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万見
- EMDB-8235: Negative stain structure of Vps15/Vps34 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8235
タイトルNegative stain structure of Vps15/Vps34 complex
マップデータVps15/34 complex
試料
  • 複合体: Vps15/34
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase VPS15
キーワードautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase (PtdIns3K) / endocytosis
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / nucleus-vacuole junction / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / vacuole-isolation membrane contact site / cellular response to potassium ion starvation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / vacuole inheritance ...Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / nucleus-vacuole junction / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / vacuole-isolation membrane contact site / cellular response to potassium ion starvation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / vacuole inheritance / Macroautophagy / protein retention in Golgi apparatus / autophagy of peroxisome / pexophagy / protein targeting to vacuole / phagophore assembly site membrane / late endosome to vacuole transport / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome assembly / ubiquitin binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / macroautophagy / autophagy / endocytosis / late endosome / protein transport / peroxisome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / VPS15-like, helical domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) ...Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / VPS15-like, helical domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / C2 domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase VPS15 / Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Kirsten ML / Zhang L
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2016
タイトル: Characterization of Atg38 and NRBF2, a fifth subunit of the autophagic Vps34/PIK3C3 complex.
著者: Yohei Ohashi / Nicolas Soler / Miguel García Ortegón / Lufei Zhang / Marie L Kirsten / Olga Perisic / Glenn R Masson / John E Burke / Arjen J Jakobi / Apostolos A Apostolakis / Christopher ...著者: Yohei Ohashi / Nicolas Soler / Miguel García Ortegón / Lufei Zhang / Marie L Kirsten / Olga Perisic / Glenn R Masson / John E Burke / Arjen J Jakobi / Apostolos A Apostolakis / Christopher M Johnson / Maki Ohashi / Nicholas T Ktistakis / Carsten Sachse / Roger L Williams /
要旨: The phosphatidylinositol 3-kinase Vps34 is part of several protein complexes. The structural organization of heterotetrameric complexes is starting to emerge, but little is known about organization ...The phosphatidylinositol 3-kinase Vps34 is part of several protein complexes. The structural organization of heterotetrameric complexes is starting to emerge, but little is known about organization of additional accessory subunits that interact with these assemblies. Combining hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS), X-ray crystallography and electron microscopy (EM), we have characterized Atg38 and its human ortholog NRBF2, accessory components of complex I consisting of Vps15-Vps34-Vps30/Atg6-Atg14 (yeast) and PIK3R4/VPS15-PIK3C3/VPS34-BECN1/Beclin 1-ATG14 (human). HDX-MS shows that Atg38 binds the Vps30-Atg14 subcomplex of complex I, using mainly its N-terminal MIT domain and bridges the coiled-coil I regions of Atg14 and Vps30 in the base of complex I. The Atg38 C-terminal domain is important for localization to the phagophore assembly site (PAS) and homodimerization. Our 2.2 Å resolution crystal structure of the Atg38 C-terminal homodimerization domain shows 2 segments of α-helices assembling into a mushroom-like asymmetric homodimer with a 4-helix cap and a parallel coiled-coil stalk. One Atg38 homodimer engages a single complex I. This is in sharp contrast to human NRBF2, which also forms a homodimer, but this homodimer can bridge 2 complex I assemblies.
履歴
登録2016年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月22日-
マップ公開2016年10月5日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5kc2
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8235.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8235.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Vps15/34 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.82 Å/pix.
x 104 pix.
= 397.28 Å		3.82 Å/pix.
x 104 pix.
= 397.28 Å		3.82 Å/pix.
x 104 pix.
= 397.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.034498956 - 0.18655433
平均 (標準偏差)-0.0010759196 (±0.009914962)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ104104104
Spacing104104104
セルA=B=C: 397.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.823.823.82
M x/y/z104104104
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z397.280397.280397.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS104104104
D min/max/mean-0.0340.187-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vps15/34

全体名称: Vps15/34
要素
  • 複合体: Vps15/34
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase VPS15

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超分子 #1: Vps15/34

超分子名称: Vps15/34 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Subcomplex of Vps34 phosphatidylinositol 3-kinase (PtdIns3K) complex I (yeast)
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34

分子名称: Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylinositol 3-kinase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 101.04718 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLNNITFCV SQDLDVPLKV KIKSLEGHKP LLKPSQKILN PELMLIGSNV FPSSDLIVSL QVFDKERNRN LTLPIYTPYI PFRNSRTWD YWLTLPIRIK QLTFSSHLRI ILWEYNGSKQ IPFFNLETSI FNLKDCTLKR GFESLKFRYD VIDHCEVVTD N KDQENLNK ...文字列:
MSLNNITFCV SQDLDVPLKV KIKSLEGHKP LLKPSQKILN PELMLIGSNV FPSSDLIVSL QVFDKERNRN LTLPIYTPYI PFRNSRTWD YWLTLPIRIK QLTFSSHLRI ILWEYNGSKQ IPFFNLETSI FNLKDCTLKR GFESLKFRYD VIDHCEVVTD N KDQENLNK YFQGEFTRLP WLDEITISKL RKQRENRTWP QGTFVLNLEF PMLELPVVFI EREIMNTQMN IPTLKNNPGL ST DLREPNR NDPQIKISLG DKYHSTLKFY DPDQPNNDPI EEKYRRLERA SKNANLDKQV KPDIKKRDYL NKIINYPPGT KLT AHEKGS IWKYRYYLMN NKKALTKLLQ STNLREESER VEVLELMDSW AEIDIDDALE LLGSTFKNLS VRSYAVNRLK KASD KELEL YLLQLVEAVC FENLSTFSDK SNSEFTIVDA VSSQKLSGDS MLLSTSHANQ KLLKSISSES ETSGTESLPI VISPL AEFL IRRALVNPRL GSFFYWYLKS ESEDKPYLDQ ILSSFWSRLD KKSRNILNDQ VRLINVLREC CETIKRLKDT TAKKME LLV HLLETKVRPL VKVRPIALPL DPDVLICDVC PETSKVFKSS LSPLKITFKT TLNQPYHLMF KVGDDLRQDQ LVVQIIS LM NELLKNENVD LKLTPYKILA TGPQEGAIEF IPNDTLASIL SKYHGILGYL KLHYPDENAT LGVQGWVLDN FVKSCAGY C VITYILGVGD RHLDNLLVTP DGHFFHADFG YILGQDPKPF PPLMKLPPQI IEAFGGAESS NYDKFRSYCF VAYSILRRN AGLILNLFEL MKTSNIPDIR IDPNGAILRV RERFNLNMSE EDATVHFQNL INDSVNALLP IVIDHLHNLA QYWRT

