PDB-8bo4: COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bo4

タイトル

COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE INHIBITOR 1

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / S1 PROTEASE / SERINE PROTEASE / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / ACTIVE SITE DIRECTED INHIBITOR / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Schaefer, M. / Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Nunez, E.J. / Gericke, K.M. / Meier, K. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Ellerbrock, P. / Meibom, M. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Design and Preclinical Characterization Program toward Asundexian (BAY 2433334), an Oral Factor XIa Inhibitor for the Prevention and Treatment of Thromboembolic Disorders.
著者: Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Jimenez Nunez, E. / Teller, H. / Ellerbrock, P. / Meier, K. / Heitmeier, S. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Lang, D. / Schlemmer, K.H. / Schaefer, M. / ...

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity / entity_name_com Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bo4.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bo4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bo4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bo3C 8bo5C 8bo6C 8bo7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.303, 59.449, 68.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-QVI / 4-(aminomethyl)-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-phenyl-1-[[4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]amino]propan-2-yl]cyclohexane-1-carboxamide 分子量: 447.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₉N₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M citrate buffer pH 4.5 and 20-30% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→44.811 Å / Num. obs: 24732 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 19.02
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1678 / CC_1/2: 0.893 / R_rim(I) all: 0.514

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.75→44.811 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 4.409 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1892	995	4.036 %
R_work	0.162	23658	-
all	0.163	-	-
obs	-	24653	98.944 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.796 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.399 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.852 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.454 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.811 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1835	0	39	177	2051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.581	1.664	2641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.446	1.611	4163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.246	5	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.496	22.128	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.938	15	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.828	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.222	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	938
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	872
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.198	2.071	936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.18	2.068	935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.783	3.096	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.782	3.098	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.123	2.42	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.122	2.421	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.327	3.506	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.328	3.508	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.56	25.337	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.479	24.834	2155

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.248	71	0.222	1716	0.223	1805	0.886	0.899	99.0028	0.199
1.795-1.845	0.227	70	0.203	1677	0.204	1758	0.924	0.927	99.3743	0.178
1.845-1.898	0.197	68	0.176	1612	0.177	1709	0.945	0.943	98.3031	0.149
1.898-1.956	0.202	66	0.184	1586	0.185	1676	0.94	0.943	98.568	0.156
1.956-2.02	0.206	65	0.17	1523	0.172	1608	0.944	0.953	98.7562	0.143
2.02-2.091	0.221	64	0.151	1489	0.153	1568	0.951	0.964	99.0434	0.133
2.091-2.17	0.183	60	0.149	1448	0.151	1521	0.956	0.966	99.1453	0.131
2.17-2.258	0.187	60	0.157	1408	0.158	1479	0.954	0.959	99.2563	0.137
2.258-2.358	0.19	56	0.152	1331	0.154	1403	0.96	0.961	98.8596	0.134
2.358-2.473	0.185	54	0.151	1280	0.152	1348	0.956	0.965	98.9614	0.138
2.473-2.606	0.155	51	0.155	1218	0.155	1282	0.966	0.961	98.986	0.145
2.606-2.764	0.249	50	0.17	1167	0.173	1222	0.935	0.951	99.5908	0.162
2.764-2.954	0.234	45	0.161	1098	0.164	1147	0.941	0.959	99.6513	0.159
2.954-3.189	0.171	42	0.158	1019	0.158	1074	0.962	0.961	98.7896	0.161
3.189-3.492	0.205	41	0.15	959	0.152	1011	0.956	0.967	98.912	0.161
3.492-3.901	0.157	36	0.146	843	0.146	900	0.968	0.971	97.6667	0.16
3.901-4.499	0.149	31	0.139	764	0.14	806	0.977	0.976	98.6352	0.163
4.499-5.497	0.192	29	0.154	668	0.156	702	0.971	0.974	99.2878	0.189
5.497-7.715	0.205	22	0.225	525	0.224	553	0.971	0.95	98.915	0.263
7.715-44.811	0.145	14	0.195	327	0.193	344	0.973	0.959	99.1279	0.228

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.6391 Å / Origin y: 9.4969 Å / Origin z: -13.2256 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0396 Å²	-0.0038 Å²	0.02 Å²	-	0.0115 Å²	-0.0141 Å²	-	-	0.0544 Å²
L	1.6588 °²	-0.4776 °²	0.2808 °²	-	1.4663 °²	0.0685 °²	-	-	0.8445 °²
S	0.0505 Å °	0.0728 Å °	-0.0076 Å °	-0.0941 Å °	-0.0136 Å °	-0.0478 Å °	0.0349 Å °	0.0763 Å °	-0.0369 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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