclic Triazole Effectively Inhibits Acinetobacter -Derived Cephalosporinase Variants with an Expanded-Substrate Spectrum.
著者: Powers, R.A. / June, C.M. / Fernando, M.C. / Fish, E.R. / Maurer, O.L. / Baumann, R.M. / Beardsley, T.J. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Santi, N. / Villamil, V. ...

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fqw.cif.gz	300.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fqw.ent.gz	241.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fqmC 8fqnC 8fqoC 8fqpC 8fqqC 8fqrC 8fqsC 8fqtC 8fquC 8fqvC 4u0xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Beta-lactamase

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

82.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: monomeric biologic assembly
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.435, 83.440, 179.809
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40670.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: blaADC-30, AB237_1031 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E1PRG7, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-YDB / 1-[(2R)-2-{2-[(5-amino-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfanyl]acetamido}-2-boronoethyl]-1H-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid 分子量: 373.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂BN₇O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: ADC-30 (3.5 mg/mL) in 25% w/v polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M succinate/ phosphate/ glycine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.587→89.905 Å / Num. obs: 54143 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.587→1.779 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.129 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2798 / CC_1/2: 0.652 / R_pim(I) all: 0.454 / % possible all: 57.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.19.2	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U0X

4u0x

解像度: 1.59→44.95 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2287	2715	5.02 %	0.5
R_work	0.1883	-	-	-
obs	0.1904	54137	63.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→44.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5460	0	62	494	6016

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5734
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.696	7828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.036	2067
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	864
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1027

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.61	0.5512	4	0.4342	81	X-RAY DIFFRACTION	2
1.61-1.65	0.7334	4	0.3648	189	X-RAY DIFFRACTION	4
1.65-1.68	0.3039	17	0.3189	329	X-RAY DIFFRACTION	8
1.68-1.71	0.435	22	0.3522	477	X-RAY DIFFRACTION	15
1.73-1.76	0.3084	38	0.3238	676	X-RAY DIFFRACTION	25
1.76-1.8	0.3491	77	0.2778	1618	X-RAY DIFFRACTION	38
1.8-1.85	0.2506	112	0.2429	2100	X-RAY DIFFRACTION	50
1.85-1.9	0.3807	76	0.2719	1586	X-RAY DIFFRACTION	37
1.9-1.96	0.2839	166	0.2425	3017	X-RAY DIFFRACTION	71
1.96-2.03	0.2668	181	0.2096	4009	X-RAY DIFFRACTION	94
2.03-2.12	0.2654	238	0.2092	4116	X-RAY DIFFRACTION	97
2.12-2.21	0.2297	236	0.1952	4264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.33	0.2432	151	0.201	2804	X-RAY DIFFRACTION	66
2.33-2.47	0.228	206	0.1943	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.66	0.2592	257	0.2036	4271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.93	0.2312	228	0.2072	4328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.36	0.2447	215	0.1871	4354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-4.23	0.1892	260	0.1486	4312	X-RAY DIFFRACTION	99
4.23-44.95	0.196	227	0.1657	4598	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6003	0.3344	-0.3216	1.1022	-0.0617	1.1927	0.0108	0.0287	-0.0013	-0.1884	0.028	-0.2509	-0.1876	0.165	-0.0393	0.0955	0.0014	0.0403	0.0446	-0.0047	0.1348	-1.3162	15.5622	-40.7088
2	2.2232	0.2747	0.2182	1.8987	-0.0894	1.8574	-0.0427	-0.4419	-0.1222	0.2844	0.0249	0.1131	-0.0081	-0.1965	0.0075	0.0829	0.0128	0.0056	0.1578	0.0542	0.1072	-16.1625	-5.4076	-22.915
3	0.4545	-1.1921	0.0836	3.187	-0.6311	1.8828	-0.0692	-0.1311	0.0522	0.2905	0.1286	-0.0304	-0.1727	-0.0471	-0.0643	0.0997	0.0062	0.0237	0.0507	-0.0166	0.1059	-8.9829	15.8133	-28.3264
4	0.8426	0.3972	0.1314	1.2633	0.0592	1.3475	-0.0038	0.0245	-0.1618	-0.1196	0.0197	-0.0902	0.0893	0.0595	-0.0123	0.0341	0.0101	0.0161	0.0511	-0.0086	0.0973	-3.6255	0.2843	-41.257
5	3.7065	1.0102	2.0323	5.7316	0.7598	4.0832	0.1688	0.1147	-0.3562	-0.3509	-0.1517	0.0831	0.4363	-0.5577	-0.0443	0.1853	-0.0497	0.0589	0.2145	-0.04	0.1397	-17.1315	-22.0963	-71.0621
6	0.8609	0.4028	-0.6476	1.5898	-0.3318	1.1355	0.1181	0.4696	-0.0144	-0.6485	-0.0519	0.1024	-0.7458	-0.3446	-0.1579	0.6334	-0.0167	0.0654	0.2324	0.0896	-0.0305	-14.9141	2.1176	-76.7731
7	0.8672	0.1551	-0.3062	0.6778	0.4073	1.3186	0.1074	0.2038	0.4615	-0.8859	0.19	-0.4168	-0.6735	0.1602	-0.2997	0.7145	-0.0946	0.2542	0.2552	0.0107	0.334	-4.9512	13.0811	-76.6252
8	1.4447	0.1586	0.0237	1.4302	-0.729	2.9155	0.1229	0.2497	0.1373	-0.3006	0.0138	0.0846	-0.4258	-0.1827	-0.1149	0.267	0.0438	0.0123	0.172	0.0095	0.1055	-17.9757	-0.3784	-68.602
9	0.9773	-0.3386	-0.4211	0.9523	0.0374	0.8893	0.0592	0.3478	0.1987	-0.9344	0.2137	-0.2446	-0.3364	-0.1762	-0.0274	0.8396	-0.135	0.2442	0.3637	-0.0851	0.0599	-8.9719	-3.8143	-88.5461
10	1.3624	-0.0834	0.0036	0.3473	-0.2972	2.2193	-0.0447	0.3627	-0.1762	-0.6104	0.0256	-0.2342	-0.2066	-0.0251	-0.0117	0.354	-0.0313	0.0481	0.2261	-0.0981	-0.0034	-12.6474	-12.4844	-78.8338

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 79 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 80 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 177 through 227 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 228 through 358 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 27 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 176 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 177 through 239 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 240 through 307 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 308 through 358 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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