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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ec1 | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | 5'-CGCGAATTCGCG-3' and benzimidazole diamidine (DB1476) comlpex with ligand orientation I | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / MINOR GROOVE / SMALL MOLECULE | 機能・相同性 | Chem-WFB / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Homo (哺乳類) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | データ登録者 | Ogbonna, E.N. / Wilson, W.D. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023 | タイトル: X-ray Structure Characterization of the Selective Recognition of AT Base Pair Sequences. 著者: Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Farahat, A.A. / Terrell, J.R. / Mineva, E. / Ogbonna, V. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ec1.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ec1.ent.gz | 35.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ec1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ec1_validation.pdf.gz | 589.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ec1_full_validation.pdf.gz | 589.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ec1_validation.xml.gz | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ec1_validation.cif.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ec1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/8ec1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ed6C 8edaC 8edbC 8f1sC 8f1vC 8f20C 8f2wC 8f2yC 8f94C 8fb4C 8fdpC 8fdqC 8fdrC 1bnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DC / Beg label comp-ID: DC / End auth comp-ID: DG / End label comp-ID: DG / Label seq-ID: 1 - 12
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: A self-complementary DNA (5'-CGCGAATTCGCG-3') bound by ligand (DB1476) in a type I orientation. 由来: (合成) Homo (哺乳類) #2: 化合物 | ChemComp-WFB / | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: magnesium chloride hexahydrate, sodium chloride, potassium chloride, double-stranded DNA, MPD ,spermine tetrahydrate, sodium cacodylate trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月7日 詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror water |
放射 | モノクロメーター: double crystal - water cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→34.2 Å / Num. obs: 8886 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.69 Å / Num. unique obs: 807 / CC1/2: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BNA 解像度: 1.63→34.19 Å / SU B: 25.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 0.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.89 Å2 / Biso mean: 28 Å2 / Biso min: 16.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.63→34.19 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.7949 Å / Origin y: 20.9234 Å / Origin z: 9.0799 Å
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精密化 TLSグループ |
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