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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8169 | ||||||||||||||||||
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タイトル | cryo-EM map of the full-length human NPC1 in complex with the cleaved glycoprotein of Ebola virus | ||||||||||||||||||
マップデータ | None | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / lipid transporter activity / programmed cell death ...cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / lipid transporter activity / programmed cell death / bile acid metabolic process / cholesterol transport / establishment of protein localization to membrane / adult walking behavior / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / lysosomal transport / cholesterol efflux / negative regulation of macroautophagy / cellular response to steroid hormone stimulus / cholesterol binding / protein glycosylation / neurogenesis / response to cadmium ion / negative regulation of TORC1 signaling / cholesterol metabolic process / liver development / cholesterol homeostasis / macroautophagy / transmembrane signaling receptor activity / autophagy / endocytosis / nuclear envelope / virus receptor activity / late endosome membrane / signaling receptor activity / gene expression / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / lysosome / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / response to xenobiotic stimulus / symbiont entry into host cell / membrane raft / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / perinuclear region of cytoplasm / host cell plasma membrane / virion membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.56 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Yan N / Zhou Q / Gong X / Qiang HW / Zhou XH / Wu JP / Gao F / Wan T / Shi Y | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Structural Insights into the Niemann-Pick C1 (NPC1)-Mediated Cholesterol Transfer and Ebola Infection. 著者: Xin Gong / Hongwu Qian / Xinhui Zhou / Jianping Wu / Tao Wan / Pingping Cao / Weiyun Huang / Xin Zhao / Xudong Wang / Peiyi Wang / Yi Shi / George F Gao / Qiang Zhou / Nieng Yan / 要旨: Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. ...Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. NPC1 is also the intracellular receptor for Ebola virus (EBOV). Here, we present a 4.4 Å structure of full-length human NPC1 and a low-resolution reconstruction of NPC1 in complex with the cleaved glycoprotein (GPcl) of EBOV, both determined by single-particle electron cryomicroscopy. NPC1 contains 13 transmembrane segments (TMs) and three distinct lumenal domains A (also designated NTD), C, and I. TMs 2-13 exhibit a typical resistance-nodulation-cell division fold, among which TMs 3-7 constitute the sterol-sensing domain conserved in several proteins involved in cholesterol metabolism and signaling. A trimeric EBOV-GPcl binds to one NPC1 monomer through the domain C. Our structural and biochemical characterizations provide an important framework for mechanistic understanding of NPC1-mediated intracellular cholesterol trafficking and Ebola virus infection. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8169.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8169-v30.xml emd-8169.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8169.png | 58.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8169 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8169 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8169_validation.pdf.gz | 338.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8169_full_validation.pdf.gz | 338.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8169_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8169 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8169 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8169.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.30654 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer
全体 | 名称: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer
超分子 | 名称: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: lysosome |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pCAG |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer
分子 | 名称: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTARGLALGL LLLLLCPAQV FSQSCVWYGE CGIAYGDKRY NCEYSGPPKP LPKDGYDLVQ ELCPGFFFGN VSLCCDVRQL QTLKDNLQL PLQFLSRCPS CFYNLLNLFC ELTCSPRQSQ FLNVTATEDY VDPVTNQTKT NVKELQYYVG QSFANAMYNA C RDVEAPSS ...文字列: MTARGLALGL LLLLLCPAQV FSQSCVWYGE CGIAYGDKRY NCEYSGPPKP LPKDGYDLVQ ELCPGFFFGN VSLCCDVRQL QTLKDNLQL PLQFLSRCPS CFYNLLNLFC ELTCSPRQSQ FLNVTATEDY VDPVTNQTKT NVKELQYYVG QSFANAMYNA C RDVEAPSS NDKALGLLCG KDADACNATN WIEYMFNKDN GQAPFTITPV FSDFPVHGME PMNNATKGCD ESVDEVTAPC SC QDCSIVC GPKPQPPPPP APWTILGLDA MYVIMWITYM AFLLVFFGAF FAVWCYRKRY FVSEYTPIDS NIAFSVNASD KGE ASCCDP VSAAFEGCLR RLFTRWGSFC VRNPGCVIFF SLVFITACSS GLVFVRVTTN PVDLWSAPSS QARLEKEYFD QHFG PFFRT EQLIIRAPLT DKHIYQPYPS GADVPFGPPL DIQILHQVLD LQIAIENITA SYDNETVTLQ DICLAPLSPY NTNCT ILSV LNYFQNSHSV LDHKKGDDFF VYADYHTHFL YCVRAPASLN DTSLLHDPCL GTFGGPVFPW LVLGGYDDQN YNNATA LVI TFPVNNYYND TEKLQRAQAW EKEFINFVKN YKNPNLTISF TAERSIEDEL NRESDSDVFT VVISYAIMFL YISLALG HM KSCRRLLVDS KVSLGIAGIL IVLSSVACSL GVFSYIGLPL TLIVIEVIPF LVLAVGVDNI FILVQAYQRD ERLQGETL D QQLGRVLGEV APSMFLSSFS ETVAFFLGAL SVMPAVHTFS LFAGLAVFID FLLQITCFVS LLGLDIKRQE KNRLDIFCC VRGAEDGTSV QASESCLFRF FKNSYSPLLL KDWMRPIVIA IFVGVLSFSI AVLNKVDIGL DQSLSMPDDS YMVDYFKSIS QYLHAGPPV YFVLEEGHDY TSSKGQNMVC GGMGCNNDSL VQQIFNAAQL DNYTRIGFAP SSWIDDYFDW VKPQSSCCRV D NITDQFCN ASVVDPACVR CRPLTPEGKQ RPQGGDFMRF LPMFLSDNPN PKCGKGGHAA YSSAVNILLG HGTRVGATYF MT YHTVLQT SADFIDALKK ARLIASNVTE TMGINGSAYR VFPYSVFYVF YEQYLTIIDD TIFNLGVSLG AIFLVTMVLL GCE LWSAVI MCATIAMVLV NMFGVMWLWG ISLNAVSLVN LVMSCGISVE FCSHITRAFT VSMKGSRVER AEEALAHMGS SVFS GITLT KFGGIVVLAF AKSQIFQIFY FRMYLAMVLL GATHGLIFLP VLLSYIGPSV NKAKSCATEE RYKGTERERL LNF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: no / 色収差補正装置: no / エネルギーフィルター - 名称: no |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 実像数: 1379 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.7 µm / 倍率(補正後): 38270 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-5jnx: |