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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8900 | |||||||||
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タイトル | Negative stain reconstruction of human autophagy associated protein, ATG2A | |||||||||
マップデータ | Negative stain reconstruction of human ATG2A protein | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 phagophore / lipid transfer activity / organelle membrane contact site / glycophagy / autophagy of peroxisome / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phagophore assembly site ...phagophore / lipid transfer activity / organelle membrane contact site / glycophagy / autophagy of peroxisome / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phagophore assembly site / autophagy of mitochondrion / reticulophagy / autophagosome assembly / protein-membrane adaptor activity / lipid droplet / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 29.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Chowdhury S / Otomo C / Leitner A / Ohashi K / Aebersold R / Lander GC / Otomo T | |||||||||
資金援助 | 米国, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Insights into autophagosome biogenesis from structural and biochemical analyses of the ATG2A-WIPI4 complex. 著者: Saikat Chowdhury / Chinatsu Otomo / Alexander Leitner / Kazuto Ohashi / Ruedi Aebersold / Gabriel C Lander / Takanori Otomo / 要旨: Autophagy is an enigmatic cellular process in which double-membrane compartments, called "autophagosomes, form de novo adjacent to the endoplasmic reticulum (ER) and package cytoplasmic contents for ...Autophagy is an enigmatic cellular process in which double-membrane compartments, called "autophagosomes, form de novo adjacent to the endoplasmic reticulum (ER) and package cytoplasmic contents for delivery to lysosomes. Expansion of the precursor membrane phagophore requires autophagy-related 2 (ATG2), which localizes to the PI3P-enriched ER-phagophore junction. We combined single-particle electron microscopy, chemical cross-linking coupled with mass spectrometry, and biochemical analyses to characterize human ATG2A in complex with the PI3P effector WIPI4. ATG2A is a rod-shaped protein that can bridge neighboring vesicles through interactions at each of its tips. WIPI4 binds to one of the tips, enabling the ATG2A-WIPI4 complex to tether a PI3P-containing vesicle to another PI3P-free vesicle. These data suggest that the ATG2A-WIPI4 complex mediates ER-phagophore association and/or tethers vesicles to the ER-phagophore junction, establishing the required organization for phagophore expansion via the transfer of lipid membranes from the ER and/or the vesicles to the phagophore. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8900.map.gz | 249.7 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8900-v30.xml emd-8900.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8900.png | 26.4 KB | ||
その他 | emd_8900_additional.map.gz | 2.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8900 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8900 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8900_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8900_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8900_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8900 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8900 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain reconstruction of human ATG2A protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened negative stain EM map of human ATG2A protein
ファイル | emd_8900_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened negative stain EM map of human ATG2A protein | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human ATG2A protein
全体 | 名称: Human ATG2A protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Human ATG2A protein
超分子 | 名称: Human ATG2A protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Full length protein |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: 9 |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
グリッド | モデル: Maxtaform / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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温度 | 最低: 273.15 K / 最高: 298.15 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 590 / 平均露光時間: 0.42 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.62 µm / 倍率(補正後): 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |