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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8994 | |||||||||
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タイトル | CasX-gRNA-DNA (30bp) State II | |||||||||
マップデータ | CasX-gRNA-DNA(30bp) state II | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Transposase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Deltaproteobacteria (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu JJ / Orlova N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: CasX enzymes comprise a distinct family of RNA-guided genome editors. 著者: Jun-Jie Liu / Natalia Orlova / Benjamin L Oakes / Enbo Ma / Hannah B Spinner / Katherine L M Baney / Jonathan Chuck / Dan Tan / Gavin J Knott / Lucas B Harrington / Basem Al-Shayeb / ...著者: Jun-Jie Liu / Natalia Orlova / Benjamin L Oakes / Enbo Ma / Hannah B Spinner / Katherine L M Baney / Jonathan Chuck / Dan Tan / Gavin J Knott / Lucas B Harrington / Basem Al-Shayeb / Alexander Wagner / Julian Brötzmann / Brett T Staahl / Kian L Taylor / John Desmarais / Eva Nogales / Jennifer A Doudna / 要旨: The RNA-guided CRISPR-associated (Cas) proteins Cas9 and Cas12a provide adaptive immunity against invading nucleic acids, and function as powerful tools for genome editing in a wide range of ...The RNA-guided CRISPR-associated (Cas) proteins Cas9 and Cas12a provide adaptive immunity against invading nucleic acids, and function as powerful tools for genome editing in a wide range of organisms. Here we reveal the underlying mechanisms of a third, fundamentally distinct RNA-guided genome-editing platform named CRISPR-CasX, which uses unique structures for programmable double-stranded DNA binding and cleavage. Biochemical and in vivo data demonstrate that CasX is active for Escherichia coli and human genome modification. Eight cryo-electron microscopy structures of CasX in different states of assembly with its guide RNA and double-stranded DNA substrates reveal an extensive RNA scaffold and a domain required for DNA unwinding. These data demonstrate how CasX activity arose through convergent evolution to establish an enzyme family that is functionally separate from both Cas9 and Cas12a. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8994.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8994-v30.xml emd-8994.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8994.png | 96.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8994 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8994 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8994_validation.pdf.gz | 342.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8994_full_validation.pdf.gz | 342 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8994_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8994 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8994 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ny1MC 8980C 8987C 8988C 8989C 8990C 8991C 8996C 6ny2C 6ny3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CasX-gRNA-DNA(30bp) state II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CasX-gRNA-DNA (30bp) State II
全体 | 名称: CasX-gRNA-DNA (30bp) State II |
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要素 |
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-超分子 #1: CasX-gRNA-DNA (30bp) State II
超分子 | 名称: CasX-gRNA-DNA (30bp) State II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Deltaproteobacteria (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105395 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |