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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8361 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit | ||||||||||||||||||
マップデータ | Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / large ribosomal subunit / nucleosome / nucleosome assembly / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / large ribosomal subunit / nucleosome / nucleosome assembly / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Liu Z / Gutierrez-Vargas C / Wei J / Grassucci RA / Ramesh M / Espina N / Sun M / Tutuncuoglu B / Madison-Antenucci S / Woolford Jr JL ...Liu Z / Gutierrez-Vargas C / Wei J / Grassucci RA / Ramesh M / Espina N / Sun M / Tutuncuoglu B / Madison-Antenucci S / Woolford Jr JL / Tong L / Frank J | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016 タイトル: Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit. 著者: Zheng Liu / Cristina Gutierrez-Vargas / Jia Wei / Robert A Grassucci / Madhumitha Ramesh / Noel Espina / Ming Sun / Beril Tutuncuoglu / Susan Madison-Antenucci / John L Woolford / Liang Tong / Joachim Frank / 要旨: Ribosomes of trypanosomatids, a family of protozoan parasites causing debilitating human diseases, possess multiply fragmented rRNAs that together are analogous to 28S rRNA, unusually large rRNA ...Ribosomes of trypanosomatids, a family of protozoan parasites causing debilitating human diseases, possess multiply fragmented rRNAs that together are analogous to 28S rRNA, unusually large rRNA expansion segments, and r-protein variations compared with other eukaryotic ribosomes. To investigate the architecture of the trypanosomatid ribosomes, we determined the 2.5-Å structure of the Trypanosoma cruzi ribosome large subunit by single-particle cryo-EM. Examination of this structure and comparative analysis of the yeast ribosomal assembly pathway allowed us to develop a stepwise assembly model for the eight pieces of the large subunit rRNAs and a number of ancillary "glue" proteins. This model can be applied to the characterization of Trypanosoma brucei and Leishmania spp. ribosomes as well. Together with other details, our atomic-level structure may provide a foundation for structure-based design of antitrypanosome drugs. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8361.map.gz | 43.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8361-v30.xml emd-8361.xml | 54.1 KB 54.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8361.png | 769.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8361 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8361 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8361_validation.pdf.gz | 188.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8361_full_validation.pdf.gz | 188.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8361_validation.xml.gz | 502 B | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8361_validation.cif.gz | 371 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8361 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8361 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8361.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit
+超分子 #1: trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit
+分子 #1: RNA LARGE SUBUNIT ALPHA
+分子 #2: RNA LARGE SUBUNIT BETA
+分子 #3: 5.8S rRNA
+分子 #4: 5S rRNA
+分子 #5: srRNA1
+分子 #6: srRNA3
+分子 #7: srRNA2
+分子 #8: srRNA4
+分子 #9: 60S ribosomal protein L18
+分子 #10: 60S ribosomal protein L11
+分子 #11: 60S ribosomal protein L13
+分子 #12: 60S ribosomal protein L13a
+分子 #13: 40S ribosomal protein L14
+分子 #14: Ribosomal protein L15
+分子 #15: 60S ribosomal protein L17
+分子 #16: 60S ribosomal protein L18a
+分子 #17: Ribosomal protein L19-like protein
+分子 #18: Ribosomal protein L21E (60S)
+分子 #19: 60S ribosomal protein L22
+分子 #20: 60S ribosomal protein L23
+分子 #21: 60S ribosomal protein L23a
+分子 #22: Ribosomal protein L24
+分子 #23: 60S ribosomal protein L26
+分子 #24: Ribosomal protein L27
+分子 #25: 60S ribosomal protein L27A/L29
+分子 #26: 60S ribosomal protein L28
+分子 #27: Ribosomal protein L29
+分子 #28: 60S ribosomal protein L2
+分子 #29: Ribosomal protein L13
+分子 #30: 60S ribosomal protein L30
+分子 #31: 60S ribosomal subunit protein L31
+分子 #32: 60S ribosomal protein L32
+分子 #33: 60S ribosomal protein L34
+分子 #34: 60S ribosomal protein L35
+分子 #35: Ribosomal protein L35A
+分子 #36: Ribosomal protein L36
+分子 #37: Ribosomal protein L37
+分子 #38: 60S ribosomal protein L37a
+分子 #39: Ribosomal protein L38
+分子 #40: Ribosomal protein L39
+分子 #41: 60S ribosomal protein L4
+分子 #42: 60S ribosomal protein L44
+分子 #43: 60S ribosomal protein L5
+分子 #44: 60S ribosomal protein L6
+分子 #45: 60S ribosomal protein L7
+分子 #46: Ribosomal protein L7a-like protein
+分子 #47: MAGNESIUM ION
+分子 #48: ZINC ION
+分子 #49: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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グリッド | モデル: Quantfoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 27.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 235000 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / 温度因子: 56 |
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得られたモデル | PDB-5t5h: |