UniProtKB: Phosphatidylinositol 3-kinase VPS34

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分子 #2: Serine/threonine-protein kinase VPS15

分子名称: Serine/threonine-protein kinase VPS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 166.55 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGAQLSLVVQ ASPSIAIFSY IDVLEEVHYV SQLNSSRFLK TCKALDPNGE IVIKVFIKPK DQYSLRPFLQ RIRAQSFKLG QLPHVLNYS KLIETNRAGY MIRQHLKNNL YDRLSLRPYL QDIELKFIAF QLLNALKDIH NLNIVHGDIK TENILVTSWN W CILTDFAA ...文字列:
MGAQLSLVVQ ASPSIAIFSY IDVLEEVHYV SQLNSSRFLK TCKALDPNGE IVIKVFIKPK DQYSLRPFLQ RIRAQSFKLG QLPHVLNYS KLIETNRAGY MIRQHLKNNL YDRLSLRPYL QDIELKFIAF QLLNALKDIH NLNIVHGDIK TENILVTSWN W CILTDFAA FIKPVYLPED NPGEFLFYFD TSKRRTCYLA PERFNSKLYQ DGKSNNGRLT KEMDIFSLGC VIAEIFAEGR PI FNLSQLF KYKSNSYDVN REFLMEEMNS TDLRNLVLDM IQLDPSKRLS CDELLNKYRG IFFPDYFYTF IYDYFRNLVT MTT STPISD NTCTNSTLED NVKLLDETTE KIYRDFSQIC HCLDFPLIKD GGEIGSDPPI LESYKIEIEI SRFLNTNLYF PQNY HLVLQ QFTKVSEKIK SVKEECALLF ISYLSHSIRS IVSTATKLKN LELLAVFAQF VSDENKIDRV VPYFVCCFED SDQDV QALS LLTLIQVLTS VRKLNQLNEN IFVDYLLPRL KRLLISNRQN TNYLRIVFAN CLSDLAIIIN RFQEFTFAQH CNDNSM DNN TEIMESSTKY SAKLIQSVED LTVSFLTDND TYVKMALLQN ILPLCKFFGR ERTNDIILSH LITYLNDKDP ALRVSLI QT ISGISILLGT VTLEQYILPL LIQTITDSEE LVVISVLQSL KSLFKTGLIR KKYYIDISKT TSPLLLHPNN WIRQFTLM I IIEIINKLSK AEVYCILYPI IRPFFEFDVE FNFKSMISCC KQPVSRSVYN LLCSWSVRAS KSLFWKKIIT NHVDSFGNN RIEFITKNYS SKNYGFNKRD TKSSSSLKGI KTSSTVYSHD NKEIPLTAED RNWIDKFHII GLTEKDIWKI VALRGYVIRT ARVMAANPD FPYNNSNYRP LVQNSPPNLN LTNIMPRNIF FDVEFAEEST SEGQDSNLEN QQIYKYDESE KDSNKLNING S KQLSTVMD INGSLIFKNK SIATTTSNLK NVFVQLEPTS YHMHSPNHGL KDNANVKPER KVVVSNSYEG DVESIEKFLS TF KILPPLR DYKEFGPIQE IVRSPNMGNL RGKLIATLME NEPNSITSSA VSPGETPYLI TGSDQGVIKI WNLKEIIVGE VYS SSLTYD CSSTVTQITM IPNFDAFAVS SKDGQIIVLK VNHYQQESEV KFLNCECIRK INLKNFGKNE YAVRMRAFVN EEKS LLVAL TNLSRVIIFD IRTLERLQII ENSPRHGAVS SICIDEECCV LILGTTRGII DIWDIRFNVL IRSWSFGDHA PITHV EVCQ FYGKNSVIVV GGSSKTFLTI WNFVKGHCQY AFINSDEQPS MEHFLPIEKG LEELNFCGIR SLNALSTISV SNDKIL LTD EATSSIVMFS LNELSSSKAV ISPSRFSDVF IPTQVTANLT MLLRKMKRTS THSVDDSLYH HDIINSISTC EVDETPL LV ACDNSGLIGI FQ

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase VPS15

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8.8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris
500.0 mMNaCl
1.0 %CHAPS
2.0 mMDTT
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate / 詳細: droplet technique
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 14172
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 27 / Random conical tilt - Tilt angle: 55 degrees
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 14172
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: IMAGIC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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