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- PDB-8d3k: Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8d3k | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) complexed with 8-fluoro-2-methylquinolin-4-amine | ||||||||||||
![]() | (Apoptosis-inducing factor 1, ...) x 2 | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / mitochondrial import / oxidative phosphorylation / SAXS | ||||||||||||
Function / homology | ![]() Oxidoreductases; Acting on NADH or NADPH; With unknown physiological acceptors / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / protein import into mitochondrial intermembrane space / chromosome condensation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H ...Oxidoreductases; Acting on NADH or NADPH; With unknown physiological acceptors / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / protein import into mitochondrial intermembrane space / chromosome condensation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / response to L-glutamate / NADH dehydrogenase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / cellular response to nitric oxide / FAD binding / cellular response to estradiol stimulus / response to ischemia / neuron differentiation / mitochondrial intermembrane space / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Brosey, C.A. / Tainer, J.A. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Chemical screening by time-resolved X-ray scattering to discover allosteric probes. Authors: Brosey, C.A. / Link, T.M. / Shen, R. / Moiani, D. / Burnett, K. / Hura, G.L. / Jones, D.E. / Tainer, J.A. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 601.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 411.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8d3eC ![]() 8d3gC ![]() 8d3hC ![]() 8d3iC ![]() 8d3jC ![]() 8d3nC ![]() 8d3oC ![]() 4bv6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.530070383182, -0.845638696056, -0.0626145718284), (-0.847649611898, 0.530410951393, 0.0124240931509), (0.0227051606828, 0.0596608613267, -0.997960448767)Vector: 37. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.530070383182, -0.845638696056, -0.0626145718284), Vector: |
-
Components
-Apoptosis-inducing factor 1, ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 59502.566 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O95831, Oxidoreductases; Acting on NADH or NADPH; With unknown physiological acceptors |
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#2: Protein | Mass: 59486.566 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O95831, Oxidoreductases; Acting on NADH or NADPH; With unknown physiological acceptors |
-Non-polymers , 5 types, 255 molecules ![](data/chem/img/QC6.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.36 M Li2SO4, 25-26% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 11, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1159 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→124.12 Å / Num. obs: 58766 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 42.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 21.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4468 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.199 / Rrim(I) all: 0.735 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4BV6 Resolution: 2.3→71.55 Å / SU ML: 0.2383 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.4856 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→71.55 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.888377043016 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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