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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8177 | |||||||||
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タイトル | Near atomic structure of the Dark apoptosome | |||||||||
![]() | Near atomic structure of the Dark apoptosome | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation ...negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation / chaeta development / sperm individualization / apoptosome / autophagic cell death / Neutrophil degranulation / S-adenosylmethionine cycle / CARD domain binding / programmed cell death / triglyceride homeostasis / dendrite morphogenesis / response to starvation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / response to gamma radiation / ADP binding / neuron cellular homeostasis / positive regulation of apoptotic process / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
![]() | Cheng TC / Akey IV / Yuan S / Yu Z / Ludtke SJ / Akey CW | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Near-Atomic Structure of the Dark Apoptosome Provides Insight into Assembly and Activation. 著者: Tat Cheung Cheng / Ildikó V Akey / Shujun Yuan / Zhiheng Yu / Steven J Ludtke / Christopher W Akey / ![]() 要旨: In Drosophila, the Apaf-1-related killer (Dark) forms an apoptosome that activates procaspases. To investigate function, we have determined a near-atomic structure of Dark double rings using cryo- ...In Drosophila, the Apaf-1-related killer (Dark) forms an apoptosome that activates procaspases. To investigate function, we have determined a near-atomic structure of Dark double rings using cryo-electron microscopy. We then built a nearly complete model of the apoptosome that includes 7- and 8-blade β-propellers. We find that the preference for dATP during Dark assembly may be governed by Ser325, which is in close proximity to the 2' carbon of the deoxyribose ring. Interestingly, β-propellers in V-shaped domains of the Dark apoptosome are more widely separated, relative to these features in the Apaf-1 apoptosome. This wider spacing may be responsible for the lack of cytochrome c binding to β-propellers in the Dark apoptosome. Our structure also highlights the roles of two loss-of-function mutations that may block Dark assembly. Finally, the improved model provides a framework to understand apical procaspase activation in the intrinsic cell death pathway. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 80.6 KB | ||
その他 | ![]() | 14.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Near atomic structure of the Dark apoptosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Near atomic structure of the Dark apoptosome
ファイル | emd_8177_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Near atomic structure of the Dark apoptosome | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Dark apoptosome
全体 | 名称: Dark apoptosome |
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要素 |
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-超分子 #1: Dark apoptosome
超分子 | 名称: Dark apoptosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換プラスミド: pFastBac |
分子量 | 理論値: 2.3 MDa |
-分子 #1: Apaf-1 related killer DARK
分子 | 名称: Apaf-1 related killer DARK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 166.131 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDFETGEHQY QYKDILSVFE DAFVDNFDCK DVQDMPKSIL SKEEIDHIIM SKDAVSGTLR LFWTLLSKQE EMVQKFVEEV LRINYKFLM SPIKTEQRQP SMMTRMYIEQ RDRLYNDNQV FAKYNVSRLQ PYLKLRQALL ELRPAKNVLI DGVLGSGKTW V ALDVCLSY ...文字列: MDFETGEHQY QYKDILSVFE DAFVDNFDCK DVQDMPKSIL SKEEIDHIIM SKDAVSGTLR LFWTLLSKQE EMVQKFVEEV LRINYKFLM SPIKTEQRQP SMMTRMYIEQ RDRLYNDNQV FAKYNVSRLQ PYLKLRQALL ELRPAKNVLI DGVLGSGKTW V ALDVCLSY KVQCKMDFKI FWLNLKNCNS PETVLEMLQK LLYQIDPNWT SRSDHSSNIK LRIHSIQAEL RRLLKSKPYE NC LLVLLNV QNA(APK)AWNAFN LSCKILLTTR FKQVTDFLSA ATTTHISLDH HSMTLTPDEV KSLLLKYLDC RPQDLPREV LTTNPRRLSI IAESIRDGLA TWDNWKHVNC DKLTTIIESS LNVLEPAEYR KMFDRLSVFP PSAHIPTILL SLIWFDVIKS DVMVVVNKL HKYSLVEKQP KESTISIPSI YLELKVKLEN EYALHRSIVD HYNIPKTFDS DDLIPPYLDQ YFYSHIGHHL K NIEHPERM TLFRMVFLDF RFLEQKIRHD STAWNASGSI LNTLQQLKFY KPYICDNDPK YERLVNAILD FLPKIEENLI CS KYTDLLR IALMAEDEAI FEEAHKQVQR FDDRVWFTNH GRFHQHRQII NLGDNEGRHA VYLHNDFCLI ALASGQILLT DVS LEGEDT YLLRDESDSS DILRMAVFNQ QKHLITLHCN GSVKLWSLWP DCPGRRHSGG SKQQLVNSVV KRFIGSYANL KIVA FYLNE DAGLPEANIQ LHVAFINGDV SILNWDEQDQ EFKLSHVPVL KTMQSGIRCF VQVLKRYYVV CTSNCTLTVW DLTNG SSNT LELHVFNVEN DTPLALDVFD ERSKTATVLL IFKYSVWRLN FLPGLSVSLQ SEAVQLPEGS FITCGKRSTD GRYLLL GTS EGLIVYDLKI SDPVLRSNVS EHIECVDIYE LFDPVYKYIV LCGAKGKQVV HVHTLRSVSG SNSHQNREIA WVHSADE IS VMTKACLEPN VYLRSLMDMT RERTQLLAVD SKERIHLIKP AISRISEWST ITPTHAASNC KINAISAFND EQIFVGYV D GVIIDVIHDT ALPQQFIEEP IDYLKQVSPN ILVASAHSAQ KTVIFQLEKI DPLQPNDQWP LMMDVSTKYA SLQEGQYII LFSDHGVCHL DIANPSAFVK PKDSEEYIVG FDLKNSLLFL AYENNIIDVF RLIFSCNQLR YEQICEEEIA QKAKISYLVA TDDGTMLAM GFENGTLELF AVENRKVQLI YSIEEVHEHC IRQLLFSPCK LLLISCAEQL CFWNVTHMRN NQLEREQKRR R SRRHKQHS VTQEDAVDAA PIAADIDVDV TFVADEFHPV NRGTAELWRN KRGNAIRPEL LACVKFVGNE ARQFFTDAHF SH FYAIDDE GVYYHLQLLE LSRLQPPPDP VTLDIANQYE DLKNLRILDS PLMQDSDSEG ADVVGNLVLE KNGGVARATP ILE EASS |
-分子 #2: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16 / 式: DTP |
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分子量 | 理論値: 491.182 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-DTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Buffer A | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: 2.5ul sample blot additives present at the indicated final concentrations: NP-40 (0.025%), DHPG (diheptanoylphosphatidylglycerol; 0.05%), cytochrome c (0.5 mg/ml), DeoxybigChaps (0.01%), and lysine (0.03 mg/ml). |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: FEI Cs corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 7476 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-23 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1991 / 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | local fitting with Chimera followed by flexible fitting with MDFF and refinement with Phenix. |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-5jul: |