[日本語] English
万見
- PDB-8bqa: CjCel5B endo-glucanase bound to CB665 covalent inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bqa
タイトルCjCel5B endo-glucanase bound to CB665 covalent inhibitor
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Carbohydrate / inhibitor / covalent / cellulase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II ...Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RBH / alpha-D-xylopyranose / Chem-YLL / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者McGregor, N.G.S. / de Boer, C. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
資金援助 英国, European Union, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001162/1 英国
European Research Council (ERC)2020-SyG-951231European Union
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: A Multiplexing Activity-Based Protein-Profiling Platform for Dissection of a Native Bacterial Xyloglucan-Degrading System.
著者: McGregor, N.G.S. / de Boer, C. / Foucart, Q.P.O. / Beenakker, T. / Offen, W.A. / Codee, J.D.C. / Willems, L.I. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2022年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2594
ポリマ－33,5191
非ポリマー7403
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.490, 51.830, 64.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.427, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Endoglucanase


分子量: 33519.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (バクテリア)
遺伝子: cel5B, CJA_2983 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: B3PCS3, cellulase
#2: 化合物 ChemComp-RBH / ~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R})-2-(hydroxymethyl)-4,5,6-tris(oxidanyl)oxan-3-yl]-2-oxidanyl-ethanamide


分子量: 395.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H27N4O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DXylpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-YLL / (1R,2S,3S,4S,5R,6R)-6-(HYDROXYMETHYL)CYCLOHEXANE-1,2,3,4,5-PENTOL


分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 % / 解説: Plate clusters
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PS: 10 mg/mL in 5 mM Na-MOPS pH 7.5, 25 mM NaCl 1:1 with WS containing 0.2 M LiCl, 20% PEG3350
PH範囲: 5.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→32.92 Å / Num. obs: 32027 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 2.556 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1580 / CC1/2: 0.341 / Rpim(I) all: 1.095 / Rrim(I) all: 2.784 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tvn

1tvn


解像度: 1.67→32.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.219 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 1561 4.876 %0.05
Rwork0.1857 30450 --
all0.188 ---
obs-32011 97.467 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.774 Å20 Å21.597 Å2
2---1.93 Å20 Å2
3----0.027 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→32.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2293 0 36 197 2526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5081.6273268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4351.5814918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2335297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09824.454119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33115341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.526156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02577
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.22086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1790.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1430.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1470.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5942.4161191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5932.4131190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0883.6181487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0873.6211488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1382.5751202
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1372.5751203
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0353.81781
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0343.81782
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.8329.2422883
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.77228.9852845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.7130.361940.3422216X-RAY DIFFRACTION96.4107
1.713-1.760.3221160.3072175X-RAY DIFFRACTION96.3415
1.76-1.8110.3311290.3022059X-RAY DIFFRACTION96.3877
1.811-1.8670.338950.2742047X-RAY DIFFRACTION96.9231
1.867-1.9280.2981280.2771968X-RAY DIFFRACTION96.8577
1.928-1.9960.255760.2241941X-RAY DIFFRACTION97.0645
1.996-2.0710.2441120.2011872X-RAY DIFFRACTION96.875
2.071-2.1550.216900.1871793X-RAY DIFFRACTION97.5142
2.155-2.2510.226970.1861691X-RAY DIFFRACTION97.0684
2.251-2.3610.23870.1721659X-RAY DIFFRACTION97.5964
2.361-2.4880.226790.1641570X-RAY DIFFRACTION97.574
2.488-2.6390.24640.1631499X-RAY DIFFRACTION98.2401
2.639-2.8210.204690.1661435X-RAY DIFFRACTION98.3649
2.821-3.0460.241800.1651319X-RAY DIFFRACTION98.6601
3.046-3.3360.239420.1871231X-RAY DIFFRACTION98.8354
3.336-3.7290.23610.1681118X-RAY DIFFRACTION99.0756
3.729-4.3030.155370.1461002X-RAY DIFFRACTION99.2359
4.303-5.2630.151540.143818X-RAY DIFFRACTION98.8662
5.263-7.4150.139260.145660X-RAY DIFFRACTION99.2764
7.415-32.920.199250.148377X-RAY DIFFRACTION97.8102

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る