+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8czn | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 1H-pyrrole-3-carboxylic acid | |||||||||
![]() | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / Microfrag screening / FBDD / Fragment | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Whitehouse, R.L. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Fragment screening libraries for the identification of protein hot spots and their minimal binding pharmacophores. 著者: Whitehouse, R.L. / Alwan, W.S. / Ilyichova, O.V. / Taylor, A.J. / Chandrashekaran, I.R. / Mohanty, B. / Doak, B.C. / Scanlon, M.J. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 136.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8cxdC ![]() 8cxeC ![]() 8czmC ![]() 8d10C ![]() 8d11C ![]() 8d12C ![]() 8dg0C ![]() 8dg1C ![]() 8dg2C ![]() 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.965607807855, 0.0637850787006, 0.252057582994), (-0.251770538593, 0.0126309586466, -0.967704528655), (-0.0649088384265, -0.997883721993, 0.00386265132877) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.965607807855, 0.0637850787006, 0.252057582994), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PKN / #3: 化合物 | ChemComp-CU / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% GLYCEROL, 100MM NA CACODYLATE PH6.1, 1MM CuCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95365 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→48.14 Å / Num. obs: 62171 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 22.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.5 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.61 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.726 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2545 / CC1/2: 0.369 / Rpim(I) all: 0.821 / Χ2: 0.369 / % possible all: 82.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FVK 解像度: 1.7→31.6 Å / SU ML: 0.2367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.3131 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.6 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.0782598151 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 19.9043326833 Å / Origin y: 0.102637454795 Å / Origin z: 14.2727659789 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |