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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8658 | |||||||||
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タイトル | VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT) - conformation 1 | |||||||||
マップデータ | VAT hexamer in stacked-ring conformation | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) / Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Ripstein ZA / Huang R / Augustyniak R / Kay LE / Rubinstein JL | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Structure of a AAA+ unfoldase in the process of unfolding substrate. 著者: Zev A Ripstein / Rui Huang / Rafal Augustyniak / Lewis E Kay / John L Rubinstein / 要旨: AAA+ unfoldases are thought to unfold substrate through the central pore of their hexameric structures, but how this process occurs is not known. VAT, the homologue of eukaryotic CDC48/p97, works in ...AAA+ unfoldases are thought to unfold substrate through the central pore of their hexameric structures, but how this process occurs is not known. VAT, the homologue of eukaryotic CDC48/p97, works in conjunction with the proteasome to degrade misfolded or damaged proteins. We show that in the presence of ATP, VAT with its regulatory N-terminal domains removed unfolds other VAT complexes as substrate. We captured images of this transient process by electron cryomicroscopy (cryo-EM) to reveal the structure of the substrate-bound intermediate. Substrate binding breaks the six-fold symmetry of the complex, allowing five of the six VAT subunits to constrict into a tight helix that grips an ~80 Å stretch of unfolded protein. The structure suggests a processive hand-over-hand unfolding mechanism, where each VAT subunit releases the substrate in turn before re-engaging further along the target protein, thereby unfolding it. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8658.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8658-v30.xml emd-8658.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8658.png | 61 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8658 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8658 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8658_validation.pdf.gz | 480.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8658_full_validation.pdf.gz | 479.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8658_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8658_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8658 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8658 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8658.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | VAT hexamer in stacked-ring conformation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase f...
全体 | 名称: Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase from T. Acidophilum |
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要素 |
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-超分子 #1: Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase f...
超分子 | 名称: Structural basis for substrate unfolding by the VCP like ATPase from T. Acidophilum タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Stacked-ring state, ATPgS loaded N-terminal domain removed |
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由来(天然) | 生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: PPROEX |
分子量 | 理論値: 380 KDa |
-分子 #1: VCP-like ATPase
分子 | 名称: VCP-like ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性) 株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 |
分子量 | 理論値: 62.996246 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEVSRISYED IGGLSEQLGK IREMIELPLK HPELFERLGI TPPKGVILYG PPGTGKTLIA RAVANESGAN FLSINGPEIM SKYYGQSEQ KLREIFSKAE ETAPSIIFID EIDSIAPKRE EVQGEVERRV VAQLLTLMDG MKERGHVIVI GATNRIDAID P ALRRPGRF ...文字列: MEVSRISYED IGGLSEQLGK IREMIELPLK HPELFERLGI TPPKGVILYG PPGTGKTLIA RAVANESGAN FLSINGPEIM SKYYGQSEQ KLREIFSKAE ETAPSIIFID EIDSIAPKRE EVQGEVERRV VAQLLTLMDG MKERGHVIVI GATNRIDAID P ALRRPGRF DREIEIGVPD RNGRKEILMI HTRNMPLGMS EEEKNKFLEE MADYTYGFVG ADLAALVRES AMNALRRYLP EI DLDKPIP TEILEKMVVT EDDFKNALKS IEPSSLREVM VEVPNVHWDD IGGLEDVKRE IKETVELPLL KPDVFKRLGI RPS KGFLLY GPPGVGKTLL AKAVATESNA NFISIKGPEV LSKWVGESEK AIREIFKKAK QVAPAIVFLD EIDSIAPRRG TTSD SGVTE RIVNQLLTSL DGIEVMNGVV VIGATNRPDI MDPALLRAGR FDKLIYIPPP DKEARLSILK VHTKNMPLAP DVDLN DIAQ RTEGYVGADL ENLCREAGMN AYRENPDATS VSQKNFLDAL KTIRPSVDEE VIKFYRTLSE TMSKSVSERR KQLQDQ GLY L |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 20 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Electron Microscopy Sciences M400 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 30.0 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 246 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 倍率(公称値): 25000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-5vc7: |