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- PDB-8d3e: Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) W196A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d3e
タイトルCrystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) W196A mutant complexed with 6-fluoroquinolin-4-amine
要素Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / mitochondrial import / oxidative phosphorylation / SAXS
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; その他が電子受容体 / mitochondrial disulfide relay system / cellular response to aldosterone / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / poly-ADP-D-ribose binding / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / positive regulation of necroptotic process / response to L-glutamate / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H ...酸化還元酵素; その他が電子受容体 / mitochondrial disulfide relay system / cellular response to aldosterone / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / poly-ADP-D-ribose binding / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / positive regulation of necroptotic process / response to L-glutamate / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / FAD binding / cellular response to nitric oxide / response to ischemia / cellular response to estradiol stimulus / mitochondrial intermembrane space / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial inner membrane / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 6-fluoroquinolin-4-amine / Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Brosey, C.A. / Tainer, J.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA220430 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01 CA092584 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP180813 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Chemical screening by time-resolved X-ray scattering to discover allosteric probes.
著者: Brosey, C.A. / Link, T.M. / Shen, R. / Moiani, D. / Burnett, K. / Hura, G.L. / Jones, D.E. / Tainer, J.A.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,6048
ポリマ－118,7112
非ポリマー1,8936
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, The AIF-W196A mutant exists as a monomer-dimer equilibrium in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.786, 114.330, 120.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 128 through 166 or (resid 167...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 128 through 147 or (resid 148...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAHISA1 - 433
d_12ens_1FADFADB
d_21ens_1ALAALAE3 - 384
d_22ens_1GLYHISE386 - 436
d_23ens_1FADFADF

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.541170844665, -0.840435404371, -0.028327512515), (-0.840725993789, 0.54145340102, -0.00283158797341), (0.0177177947772, 0.0222833032555, -0.999594684932)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.541170844665, -0.840435404371, -0.028327512515), (-0.840725993789, 0.54145340102, -0.00283158797341), (0.0177177947772, 0.0222833032555, -0.999594684932)
ベクター: -36.6596389669, -19.8894458166, -74.0543560011)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8


分子量: 59355.434 Da / 分子数: 2 / 変異: W196A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

-
非ポリマー , 5種, 362分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-QDI / 6-fluoroquinolin-4-amine


分子量: 162.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7FN2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7-8, 0.3 M Na2SO4, 16-18% PEG3350 / PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→29.34 Å / Num. obs: 50201 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 40.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.38→2.46 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.728 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 4275 / CC1/2: 0.852 / Rpim(I) all: 0.232 / Rrim(I) all: 0.765 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KVH

5kvh


解像度: 2.38→29.34 Å / SU ML: 0.2513 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5811
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 2436 4.86 %
Rwork0.1801 47695 -
obs0.1816 50131 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6523 0 127 356 7006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51079227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04961038
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00281179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.21752399
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.497721391979 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.430.31891300.23292481X-RAY DIFFRACTION88.87
2.43-2.490.2931460.21812771X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.540.23421480.19492775X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.610.24561340.19352821X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.680.27151380.18892777X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.760.23441410.18762797X-RAY DIFFRACTION99.97
2.76-2.850.24951640.17782765X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.950.23581370.18242805X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.070.22631400.18872811X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.20.23181540.18862797X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.370.22311580.1762808X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.580.2141480.17652805X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.860.20031550.17232835X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.250.15471500.15392824X-RAY DIFFRACTION100
4.25-4.860.15121220.14362891X-RAY DIFFRACTION100
4.86-6.110.20291170.19232921X-RAY DIFFRACTION100
6.11-29.340.22531540.2063011X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4716181109-0.725265881633-0.3869983662860.9958696858110.312602552370.8484677491490.0685085818346-0.1989924243460.3160194443670.0516128201211-0.0148398996337-0.168097463635-0.06566005097330.12556785375-0.07041388004110.359020115437-0.0391891164357-0.01637952949410.381442162734-0.04843895551810.425233615544-0.69495302696815.9946089915-33.5381171653
26.386061482362.375778949145.800589811035.060440483862.547061499487.25612440073-0.186950571928-0.267187965412-0.272382713651-0.1480628907480.313355162257-0.216192989155-0.260957600822-0.107697973989-0.1692258642410.4683065312970.0389006303510.00709467333860.4583890039820.05382074170650.48740325332512.0477559149-4.1878241693-44.7314057878
33.21438598024-0.291260376636-0.08926634988150.843813494007-0.07581589857780.2870728705510.0542509545147-0.0356359172588-0.000229897743741-0.0277486284832-0.0249721390624-0.09945432932080.08340269035330.0399605264664-0.02304553270370.426500772271-0.002316617290880.01420341991730.3878163697290.01448998834470.331769284832-2.155596978081.97345779991-40.5268972341
45.040498110380.487253826264-1.058941053754.7903330138-0.06021007457623.341242932110.2518989308910.0907949606707-0.41781354553-0.122462498815-0.1297354373070.08812883419150.676280335066-0.158856700086-0.1108691327740.623418090874-0.0583923825431-0.1156472573640.4681539243170.01773495795620.33631165657-4.30281624410.0436126267849-61.2078352705
51.983943098410.646289057602-0.1883798140823.04260150266-1.467043548091.71901009136-0.08941188545270.04950349818450.160522742257-0.1489720469850.1659976887240.4691970953290.0533314615126-0.237525101406-0.08752997275680.332474896658-0.0182865520522-0.06409403900960.358817700272-0.01018267788150.334671637683-49.0691122148-3.0077784684-40.477766373
63.84048416995-1.344681000681.766717463283.19259679147-0.9011376857913.020751653420.04122322916030.123681280734-0.46544635033-0.370452783570.1325598321480.3252936535490.318325737829-0.222452397164-0.1584501658570.502955218942-0.0777177429254-0.02210210726920.331596879378-0.01073634588440.432022703709-44.3226293266-31.0307266351-33.7100901166
71.164490475930.8247309442050.1154718937822.840767510180.2021588525440.8975125897870.01182461316010.0776159319316-0.082101184848-0.07237042486560.02145555797830.01045858748590.169002784058-0.00485806849887-0.042173999060.373908099221-0.004226455857220.01803817036450.353765695514-0.001199923382870.272074367883-35.1882430634-12.4537704612-35.1655728029
85.18404833859-0.256819256227-1.326013228044.959431869110.08441558095533.012184775970.119739948127-0.1345089234670.04777775243480.116418687343-0.054642928104-0.2946544551330.1069379489250.253718521386-0.05762925144160.393028995644-0.0346483975797-0.0386490514830.437097083373-0.002417174396060.239876601253-32.6647477872-16.1538364611-12.859274596
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 128 through 326 )AA128 - 3261 - 199
22chain 'A' and (resid 327 through 345 )AA327 - 345200 - 218
33chain 'A' and (resid 346 through 490 )AA346 - 490219 - 363
44chain 'A' and (resid 491 through 611 )AA491 - 611364 - 433
55chain 'B' and (resid 126 through 267 )BE126 - 2671 - 142
66chain 'B' and (resid 268 through 368 )BE268 - 368143 - 243
77chain 'B' and (resid 369 through 490 )BE369 - 490244 - 365
88chain 'B' and (resid 491 through 611 )BE491 - 611366 - 436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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