PDB-8bo7: COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bo7

タイトル

COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE INHIBITOR 34

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / S1 PROTEASE / SERINE PROTEASE / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / ACTIVE SITE DIRECTED INHIBITOR / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Schaefer, M. / Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Nunez, E.J. / Gericke, K.M. / Meier, K. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Ellerbrock, P. / Meibom, D. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Design and Preclinical Characterization Program toward Asundexian (BAY 2433334), an Oral Factor XIa Inhibitor for the Prevention and Treatment of Thromboembolic Disorders.
著者: Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Jimenez Nunez, E. / Teller, H. / Ellerbrock, P. / Meier, K. / Heitmeier, S. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Lang, D. / Schlemmer, K.H. / Schaefer, M. / ...

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity / entity_name_com Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bo7.cif.gz	125.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bo7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bo7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bo7_validation.pdf.gz	778.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bo7_full_validation.pdf.gz	781.9 KB	表示
XML形式データ	8bo7_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	8bo7_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bo3C 8bo4C 8bo5C 8bo6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.760, 60.670, 67.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951
#2: 化合物	ChemComp-QW6 / 4-[[(2~{S})-2-[4-(5-chloranyl-2-cyano-phenyl)-3-methoxy-6-oxidanylidene-2,5-dihydropyridin-1-yl]-3-[(2~{S})-oxan-2-yl]propanoyl]amino]benzoic acid 分子量: 537.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₈ClN₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M citrate buffer pH 4.5 and 20-30% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→42.575 Å / Num. obs: 68020 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 17.09
反射シェル	解像度: 1.25→1.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7341 / CC_1/2: 0.785

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.25→42.575 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.196 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.157	3401	5 %
R_work	0.1172	64618	-
all	0.119	-	-
obs	-	68019	99.309 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.065 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.058 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.429 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.487 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→42.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	59	319	2253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.811	1.67	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.566	1.595	4381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.827	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.837	22.243	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.857	15	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.831	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	992
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.284	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.672	1.559	998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.461	1.551	996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.858	2.348	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.865	2.352	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.964	2.045	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.998	2.052	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.313	2.892	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.314	2.895	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.129	20.965	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.937	19.882	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.807	3	3997

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.282	0.197	244	0.181	4649	0.182	4984	0.923	0.93	98.1742	0.154
1.282-1.318	0.228	240	0.18	4548	0.182	4878	0.915	0.927	98.155	0.151
1.318-1.356	0.204	235	0.153	4466	0.155	4758	0.933	0.946	98.802	0.126
1.356-1.397	0.162	227	0.135	4318	0.136	4591	0.957	0.962	98.998	0.107
1.397-1.443	0.152	223	0.114	4230	0.116	4495	0.965	0.972	99.0656	0.092
1.443-1.494	0.147	215	0.106	4097	0.108	4335	0.97	0.976	99.4694	0.085
1.494-1.55	0.136	208	0.096	3938	0.098	4161	0.974	0.979	99.6395	0.078
1.55-1.613	0.142	201	0.09	3823	0.093	4045	0.975	0.982	99.4808	0.075
1.613-1.685	0.128	191	0.087	3635	0.09	3856	0.98	0.984	99.222	0.075
1.685-1.767	0.136	185	0.085	3512	0.088	3710	0.979	0.985	99.6496	0.074
1.767-1.862	0.124	176	0.084	3343	0.087	3532	0.982	0.987	99.6319	0.076
1.862-1.975	0.138	168	0.097	3204	0.099	3375	0.978	0.985	99.9111	0.092
1.975-2.111	0.135	158	0.097	3002	0.099	3160	0.981	0.986	100	0.096
2.111-2.28	0.133	147	0.103	2781	0.104	2928	0.981	0.985	100	0.104
2.28-2.497	0.134	136	0.107	2597	0.108	2733	0.979	0.984	100	0.113
2.497-2.79	0.148	124	0.12	2355	0.121	2481	0.978	0.981	99.9194	0.129
2.79-3.22	0.172	110	0.128	2079	0.13	2201	0.961	0.976	99.4548	0.146
3.22-3.937	0.167	94	0.134	1791	0.135	1886	0.978	0.979	99.947	0.157
3.937-5.545	0.171	75	0.12	1414	0.122	1489	0.973	0.984	100	0.149
5.545-42.575	0.286	44	0.197	836	0.201	892	0.902	0.945	98.6547	0.233

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