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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8609 | |||||||||
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タイトル | Cleaved Cowpea Mosaic Virus (CPMV) eVLP structure refined from a small subset of data from the cryo-EM reconstruction of uncleaved eVLP reported previously | |||||||||
マップデータ | Cowpea mosaic virus (CPMV) cleaved eVLP structure | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / GTP binding / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Hesketh EL / Thompson RF / Ranson NA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: The structures of a naturally empty cowpea mosaic virus particle and its genome-containing counterpart by cryo-electron microscopy. 著者: Emma L Hesketh / Yulia Meshcheriakova / Rebecca F Thompson / George P Lomonossoff / Neil A Ranson / 要旨: Cowpea mosaic virus (CPMV) is a picorna-like plant virus. As well as an intrinsic interest in CPMV as a plant pathogen, CPMV is of major interest in biotechnology applications such as nanotechnology. ...Cowpea mosaic virus (CPMV) is a picorna-like plant virus. As well as an intrinsic interest in CPMV as a plant pathogen, CPMV is of major interest in biotechnology applications such as nanotechnology. Here, we report high resolution cryo electron microscopy (cryo-EM) maps of wild type CPMV containing RNA-2, and of naturally-formed empty CPMV capsids. The resolution of these structures is sufficient to visualise large amino acids. We have refined an atomic model for each map and identified an essential amino acid involved in genome encapsidation. This work has furthered our knowledge of Picornavirales genome encapsidation and will assist further work in the development of CPMV as a biotechnological tool. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8609.map.gz | 45.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8609-v30.xml emd-8609.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8609_fsc.xml | 16.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8609.png | 295.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8609 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8609 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8609_validation.pdf.gz | 279.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8609_full_validation.pdf.gz | 278.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8609_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8609 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8609 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8609.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cowpea mosaic virus (CPMV) cleaved eVLP structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cowpea mosaic virus
全体 | 名称: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cowpea mosaic virus
超分子 | 名称: Cowpea mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Empty virus like particles (eVLPs) produced by expressing a coat precursor protein VP60 which expressed both large and small proteins and the 24K protease in N. benthamiana NCBI-ID: 12264 / 生物種: Cowpea mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Vigna unguiculata (マメ科) |
Host system | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
分子量 | 理論値: 3.87 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 280.0 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: Phosphate buffer pH 7.0 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 94 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1135 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 134615 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 134615 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |