PDB-8bo5: COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bo5

タイトル

COAGULATION FACTOR XI PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVE SITE INHIBITOR 3

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / S1 PROTEASE / SERINE PROTEASE / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / ACTIVE SITE DIRECTED INHIBITOR / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schaefer, M. / Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Nunez, E.J. / Gericke, K.M. / Meier, K. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Ellerbrock, P. / Meibom, D. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Design and Preclinical Characterization Program toward Asundexian (BAY 2433334), an Oral Factor XIa Inhibitor for the Prevention and Treatment of Thromboembolic Disorders.
著者: Roehrig, S. / Ackerstaff, J. / Jimenez Nunez, E. / Teller, H. / Ellerbrock, P. / Meier, K. / Heitmeier, S. / Tersteegen, A. / Stampfuss, J. / Lang, D. / Schlemmer, K.H. / Schaefer, M. / ...

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity / entity_name_com Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bo5.cif.gz	112.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bo5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bo5_validation.pdf.gz	729.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bo5_full_validation.pdf.gz	732.6 KB	表示
XML形式データ	8bo5_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	8bo5_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bo5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bo3C 8bo4C 8bo6C 8bo7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.761, 59.742, 66.929
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951
#2: 化合物	ChemComp-QVO / 2-[4-(3-chlorophenyl)-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolo[3,4-b]pyridin-1-yl]-~{N}-[4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]ethanamide 分子量: 459.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₄ClN₇O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M citrate buffer pH 4.5 and 20-30% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97887 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97887 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→44.59 Å / Num. obs: 26387 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 15.76
反射シェル	解像度: 1.7→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique obs: 2026 / CC_1/2: 0.752 / R_rim(I) all: 0.742

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.7→44.588 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 4.038 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	884	3.35 %
R_work	0.1539	25502	-
all	0.155	-	-
obs	-	26386	99.334 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.006 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.189 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.816 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.588 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	58	179	2112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.667	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.429	1.593	4295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.407	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.452	22.979	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.016	15	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.833	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.044	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.192	2.157	985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.183	2.155	984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.83	3.231	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.829	3.233	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.921	2.545	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.92	2.547	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.031	3.69	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.03	3.692	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.568	26.933	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.436	26.306	2285

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.262	60	0.238	1732	0.239	1923	0.85	0.851	93.1877	0.218
1.744-1.792	0.292	62	0.209	1786	0.212	1883	0.878	0.904	98.1413	0.181
1.792-1.844	0.222	61	0.184	1755	0.185	1817	0.925	0.936	99.945	0.155
1.844-1.9	0.19	60	0.172	1736	0.173	1797	0.951	0.951	99.9444	0.143
1.9-1.963	0.2	58	0.16	1661	0.161	1720	0.941	0.955	99.9419	0.136
1.963-2.031	0.192	56	0.153	1623	0.154	1680	0.952	0.961	99.9405	0.131
2.031-2.108	0.162	54	0.144	1563	0.145	1617	0.975	0.968	100	0.127
2.108-2.194	0.185	52	0.138	1514	0.139	1566	0.965	0.972	100	0.121
2.194-2.291	0.153	50	0.144	1446	0.144	1496	0.971	0.97	100	0.131
2.291-2.402	0.168	49	0.144	1387	0.145	1437	0.965	0.967	99.9304	0.131
2.402-2.532	0.191	45	0.144	1312	0.145	1357	0.961	0.967	100	0.135
2.532-2.685	0.163	44	0.144	1266	0.144	1310	0.973	0.973	100	0.138
2.685-2.87	0.154	41	0.146	1187	0.146	1228	0.97	0.973	100	0.143
2.87-3.099	0.169	38	0.145	1113	0.145	1151	0.955	0.973	100	0.147
3.099-3.393	0.155	35	0.129	1011	0.13	1046	0.971	0.979	100	0.14
3.393-3.79	0.134	33	0.138	942	0.138	975	0.98	0.976	100	0.153
3.79-4.371	0.128	29	0.145	829	0.145	860	0.978	0.975	99.7674	0.171
4.371-5.341	0.199	25	0.139	722	0.14	748	0.966	0.979	99.8663	0.168
5.341-7.5	0.228	20	0.212	573	0.212	593	0.96	0.957	100	0.239
7.5-44.588	0.147	12	0.22	344	0.217	359	0.966	0.95	99.1643	0.276

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.6774 Å / Origin y: 9.3566 Å / Origin z: -12.9215 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0097 Å²	-0.0074 Å²	0.0087 Å²	-	0.0164 Å²	-0.0075 Å²	-	-	0.0336 Å²
L	1.753 °²	-0.1933 °²	0.2981 °²	-	1.3853 °²	0.203 °²	-	-	0.7542 °²
S	0.0048 Å °	0.1007 Å °	0.0185 Å °	-0.0973 Å °	0.0347 Å °	-0.0523 Å °	-0.0367 Å °	0.0751 Å °	-0.0395 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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