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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8601 | |||||||||
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タイトル | Sub-tomogram average of the extended type VI secretion system sheath in Myxococcus xanthus | |||||||||
![]() | None | |||||||||
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![]() | T6SS / type IV secretion / protein machine / secretion system / sheath / contractile / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
![]() | Chang Y-W / Rettberg LA / Jensen GJ | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: structures of an intact type VI secretion system revealed by electron cryotomography. 著者: Yi-Wei Chang / Lee A Rettberg / Davi R Ortega / Grant J Jensen / ![]() 要旨: The type VI secretion system (T6SS) is a versatile molecular weapon used by many bacteria against eukaryotic hosts or prokaryotic competitors. It consists of a cytoplasmic bacteriophage tail-like ...The type VI secretion system (T6SS) is a versatile molecular weapon used by many bacteria against eukaryotic hosts or prokaryotic competitors. It consists of a cytoplasmic bacteriophage tail-like structure anchored in the bacterial cell envelope via a cytoplasmic baseplate and a periplasmic membrane complex. Rapid contraction of the sheath in the bacteriophage tail-like structure propels an inner tube/spike complex through the target cell envelope to deliver effectors. While structures of purified contracted sheath and purified membrane complex have been solved, because sheaths contract upon cell lysis and purification, no structure is available for the extended sheath. Structural information about the baseplate is also lacking. Here, we use electron cryotomography to directly visualize intact T6SS structures inside cells. Using sub-tomogram averaging, we resolve the structure of the extended sheath and membrane-associated components including the baseplate. Moreover, we identify novel extracellular bacteriophage tail fiber-like antennae. These results provide new structural insights into how the extended sheath prevents premature disassembly and how this sophisticated machine may recognize targets. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 475.4 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 115.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Type VI secretion system
全体 | 名称: Type VI secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: Type VI secretion system
超分子 | 名称: Type VI secretion system / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: TssB
分子 | 名称: TssB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: DK 1622 |
分子量 | 理論値: 18.016617 KDa |
配列 | 文字列: MSKESSVAPT ERVNIVYKPA TGNAQEQVEL PLKVLMLGDF TGQEDARPLE QRAPINVDKA NFNEVMAQQN LKVTLTAADK LSADPNATM NVSLQFKNLN DFSPESVVNQ VPELKKLLEL RSALNALKGP LGNLPAFRKK LQALLADEDG RKALIKELGL T EETK UniProtKB: Type VI secretion system-associated protein |
-分子 #2: TssC
分子 | 名称: TssC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 56.188469 KDa |
配列 | 文字列: MANETQTQKS TGVANDASLS LLDEILSEAK LKPKDEGYDV AKRGVQAFIT EMLAPNRSEE RVDKALVDAM IAEIDKRLSS QVNEILHAK EFQKLESSWR SLKFMVDRTD FRENTRVEML NASKEDLQKD FEDAPEVTKS GLYKLVYSNE YGVFGGKPYG I ISANYDFN ...文字列: MANETQTQKS TGVANDASLS LLDEILSEAK LKPKDEGYDV AKRGVQAFIT EMLAPNRSEE RVDKALVDAM IAEIDKRLSS QVNEILHAK EFQKLESSWR SLKFMVDRTD FRENTRVEML NASKEDLQKD FEDAPEVTKS GLYKLVYSNE YGVFGGKPYG I ISANYDFN VGPQDMELLR KCASVAAMAH APFIGNAAPE VFGEESFLKL PDLKDLKSLF EGPQYARWHS FRESEDARYV GL ALPRFLL RLPYGEKTVP VKAFNFTEDV VGHHERYLWG HASVALTSRV ADSFAKFRWS PNIIGPQSGG AVENLPLHQY EAM GEIQTK IPTEVMLTER REFELSEEGF IGLVFRKDSD NAAFFSANST QKPRFFGNTP EGKAAETNYR LGTQLPYMFI MTRL AHYIK VLQREQIGSW KEKSDLEREL NHWLSQYISD MDDPAPAVRS RRPLRAARVV VEDVEGQPGW YRCSLQVRPH FKYMG ASFT LSLVGKLDKE UniProtKB: Type VI secretion protein |
-分子 #3: Hcp
分子 | 名称: Hcp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.065271 KDa |
配列 | 文字列: MAESVHLYLK ANGSDIKGDS TQTSLGRADS IECVAYSQKV FTAREAGSGL ATGRRQYEGI EITKRIDKSS PLLMKALCEN QVIDATFKF FRPNPTGDGT TEQFYTVSIK KARINAIQQT VPNSFVPAST NLPPMETLQL VFHTINWTIT QGGVTHEDTW D TQR UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / 使用したサブトモグラム数: 687 |
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抽出 | トモグラム数: 29 / 使用した粒子像数: 687 |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: PEET |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET |