PDB-8bo6: COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bo6

タイトル

COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE INHIBITOR 2

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / S1 PROTEASE / SERINE PROTEASE / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / ACTIVE SITE DIRECTED INHIBITOR / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Schaefer, M. / Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Nunez, E.J. / Gericke, K.M. / Meier, K. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Ellerbrock, P. / Meibom, D. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Design and Preclinical Characterization Program toward Asundexian (BAY 2433334), an Oral Factor XIa Inhibitor for the Prevention and Treatment of Thromboembolic Disorders.
著者: Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Jimenez Nunez, E. / Teller, H. / Ellerbrock, P. / Meier, K. / Heitmeier, S. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Lang, D. / Schlemmer, K.H. / Schaefer, M. / ...

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity / entity_name_com Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bo6.cif.gz	124.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bo6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bo6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bo3C 8bo4C 8bo5C 8bo7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.120, 59.634, 67.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951
#2: 化合物	ChemComp-QW0 / (~{E})-~{N}-[[5-(3-azanyl-1~{H}-indazol-6-yl)-4-chloranyl-1~{H}-imidazol-2-yl]methyl]-3-[5-chloranyl-2-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enamide 分子量: 495.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₆Cl₂N₁₀O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M citrate buffer pH 4.5 and 20-30% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→44.561 Å / Num. obs: 65835 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.9 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 23.09
反射シェル	解像度: 1.25→1.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique obs: 4814 / CC_1/2: 0.824 / R_rim(I) all: 0.825

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.25→44.561 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.472 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1407	888	1.349 %
R_work	0.1161	64947	-
all	0.116	-	-
obs	-	65835	99.413 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.377 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.257 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.511 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.254 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→44.561 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1880	0	71	227	2178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.669	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.483	1.595	4529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.835	5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.063	21.532	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.419	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.861	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.039	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	969
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.285	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.886	1.729	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.874	1.723	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.4	2.607	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.405	2.613	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.359	2.219	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.358	2.221	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.063	3.143	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.062	3.145	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.523	22.029	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.353	21.397	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.551	3	4092

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.282	0.253	65	0.22	4747	0.22	4840	0.819	0.832	99.4215	0.184
1.282-1.318	0.251	63	0.197	4629	0.198	4717	0.83	0.883	99.47	0.162
1.318-1.356	0.186	62	0.166	4507	0.166	4585	0.918	0.926	99.651	0.131
1.356-1.397	0.174	60	0.153	4386	0.153	4462	0.917	0.94	99.6414	0.119
1.397-1.443	0.163	58	0.137	4235	0.138	4306	0.949	0.951	99.6981	0.107
1.443-1.494	0.152	56	0.127	4144	0.128	4211	0.95	0.961	99.7388	0.101
1.494-1.55	0.147	54	0.114	3964	0.114	4025	0.966	0.969	99.8261	0.09
1.55-1.613	0.164	53	0.105	3841	0.106	3906	0.97	0.974	99.6928	0.084
1.613-1.685	0.143	50	0.1	3697	0.1	3754	0.975	0.978	99.8135	0.082
1.685-1.767	0.124	48	0.09	3518	0.09	3572	0.977	0.983	99.832	0.075
1.767-1.863	0.113	47	0.091	3379	0.091	3431	0.983	0.983	99.8543	0.079
1.863-1.975	0.12	43	0.092	3171	0.092	3221	0.977	0.984	99.7827	0.083
1.975-2.111	0.115	41	0.09	2998	0.09	3044	0.982	0.985	99.8357	0.086
2.111-2.28	0.111	38	0.093	2823	0.093	2862	0.984	0.985	99.9651	0.092
2.28-2.497	0.13	36	0.098	2599	0.098	2636	0.977	0.985	99.9621	0.1
2.497-2.791	0.123	32	0.102	2359	0.102	2391	0.983	0.985	100	0.11
2.791-3.22	0.127	29	0.111	2094	0.111	2128	0.982	0.984	99.765	0.124
3.22-3.939	0.136	24	0.114	1786	0.115	1829	0.981	0.986	98.9612	0.135
3.939-5.549	0.131	18	0.128	1332	0.128	1442	0.98	0.981	93.62	0.167
5.549-44.561	0.251	11	0.221	738	0.221	862	0.899	0.941	86.891	0.273

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