PDB-8clf: Z-SolQ2Br bound to tubulin (T2R-TTL) complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8clf

タイトル

Z-SolQ2Br bound to tubulin (T2R-TTL) complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / Drug-tubulin-complex Cell cycle inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wranik, M. / Bertrand, Q. / Kepa, M. / Weinert, T. / Steinmetz, M. / Standfuss, J.

資金援助

スイス, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers.
著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...

履歴

登録	2023年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8clf.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8clf.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8clf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8clf_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8clf_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8clf_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	8clf_validation.cif.gz	70.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cl5C 8cl6C 8cl7C 8cl8C 8cl9C 8clbC 8clcC 8cldC 8cleC 8clgC 8clhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (19) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (19)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

249 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.650, 160.330, 180.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain 分子量: 48966.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 48391.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 分子量: 14336.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 37184.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 42分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-V1O / 5-[[4-(2-bromoethyl)-3,5-dimethoxy-phenyl]diazenyl]-2-methoxy-phenol 分子量: 395.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉BrN₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 詳細: 6% PEG4000 (w/v), 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.03 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→15.35 Å / Num. obs: 95765 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 381.3 % / CC_1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 6.13
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 9439 / CC_1/2: 0.25
Serial crystallography sample delivery	手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	Carrier solvent: Hydroxyethylcellulose / 解説: High-viscosity injection / Injector diameter: 75 µm

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4487	精密化
CrystFEL	0.8.0	データ削減
CrystFEL	0.8.0	データスケーリング
PHENIX	1.20_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→15.35 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2169	1481	1.74 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.1689	85178	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17237	0	181	30	17448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.252	2564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	2698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3263

