PDB-8bo3: COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bo3

タイトル

COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE INHIBITOR Asundexian

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / S1 PROTEASE / SERINE PROTEASE / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / ACTIVE SITE DIRECTED INHIBITOR / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.841 Å

データ登録者

Schaefer, M. / Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Nunez, E.J. / Gericke, K.M. / Meier, K. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Ellerbrock, P. / Meibom, D. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Design and Preclinical Characterization Program toward Asundexian (BAY 2433334), an Oral Factor XIa Inhibitor for the Prevention and Treatment of Thromboembolic Disorders.
著者: Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Jimenez Nunez, E. / Teller, H. / Ellerbrock, P. / Meier, K. / Heitmeier, S. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Lang, D. / Schlemmer, K.H. / Schaefer, M. / ...

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity / entity_name_com Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bo3.cif.gz	113.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bo3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bo3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bo4C 8bo5C 8bo6C 8bo7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.194, 59.916, 66.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951
#2: 化合物	ChemComp-QV3 / 4-[[(2~{S})-2-[4-[5-chloranyl-2-[4-(trifluoromethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]phenyl]-5-methoxy-2-oxidanylidene-pyridin-1-yl]butanoyl]amino]-2-fluoranyl-benzamide / Asundexian 分子量: 592.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₁ClF₄N₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Citrate pH 4.5, 20-30% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→44.61 Å / Num. obs: 20404 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.84→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4266 / CC_1/2: 0.723 / R_pim(I) all: 0.363 / R_rim(I) all: 0.574

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.841→44.608 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.195 / WR_factor R_work: 0.159 / SU B: 7.038 / SU ML: 0.104 / Average fsc free: 0.9218 / Average fsc work: 0.9335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	960	4.714 %
R_work	0.1696	19406	-
all	0.171	-	-
obs	-	20366	97.679 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.491 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.986 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.796 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.841→44.608 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	54	166	2095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.857	1.675	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.47	1.584	4251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.495	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.294	22.19	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.918	15	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.385	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	938
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.305	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.33	1.729	963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.28	1.727	962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.931	2.585	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.93	2.586	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.941	2.047	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.912	2.037	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.092	2.959	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.091	2.962	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.872	21.02	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.826	20.783	2330

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.841-1.889	0.284	40	0.252	1266	0.253	1513	0.866	0.867	86.3186	0.226
1.889-1.94	0.296	63	0.249	1346	0.251	1476	0.781	0.866	95.4607	0.217
1.94-1.997	0.267	66	0.223	1336	0.225	1445	0.899	0.9	97.0242	0.19
1.997-2.058	0.238	61	0.197	1292	0.198	1386	0.917	0.926	97.619	0.166
2.058-2.125	0.26	59	0.204	1263	0.206	1348	0.888	0.914	98.0712	0.173
2.125-2.2	0.217	74	0.194	1224	0.195	1316	0.929	0.933	98.6322	0.164
2.2-2.282	0.205	71	0.171	1183	0.173	1268	0.942	0.945	98.8959	0.146
2.282-2.375	0.222	59	0.163	1159	0.166	1224	0.936	0.953	99.5098	0.138
2.375-2.481	0.238	39	0.169	1119	0.171	1176	0.918	0.947	98.4694	0.144
2.481-2.601	0.221	66	0.174	1058	0.177	1130	0.935	0.944	99.469	0.148
2.601-2.742	0.272	47	0.17	1013	0.175	1068	0.93	0.942	99.2509	0.147
2.742-2.907	0.22	58	0.196	957	0.197	1024	0.937	0.934	99.1211	0.174
2.907-3.107	0.234	47	0.174	905	0.177	959	0.937	0.949	99.2701	0.163
3.107-3.355	0.14	37	0.141	867	0.141	909	0.973	0.973	99.4499	0.144
3.355-3.673	0.151	30	0.158	800	0.158	832	0.963	0.964	99.7596	0.167
3.673-4.103	0.189	29	0.149	718	0.151	751	0.963	0.967	99.4674	0.162
4.103-4.731	0.126	32	0.111	653	0.112	686	0.977	0.986	99.8542	0.125
4.731-5.778	0.188	28	0.126	545	0.129	574	0.967	0.984	99.8258	0.141
5.778-8.103	0.208	25	0.169	444	0.171	476	0.966	0.969	98.5294	0.186
8.103-44.608	0.212	29	0.191	258	0.194	289	0.956	0.966	99.308	0.204

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.0272 Å / Origin y: 9.544 Å / Origin z: -13.1073 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0081 Å²	-0.0069 Å²	-0.0055 Å²	-	0.0283 Å²	-0.0207 Å²	-	-	0.055 Å²
L	1.484 °²	0.7741 °²	0.4662 °²	-	1.4037 °²	0.3731 °²	-	-	0.4252 °²
S	-0.081 Å °	0.1727 Å °	-0.0856 Å °	-0.0203 Å °	0.1779 Å °	-0.115 Å °	-0.0275 Å °	0.0744 Å °	-0.0969 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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