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- EMDB-8812: Structure of the PulG pseudopilus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8812
タイトルStructure of the PulG pseudopilus
マップデータmap of PulG filament
試料
  • 細胞器官・細胞要素: PulG pseudopilus
    • タンパク質・ペプチド: General secretion pathway protein G
    • リガンド: CALCIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspG / Type II secretion system protein GspG, C-terminal / Type II secretion system (T2SS), protein G / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system core protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Lopez-Castilla A / Thomassin JL / Bardiaux B / Zheng W / Nivaskumar M / Yu X / Nilges M / Egelman EH / Izadi-Pruneyre N / Francetic O
資金援助 米国, European Union, フランス, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
European Union (EU)FP7-IDEAS-ERC 294809European Union
Agence Nationale de la RechercheANR-14-CE09-0004 フランス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structure of the calcium-dependent type 2 secretion pseudopilus.
著者: Aracelys López-Castilla / Jenny-Lee Thomassin / Benjamin Bardiaux / Weili Zheng / Mangayarkarasi Nivaskumar / Xiong Yu / Michael Nilges / Edward H Egelman / Nadia Izadi-Pruneyre / Olivera Francetic /
要旨: Many Gram-negative bacteria use type 2 secretion systems (T2SSs) to secrete proteins involved in virulence and adaptation. Transport of folded proteins via T2SS nanomachines requires the assembly of ...Many Gram-negative bacteria use type 2 secretion systems (T2SSs) to secrete proteins involved in virulence and adaptation. Transport of folded proteins via T2SS nanomachines requires the assembly of inner membrane-anchored fibres called pseudopili. Although efficient pseudopilus assembly is essential for protein secretion, structure-based functional analyses are required to unravel the mechanistic link between these processes. Here, we report an atomic model for a T2SS pseudopilus from Klebsiella oxytoca, obtained by fitting the NMR structure of its calcium-bound subunit PulG into the ~5-Å-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of assembled fibres. This structure reveals the comprehensive network of inter-subunit contacts and unexpected features, including a disordered central region of the PulG helical stem, and highly flexible C-terminal residues on the fibre surface. NMR, mutagenesis and functional analyses highlight the key role of calcium in PulG folding and stability. Fibre disassembly in the absence of calcium provides a basis for pseudopilus length control, essential for protein secretion, and supports the Archimedes screw model for the type 2 secretion mechanism.
履歴
登録2017年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月9日-
マップ公開2017年10月25日-
更新2020年1月1日-
現状2020年1月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.056
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.056
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5wda
  • 表面レベル: 0.056
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5wda
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8812.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of PulG filament
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.056 / ムービー #1: 0.056
最小 - 最大-0.044437073 - 0.11336735
平均 (標準偏差)0.012011195 (±0.02283012)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-42-42-150
サイズ8484300
Spacing8484300
セルA: 88.2 Å / B: 88.2 Å / C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z8484300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z88.20088.200315.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-42-42-150
NC/NR/NS8484300
D min/max/mean-0.0440.1130.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PulG pseudopilus

全体名称: PulG pseudopilus
要素
  • 細胞器官・細胞要素: PulG pseudopilus
    • タンパク質・ペプチド: General secretion pathway protein G
    • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: PulG pseudopilus

超分子名称: PulG pseudopilus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: General secretion pathway protein G

分子名称: General secretion pathway protein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 25 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア)
分子量理論値: 14.525482 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(MEA)TLLEIMVVI VILGVLASLV VPNLMGNKEK ADRQKVVSDL VALEGALDMY KLDNSRYPTT EQGLQALVSA PSAEPH ARN YPEGGYIRRL PQDPWGSDYQ LLSPGQCGQV DIFSLGPDGV PESNDDIGNC TIGKK

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 25 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1819 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 10.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 83.2 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IHRSR / 使用した粒子像数: 85619
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: solid cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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