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.79	0.3741	133	0.3077	7534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.89	0.3553	134	0.2985	7540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3	0.3313	133	0.2649	7534	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.14	0.3416	134	0.2547	7558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.3	0.2539	133	0.2068	7530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.5	0.2573	134	0.1765	7597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.77	0.2217	134	0.1542	7583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.14	0.2009	135	0.1393	7601	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.73	0.1729	135	0.1228	7662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-5.9	0.163	137	0.1456	7716	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9-15.35	0.1929	139	0.1541	7842	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5868	0.1343	-0.0766	3.3334	0.6022	2.5438	0.0584	0.0673	0.2094	-0.2066	0.228	-0.3539	-0.4936	0.2887	-0.2768	0.5704	-0.0461	0.076	0.5817	-0.1583	0.6137	29.3456	87.6739	55.9811
2	2.1338	2.1322	0.1766	2.9871	1.1714	7.1662	0.3114	-0.0367	0.4276	0.21	-0.015	1.1922	-0.7411	-0.7109	-0.2267	0.5133	0.0781	0.1706	0.5988	-0.1138	0.7784	9.7629	86.5016	71.82
3	1.7984	-1.0513	-0.8333	5.4917	2.1803	4.1428	-0.0347	-0.0381	0.0328	0.8141	0.1345	0.1364	0.1904	0.212	-0.1	0.4395	0.0219	-0.0034	0.5121	-0.1332	0.5504	23.5594	78.7792	70.1417
4	2.5491	-0.6023	-0.3579	2.6099	0.6852	2.9248	0.0701	0.129	0.2279	-0.3767	-0.0962	0.0083	-0.4383	-0.1351	0.0127	0.4762	0.0243	0.0114	0.4935	-0.1076	0.4756	19.3938	61.6391	21.7921
5	5.5537	-0.2813	0.1482	5.4011	0.1233	2.4533	0.0941	0.1557	-0.2013	-0.2402	-0.0532	0.7156	-0.1243	-0.5791	-0.0576	0.511	0.0274	0.0361	0.6948	-0.2301	0.5185	8.9528	60.7255	38.2614
6	1.307	-0.6674	0.5077	3.2419	2.2101	4.3501	-0.1066	-0.252	0.1368	0.5165	0.0427	0.0574	0.3156	-0.3566	0.0916	0.3746	-0.0905	0.0727	0.5252	-0.0471	0.4895	15.4508	52.0397	38.1112
7	1.7349	0.0012	-0.2015	2.3604	-0.1762	1.5579	0.0029	0.1963	0.1701	-0.2011	-0.0035	0.0825	-0.176	0.0006	0.0061	0.4499	-0.0378	0.0137	0.4772	-0.0311	0.4164	16.9436	33.1498	-9.911
8	1.4011	-0.4348	0.0342	1.9022	0.7633	1.745	-0.0952	-0.1124	0.0504	0.1862	-0.0388	0.1066	0.1649	-0.2053	0.1379	0.3815	-0.071	0.0226	0.418	-0.0462	0.3992	8.3878	25.3889	5.3858
9	4.0078	-0.7599	-0.0587	3.3833	0.5538	3.4582	-0.159	0.5861	0.2513	-0.7949	0.0811	0.011	-0.1961	-0.2624	0.0097	0.9153	-0.1468	-0.0246	0.947	-0.0085	0.4821	15.6822	12.7832	-41.7174
10	2.0143	-0.391	-0.0248	2.7043	0.0977	2.3923	-0.3775	1.0202	-0.2561	-1.0189	0.3363	-0.5388	0.4184	0.3427	-0.0713	1.1168	-0.2186	0.2675	1.2105	-0.3032	0.7035	29.6733	0.8703	-46.5275
11	3.1273	0.6238	-0.0849	2.0863	-0.8423	2.4452	-0.137	0.3709	-0.4511	-0.4343	0.2352	-0.3955	0.3366	0.4526	-0.0078	0.7558	-0.0821	0.1495	0.7844	-0.2671	0.5903	27.2876	-0.1734	-34.1684
12	2.8569	0.1143	-0.0788	2.368	-0.0863	2.7111	-0.1379	0.5159	-0.3798	-0.4822	0.0432	0.0487	0.5459	-0.3861	-0.0072	1.0167	-0.1869	0.1166	0.8107	-0.2726	0.6632	15.4994	-9.255	-34.2332
13	2.0888	0.6149	1.8607	2.4654	-2.0366	5.7006	-0.3	0.365	0.0915	0.0799	0.3873	-0.098	-0.322	-0.0521	-0.1601	0.5434	-0.0609	0.1393	0.5907	-0.1585	0.5878	17.0358	5.3898	-23.4267
14	2.9351	-1.1785	-1.6781	4.3529	1.6868	1.5292	0.298	0.8332	-0.8069	-1.0859	-0.3574	0.7239	0.2001	-0.4427	0.1385	0.9951	-0.1935	-0.0326	0.948	-0.2535	0.876	-0.0174	-5.3368	-26.2515
15	3.6593	-1.2124	-0.3713	3.6061	0.3217	2.4744	-0.3048	0.3715	-0.2544	-0.006	0.1419	0.1521	0.3215	-0.3578	0.1012	0.5258	-0.1887	0.0416	0.4915	-0.1031	0.458	9.4169	-2.2146	-20.9943
16	4.5949	-1.6283	-1.0238	4.0359	0.3265	2.6486	-0.2096	-0.0264	-0.9092	-0.1237	0.1756	-0.3133	0.877	0.6999	-0.2259	0.8266	0.0014	0.0508	0.6901	-0.2729	0.8951	30.4205	-15.9435	-23.7862
17	3.9759	0.2824	1.1292	5.6635	-0.7865	3.5299	0.1875	-0.5214	0.3543	0.7282	-0.4738	-0.1833	-0.3856	0.3766	0.2111	0.8762	-0.0654	-0.082	0.867	-0.1017	0.739	28.5622	94.348	82.2109
18	0.2316	-0.0907	-0.2706	6.2091	6.3946	6.6481	-0.1568	0.016	-0.0064	0.4492	0.3508	-0.1462	0.5597	0.6194	-0.3534	0.6848	0.072	0.0743	0.8323	-0.1871	0.8207	43.1237	29.8731	4.8171
19	6.4948	1.3442	-1.1444	6.2085	0.7074	7.6786	-0.405	0.4051	-0.8135	-0.3116	0.3442	-0.065	1.5685	-0.3134	0.0849	1.0574	-0.0894	0.1559	0.6731	-0.1418	0.698	6.5772	56.4527	69.7073
20	4.2428	0.955	-0.5412	3.2219	-1.2864	5.1446	-0.1577	-0.8691	-0.7545	0.5265	-0.1398	-0.5499	0.6861	0.8704	0.2004	0.9172	0.2554	0.0855	0.7511	0.1341	0.7295	10.1598	59.7838	100.9887
21	0.5032	0.9359	-0.68	1.8318	-1.615	2.0665	-0.4142	0.0903	-1.4145	0.1423	0.1359	-1.1679	1.9183	0.9147	0.4982	2.1453	0.3346	0.222	1.3129	0.1882	2.034	5.1627	41.1002	103.9036
22	2.8093	0.2856	-2.1661	1.7855	-0.5308	4.4959	-0.4922	0.1645	-0.4441	0.218	0.3707	0.2109	0.8803	-0.3696	0.0448	0.8719	-0.005	0.1327	0.4866	0.0446	0.6697	-3.396	59.0893	90.9927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 273 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 274 through 311 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 439 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 243 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 244 through 311 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 312 through 438 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 260 through 440 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 1 through 64 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 65 through 127 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 128 through 180 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 181 through 238 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 239 through 273 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 401 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 402 through 441 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 141 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 223 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 224 through 257 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 258 through 378 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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