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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bp2 | ||||||
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Title | 2.8A STRUCTURE OF ZOLIFLODACIN WITH S.AUREUS DNA GYRASE AND DNA | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR | ||||||
Function / homology | ![]() DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bax, B.D. / Morgan, H. / Warren, A.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A 2.8 angstrom Structure of Zoliflodacin in a DNA Cleavage Complex with Staphylococcus aureus DNA Gyrase. Authors: Morgan, H. / Lipka-Lloyd, M. / Warren, A.J. / Hughes, N. / Holmes, J. / Burton, N.P. / Mahenthiralingam, E. / Bax, B.D. #1: ![]() Title: A 2.8 angstrom structure of zoliflodacin in a DNA-cleavage complex with Staphylococcus aureus DNA gyrase Authors: Morgan, H. / Lipka-Lloyd, M. / Warren, A.J. / Hughes, N. / Holmes, J. / Burton, N.P. / Mahenthiralingam, E. / Bax, B.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 568.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 71.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cdmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA gyrase subunit ... , 2 types, 4 molecules BBBDDDAAACCC
#1: Protein | Mass: 21274.191 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P66937, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) #2: Protein | Mass: 55537.312 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q99XG5, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) |
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-DNA chain , 1 types, 4 molecules EEEEbEFFFFbF
#3: DNA chain | Mass: 6150.966 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 6 types, 241 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/R8U.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/R8U.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-NA / | #7: Chemical | ChemComp-BTB / | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.28 Å3/Da / Density % sol: 62.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: batch mode / pH: 6.3 / Details: 90 mM bistris pH 6.3, 9% PEG 5000MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 8, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.78→25 Å / Num. obs: 52704 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 18.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.78→2.83 Å / Num. unique obs: 2554 / CC1/2: 0.318 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5CDM Resolution: 2.8→24.854 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 44.615 / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.443 / ESU R Free: 0.324 / Details: Hydrogens have not been used
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 92.396 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→24.854 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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