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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8564 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of an influenza virus receptor-binding site antibody-antigen interface - Class 4 | |||||||||
![]() | influenza virus receptor-binding site antibody-antigen interface - Class 4 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
![]() | Liu Y / Pan J / Caradonna T / Jenni S / Raymond DD / Schmidt AG / Harrison SC / Grigorieff N | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM Structure of an Influenza Virus Receptor-Binding Site Antibody-Antigen Interface. 著者: Yuhang Liu / Junhua Pan / Simon Jenni / Donald D Raymond / Tim Caradonna / Khoi T Do / Aaron G Schmidt / Stephen C Harrison / Nikolaus Grigorieff / ![]() 要旨: Structure-based vaccine design depends on extensive structural analyses of antigen-antibody complexes.Single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM) can circumvent some of the problems of x-ray ...Structure-based vaccine design depends on extensive structural analyses of antigen-antibody complexes.Single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM) can circumvent some of the problems of x-ray crystallography as a pipeline for obtaining the required structures. We have examined the potential of single-particle cryoEM for determining the structure of influenza-virus hemagglutinin (HA):single-chain variable-domain fragment complexes, by studying a complex we failed to crystallize in pursuing an extended project on the human immune response to influenza vaccines.The result shows that a combination of cryoEM and molecular modeling can yield details of the antigen-antibody interface, although small variation in the twist of the rod-likeHA trimer limited the overall resolution to about 4.5Å.Comparison of principal 3D classes suggests ways to modify the HA trimer to overcome this limitation. A closely related antibody from the same donor did yield crystals when bound with the same HA, giving us an independent validation of the cryoEM results.The two structures also augment our understanding of receptor-binding site recognition by antibodies that neutralize a wide range of influenza-virus variants. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 62.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | influenza virus receptor-binding site antibody-antigen interface - Class 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chai...
全体 | 名称: Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chain variable-domain fragment |
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要素 |
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-超分子 #1: Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chai...
超分子 | 名称: Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chain variable-domain fragment タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: The complex consists of three hemagglutinin head domains bound to three single-chain variable-domain fragments. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 320 KDa |
-分子 #1: Hemagglutinin HA1
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) |
分子量 | 理論値: 36.024344 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EDTICIGYHA NNSTDTVDTV LEKNVTVTHS VNLLEDSHNG KLCLLKGIAP LQLGNCSVAG WILGNPECEL LISRESWSYI VEKPNPENG TCYPGHFADY EELREQLSSV SSFERFEIFP KESSWPNHTT TGVSASCSHN GESSFYKNLL WLTGKNGLYP N LSKSYANN ...文字列: EDTICIGYHA NNSTDTVDTV LEKNVTVTHS VNLLEDSHNG KLCLLKGIAP LQLGNCSVAG WILGNPECEL LISRESWSYI VEKPNPENG TCYPGHFADY EELREQLSSV SSFERFEIFP KESSWPNHTT TGVSASCSHN GESSFYKNLL WLTGKNGLYP N LSKSYANN KEKEVLVLWG VHHPPNIGDQ RALYHTENAY VSVVSSHYSR KFTPEIAKRP KVRDREGRIN YYWTLLEPGD TI IFEANGN LIAPRYAFAL SRGFGSGIIN SNAPMDECDA KCQTPQGAIN SSLPFQNVHP VTIGECPKYV RSAKLRMVTG LRN IPS |
-分子 #2: Hemagglutinin HA2
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) |
分子量 | 理論値: 19.841041 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFI DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREKI |
-分子 #3: scFv
分子 | 名称: scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.629385 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS GYYLTWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGISPVIT FGGGTNVEIK GGGGGSGGGG SGGGGSEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFTFNIYDM H WVRQAPGK ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS GYYLTWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGISPVIT FGGGTNVEIK GGGGGSGGGG SGGGGSEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFTFNIYDM H WVRQAPGK GLEWVSGLTT GGDTSYSGSV RGRFSISREN AKNSLYLQMN NLRAGDTAAY FCVRGVREVG ATGGDPFYYA MA VWGQGTT VTVSSASGSS GSGHHHHHH |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 18 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: Beta-octylglucoside was added to a final concentration of 0.07% w/v to induce more variable particle orientations. |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-38 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10281 / 平均露光時間: 13.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: The exposure rate was 8 electrons/physical pixel/second. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 9.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 30444 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Domains were initially placed manually using Chimera. The HA trimer was from PDB ID 5UGY. Fab was initially obtained using MODELLER, with PDB ID 4K8R as template. The structure was refined using PHENIX. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
得られたモデル | ![]() PDB-5uk2: |